转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 61 / 151 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003201 Chr02 NC_080388.1:53170724-53170736promoter 内 3901-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53167782-53170636(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr01G001383 Chr01 NC_080387.1:27239808-27239820promoter 内 3898-3910 bp + 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 27239911-27242779(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr04G003075 Chr04 NC_080390.1:47351375-47351387promoter 内 3898-3910 bp + 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 47351478-47354351(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr03G001525 Chr03 NC_080389.1:18924495-18924507promoter 内 3897-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 18922089-18924403(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr02G002434 Chr02 NC_080388.1:42394959-42394971promoter 内 3895-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42391965-42394865(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr02G003910 Chr02 NC_080388.1:61182715-61182727promoter 内 3895-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 61182821-61185828(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr01G001050 Chr01 NC_080387.1:21847162-21847174promoter 内 3892-3904 bp + 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 21847271-21850188(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr01G001590 Chr01 NC_080387.1:29920578-29920590promoter 内 3886-3898 bp + 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 29920693-29923607(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr03G002463 Chr03 NC_080389.1:39079396-39079408promoter 内 3885-3897 bp + 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39079512-39082377(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr02G002023 Chr02 NC_080388.1:36458992-36459004promoter 内 3882-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 36456009-36458885(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr03G003114 Chr03 NC_080389.1:48267384-48267396promoter 内 3879-3891 bp + 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 48267506-48270483(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr03G002891 Chr03 NC_080389.1:45597495-45597507promoter 内 3849-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 45593903-45597355(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCCAA
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41173856-41173868promoter 内 3841-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 41170890-41173708(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr04G002072 Chr04 NC_080390.1:33472964-33472976promoter 内 3811-3823 bp - 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 33467828-33472786(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr02G002660 Chr02 NC_080388.1:46024157-46024169promoter 内 3802-3814 bp - 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 46021666-46023970(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCGAT
SmilChr04G003158 Chr04 NC_080390.1:48212026-48212038promoter 内 3746-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 48212281-48216406(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAATCGT
SmilChr02G000096 Chr02 NC_080388.1:1261153-1261165promoter 内 3659-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 1256990-1260823(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTATTAGGTAAA
SmilChr02G003365 Chr02 NC_080388.1:54774631-54774643promoter 内 3567-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54766824-54774209(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCAACCTACCTTG
SmilChr02G004193 Chr02 NC_080388.1:64251340-64251352promoter 内 3476-3488 bp - 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 64251865-64253084(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGGGTAGGTAGT
SmilChr05G001646 Chr05 NC_080391.1:15430445-15430457promoter 内 3427-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15428558-15429883(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGGGTAGGTAAT
SmilChr05G000104 Chr05 NC_080391.1:643027-643039promoter 内 3401-3413 bp + 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 640304-642439(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAGGGTAGGTTAG
SmilChr01G001022 Chr01 NC_080387.1:21389258-21389270promoter 内 3307-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 21389952-21391214(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTATTAGGTAAA
SmilChr02G003079 Chr02 NC_080388.1:51719611-51719623promoter 内 3175-3187 bp - 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 51717236-51718797(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCAACCTACCTTG
SmilChr02G002150 Chr02 NC_080388.1:38709605-38709617promoter 内 3110-3122 bp + 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 38705392-38708726(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGTGTAGGTAAG
SmilChr01G004920 Chr01 NC_080387.1:67283594-67283606promoter 内 2968-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 67284627-67289060(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTGGTAGGTTGG
SmilChr04G003439 Chr04 NC_080390.1:50930720-50930732promoter 内 2868-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 50926055-50929599(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCAACCTACCTTG
SmilChr01G005488 Chr01 NC_080387.1:71820457-71820469promoter 内 2694-2706 bp + 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 71821764-71825122(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr01G000792 Chr01 NC_080387.1:17214373-17214385promoter 内 2642-2654 bp - 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 17210660-17213026(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACACTT
SmilChr03G001545 Chr03 NC_080389.1:19386575-19386587promoter 内 2616-2628 bp - 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19383634-19385202(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCCTA
SmilChr02G001654 Chr02 NC_080388.1:30694957-30694969promoter 内 2511-2523 bp - 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 30689682-30693479(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACCCAT
SmilChr04G001495 Chr04 NC_080390.1:24509052-24509064promoter 内 2430-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 24510623-24511632(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTGGTAGGTTGG
SmilChr03G001126 Chr03 NC_080389.1:12977347-12977359promoter 内 2403-2415 bp + 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 12973581-12975761(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGGGTAGGTAAT
SmilChr01G000461 Chr01 NC_080387.1:9454458-9454470promoter 内 2382-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 9456077-9462670(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAACCTACCTCC
SmilChr04G001721 Chr04 NC_080390.1:28476029-28476041promoter 内 2362-2374 bp - 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 28477668-28482053(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACGATTAGGTAAG
SmilChr01G005499 Chr01 NC_080387.1:71881715-71881727promoter 内 2357-2369 bp + 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 71883359-71887955(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAACCTACCATG
SmilChr04G000301 Chr04 NC_080390.1:2789247-2789259promoter 内 2242-2254 bp - 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2785965-2787500(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCGAT
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