转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 71 / 138 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000749 Chr03 NC_080389.1:8566323-8566336promoter 内 2519-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 8567805-8568735(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCATACCTACTCCC
SmilChr01G003453 Chr01 NC_080387.1:53105212-53105225promoter 内 2319-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53106894-53106967(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAATATG
SmilChr01G005836 Chr01 NC_080387.1:74379963-74379976promoter 内 2244-2257 bp + 1744 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 74371627-74378219(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACCACCTAACTCT
SmilChr01G004263 Chr01 NC_080387.1:60896289-60896302promoter 内 2200-2213 bp - 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 60898090-60902347(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATAACCTAACATT
SmilChr02G003718 Chr02 NC_080388.1:58801642-58801655promoter 内 2192-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 58803451-58803524(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTTGTTAGGTTAAT
SmilChr01G003776 Chr01 NC_080387.1:56157162-56157175promoter 内 2098-2111 bp + 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56159065-56164280(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGATTAGGTATAT
SmilChr02G003029 Chr02 NC_080388.1:50995197-50995210promoter 内 2019-2032 bp - 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 50997179-51002895(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACTACCTAACAAC
SmilChr01G001207 Chr01 NC_080387.1:24288411-24288424promoter 内 2011-2024 bp + 1977 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 24290401-24291253(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGCGTTAGGTACCA
SmilChr02G000880 Chr02 NC_080388.1:15164474-15164487promoter 内 1944-1957 bp - 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15166531-15169074(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTGCACCTAACGTG
SmilChr01G002439 Chr01 NC_080387.1:41976101-41976114promoter 内 1914-1927 bp + 2074 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 41968455-41974027(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATCACCTAACTTA
SmilChr03G001238 Chr03 NC_080389.1:14281362-14281375promoter 内 1884-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 14283479-14283974(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCATACCTAATCAA
SmilChr02G003697 Chr02 NC_080388.1:58429582-58429595promoter 内 1775-1788 bp + 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 58431808-58433480(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGATTAGGTATGC
SmilChr01G003578 Chr01 NC_080387.1:54363463-54363476promoter 内 1691-1704 bp - 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54365773-54368215(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTTACCTAATCAC
SmilChr02G005359 Chr02 NC_080388.1:74312909-74312922promoter 内 1687-1700 bp + 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 74307777-74310608(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATTACCTAACACA
SmilChr02G005027 Chr02 NC_080388.1:72011149-72011162promoter 内 1631-1644 bp - 2357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 72013519-72015456(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTTACCTAATTTG
SmilChr02G002590 Chr02 NC_080388.1:45016837-45016850promoter 内 1582-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 45019256-45020461(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGTTAGGTCATG
SmilChr01G004963 Chr01 NC_080387.1:67711283-67711296promoter 内 1511-1524 bp + 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 67706278-67708806(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCGAACCTAACAGG
SmilChr01G003346 Chr01 NC_080387.1:52225806-52225819promoter 内 1477-1490 bp + 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52228330-52230730(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGGCTTGT
SmilChr01G003203 Chr01 NC_080387.1:50799710-50799723promoter 内 1469-1482 bp + 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 50802242-50806113(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACAATTAGGTAAGT
SmilChr02G004212 Chr02 NC_080388.1:64383251-64383264promoter 内 1335-1348 bp + 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 64377780-64380598(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTAACGCA
SmilChr01G005095 Chr01 NC_080387.1:68793346-68793359promoter 内 1311-1324 bp - 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 68790592-68790669(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTGATTAGGTAGAG
SmilChr03G001200 Chr03 NC_080389.1:13836145-13836158promoter 内 1298-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13838848-13840439(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGTATTAGGTACCA
SmilChr01G004631 Chr01 NC_080387.1:64354676-64354689promoter 内 1196-1209 bp + 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 64349703-64351884(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCAAACCTAACGTC
SmilChr01G004633 Chr01 NC_080387.1:64354676-64354689promoter 内 1164-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 64357513-64358550(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GACGTTAGGTTTGG
SmilChr01G002290 Chr01 NC_080387.1:39740259-39740272promoter 内 1162-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39735727-39737433(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTTGTTAGGTGTGT
SmilChr03G001239 Chr03 NC_080389.1:14281362-14281375promoter 内 987-1000 bp - 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 14284376-14286377(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCATACCTAATCAA
SmilChr01G001176 Chr01 NC_080387.1:23812434-23812447promoter 内 978-991 bp + 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 23815457-23819500(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGTGTTAGGTGTCG
SmilChr02G004257 Chr02 NC_080388.1:64779960-64779973promoter 内 814-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 64783147-64783219(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGTTAGGTTCTC
SmilChr02G003471 Chr02 NC_080388.1:56014170-56014183promoter 内 755-768 bp + 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56017416-56023072(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTCGTTAGGTATAT
SmilChr01G001652 Chr01 NC_080387.1:30590623-30590636promoter 内 734-747 bp - 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 30584215-30587369(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGATTAGGTATGC
SmilChr02G003100 Chr02 NC_080388.1:51921667-51921680promoter 内 719-732 bp - 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 51924949-51926836(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CACGACCTAACCAA
SmilChr01G003402 Chr01 NC_080387.1:52715598-52715611promoter 内 684-697 bp + 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52710974-52712294(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAACAAA
SmilChr03G001201 Chr03 NC_080389.1:13849094-13849107promoter 内 646-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13852449-13853402(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATCACCTAACATT
SmilChr01G000204 Chr01 NC_080387.1:3521216-3521229promoter 内 613-626 bp + 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 3514613-3517841(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGGGACCTAACAGA
SmilChr03G000242 Chr03 NC_080389.1:2862216-2862229promoter 内 612-625 bp + 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2865605-2869423(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGATTAGGTATGC
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SmilChr01G005461 Chr01 NC_080387.1:71626937-71626950promoter 内 562-575 bp - 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 71618637-71623511(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTAAGTAGGTATGT