转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 76 / 147 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002137 Chr04 NC_080390.1:34375973-34375986promoter 内 2545-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34377429-34381494(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCAATAGTCAACTT
SmilChr03G000980 Chr03 NC_080389.1:11073739-11073752promoter 内 2468-2481 bp + 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11075272-11146287(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTATGCT
SmilChr01G006087 Chr01 NC_080387.1:76367356-76367369promoter 内 2451-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 76354954-76365819(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AACCAAGTCAAAGC
SmilChr02G000687 Chr02 NC_080388.1:10873857-10873870promoter 内 2418-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10875440-10876560(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTCAAAGTCAAAGA
SmilChr02G005223 Chr02 NC_080388.1:73442903-73442916promoter 内 2413-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 73444491-73453091(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTCGAGTCAACGA
SmilChr02G001601 Chr02 NC_080388.1:29858487-29858500promoter 内 2330-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29854104-29856829(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTCAAAGTCAAAGA
SmilChr01G005586 Chr01 NC_080387.1:72549712-72549725promoter 内 2301-2314 bp + 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72551412-72553133(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTCCAGT
SmilChr04G000791 Chr04 NC_080390.1:9771509-9771522promoter 内 2261-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9773249-9773354(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TACGAAGTCAACAG
SmilChr03G003490 Chr03 NC_080389.1:53471648-53471661promoter 内 2257-2270 bp + 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53467266-53469917(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTCAAAGTCAAAGA
SmilChr04G001685 Chr04 NC_080390.1:27883511-27883524promoter 内 2210-2223 bp - 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27874855-27881733(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTATTT
SmilChr04G001675 Chr04 NC_080390.1:27768008-27768021promoter 内 2197-2210 bp + 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27769812-27776766(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTATTT
SmilChr02G002369 Chr02 NC_080388.1:41473723-41473736promoter 内 2149-2162 bp + 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 41471010-41471884(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TACTAAGTCAACAA
SmilChr04G001858 Chr04 NC_080390.1:30265805-30265818promoter 内 2134-2147 bp - 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30267672-30268295(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCACAAGTCAAAGA
SmilChr03G004544 Chr03 NC_080389.1:63437010-63437023promoter 内 2089-2102 bp - 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63438922-63444677(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATGAAGTCAACCA
SmilChr04G003032 Chr04 NC_080390.1:46770592-46770605promoter 内 1964-1977 bp - 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 46772629-46773650(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTAAGTCAACAT
SmilChr04G003191 Chr04 NC_080390.1:48635506-48635519promoter 内 1964-1977 bp + 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48632178-48633482(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTAAGTCAACAT
SmilChr02G002277 Chr02 NC_080388.1:40260612-40260625promoter 内 1799-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40253801-40258423(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AACCAAGTCAACTC
SmilChr03G000854 Chr03 NC_080389.1:9765738-9765751promoter 内 1772-1785 bp + 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9762111-9763522(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TATAAAGTCAATGC
SmilChr04G000571 Chr04 NC_080390.1:6369818-6369831promoter 内 1712-1725 bp + 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6372107-6373089(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTGTACC
SmilChr03G001863 Chr03 NC_080389.1:25745099-25745112promoter 内 1645-1658 bp - 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25740112-25742756(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTGAA
SmilChr01G000682 Chr01 NC_080387.1:15103515-15103528promoter 内 1642-1655 bp + 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 15097749-15101169(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTAAGTCAACAT
SmilChr02G005287 Chr02 NC_080388.1:73895646-73895659promoter 内 1605-1618 bp + 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 73892448-73893263(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAACAGTCAACTG
SmilChr01G000132 Chr01 NC_080387.1:2220535-2220548promoter 内 1599-1612 bp - 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2216359-2218146(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTTTGACTTATTT
SmilChr03G004097 Chr03 NC_080389.1:59849559-59849572promoter 内 1595-1608 bp + 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59844411-59847166(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCAGAAGTCAAAGA
SmilChr01G000231 Chr01 NC_080387.1:4289675-4289688promoter 内 1521-1534 bp - 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4286721-4287208(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTTGAA
SmilChr02G003859 Chr02 NC_080388.1:60396533-60396546promoter 内 1520-1533 bp + 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60390848-60394065(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAATAAGTCAAAGT
SmilChr04G001732 Chr04 NC_080390.1:28563452-28563465promoter 内 1510-1523 bp - 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28558171-28560974(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTATTT
SmilChr01G000527 Chr01 NC_080387.1:10750497-10750510promoter 内 1489-1502 bp - 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10744899-10747998(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTCTGT
SmilChr02G004917 Chr02 NC_080388.1:71190415-71190428promoter 内 1473-1486 bp + 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71186152-71187900(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTCAAAGTCAAAGA
SmilChr04G002158 Chr04 NC_080390.1:34645553-34645566promoter 内 1473-1486 bp + 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34641264-34643038(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTCAAAGTCAAAGA
SmilChr03G001195 Chr03 NC_080389.1:13776710-13776723promoter 内 1472-1485 bp + 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 13773730-13774194(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAGAAGTCAACTA
SmilChr01G002645 Chr01 NC_080387.1:44755189-44755202promoter 内 1447-1460 bp + 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44757743-44763466(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTTTTGACTTTTTT
SmilChr01G001968 Chr01 NC_080387.1:35040779-35040792promoter 内 1445-1458 bp - 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35032507-35038236(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTTCCTA
SmilChr04G003085 Chr04 NC_080390.1:47465317-47465330promoter 内 1355-1368 bp - 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47460779-47462684(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTCAA
SmilChr04G000968 Chr04 NC_080390.1:12972133-12972146promoter 内 1251-1264 bp - 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12974883-12978450(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAAAAG
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