转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012717-RA_Salv SmilChr01G004114 WRKY XP_057781125.1 MP00284 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 77 / 132 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002425 Chr01 NC_080387.1:41772180-41772190promoter 内 571-581 bp - 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 41763315-41768760(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAT
SmilChr02G000836 Chr02 NC_080388.1:14200853-14200863promoter 内 568-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14194506-14197430(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAT
SmilChr01G001729 Chr01 NC_080387.1:31842247-31842257promoter 内 494-504 bp - 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 31845754-31846979(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CATTGACTTTC
SmilChr02G003191 Chr02 NC_080388.1:53072994-53073004promoter 内 385-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 53067817-53069388(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTACT
SmilChr01G001318 Chr01 NC_080387.1:26220013-26220023promoter 内 370-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 26215736-26216392(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAATG
SmilChr01G003521 Chr01 NC_080387.1:53847926-53847936promoter 内 329-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 53851598-53855012(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AACAGTCAACT
SmilChr02G004292 Chr02 NC_080388.1:65274569-65274579promoter 内 253-263 bp + 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 65269765-65270831(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTACT
SmilChr03G000028 Chr03 NC_080389.1:369037-369047promoter 内 158-168 bp - 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 372880-373925(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CATTGACTTTC
SmilChr03G001740 Chr03 NC_080389.1:23496552-23496562promoter 内 124-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 23490541-23492685(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACT
SmilChr01G002723 Chr01 NC_080387.1:45572341-45572351promoter 内 116-126 bp - 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 45576226-45578866(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ATTTGACTTTC
SmilChr02G000057 Chr02 NC_080388.1:741495-741505promoter 内 39-49 bp - 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 745457-746379(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTACT
SmilChr03G001610 Chr03 NC_080389.1:20497062-20497072promoter 内 18-28 bp + 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 20492099-20493089(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTACT
SmilChr02G005434 Chr02 NC_080388.1:74759433-74759443promoter 内 3122-3132 bp + 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 74755413-74758564(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr03G000353 Chr03 NC_080389.1:3959206-3959216promoter 内 1324-1334 bp + 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 3953502-3956539(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTA
SmilChr03G001342 Chr03 NC_080389.1:15681043-15681053promoter 内 186-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 15674776-15677238(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr01G003079 Chr01 NC_080387.1:49621125-49621135promoter 内 3518-3528 bp + 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 49617313-49620652(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr03G001792 Chr03 NC_080389.1:24457533-24457543promoter 内 1912-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 24459622-24462615(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G000948 Chr01 NC_080387.1:20065329-20065339promoter 内 977-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 20068353-20077899(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G003110 Chr02 NC_080388.1:52080966-52080976promoter 内 818-828 bp + 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 52075593-52077793(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr03G000049 Chr03 NC_080389.1:510671-510681promoter 内 3752-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 504684-510432(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr01G005225 Chr01 NC_080387.1:69792026-69792036promoter 内 2768-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 69786888-69790803(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G005226 Chr01 NC_080387.1:69803069-69803079promoter 内 2763-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 69797931-69801841(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G001036 Chr02 NC_080388.1:18441451-18441461promoter 内 2666-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 18436349-18440126(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr03G001412 Chr03 NC_080389.1:16781416-16781426promoter 内 2652-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 16782765-16785073(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr02G004115 Chr02 NC_080388.1:63458298-63458308promoter 内 2622-2632 bp - 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 63455483-63456929(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G002796 Chr01 NC_080387.1:46454205-46454215promoter 内 2364-2374 bp - 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 46455842-46458021(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTA
SmilChr01G000295 Chr01 NC_080387.1:5827639-5827649promoter 内 2264-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 5823879-5825912(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G005889 Chr01 NC_080387.1:74816529-74816539promoter 内 2040-2050 bp - 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 74811662-74814578(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G000194 Chr02 NC_080388.1:2412951-2412961promoter 内 1994-2004 bp + 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 2414958-2416379(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G001577 Chr02 NC_080388.1:29326150-29326160promoter 内 1957-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 29328194-29331231(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G000289 Chr01 NC_080387.1:5658415-5658425promoter 内 1937-1947 bp + 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 5660479-5663588(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr03G001688 Chr03 NC_080389.1:22347895-22347905promoter 内 1882-1892 bp - 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 22342720-22345786(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr03G001700 Chr03 NC_080389.1:22587856-22587866promoter 内 1868-1878 bp - 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 22582678-22585733(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G003084 Chr02 NC_080388.1:51745550-51745560promoter 内 1719-1729 bp + 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 51747832-51748908(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAC
SmilChr02G000539 Chr02 NC_080388.1:7423718-7423728promoter 内 1649-1659 bp + 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 7426070-7429307(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G003806 Chr02 NC_080388.1:59682616-59682626promoter 内 1581-1591 bp + 2410 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 59678296-59680206(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
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