转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000619; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006374-RA_Salv SmilChr05G000619 WRKY XP_057764205.1 MP00167 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9756 个结合位点 6439 个候选靶基因 第 85 / 129 下载 TSV

上一页 85 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003630 Chr01 NC_080387.1:54833307-54833317promoter 内 3704-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54833604-54836047(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
SmilChr01G005774 Chr01 NC_080387.1:73815038-73815048promoter 内 3698-3708 bp - 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 73815341-73819678(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr02G003313 Chr02 NC_080388.1:54390428-54390438promoter 内 3666-3676 bp + 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54390763-54392598(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
SmilChr02G002681 Chr02 NC_080388.1:46460057-46460067promoter 内 3647-3657 bp + 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46460411-46461282(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
SmilChr01G004115 Chr01 NC_080387.1:59683212-59683222promoter 内 3634-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 59683579-59684819(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr01G003261 Chr01 NC_080387.1:51310240-51310250promoter 内 3615-3625 bp + 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 51310626-51319042(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
SmilChr02G000758 Chr02 NC_080388.1:12353397-12353407promoter 内 3603-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 12353795-12361407(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
SmilChr01G000830 Chr01 NC_080387.1:17862257-17862267promoter 内 3547-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17862711-17873987(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr01G005387 Chr01 NC_080387.1:71164773-71164783promoter 内 3497-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 71165277-71171837(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACATGT
SmilChr02G002744 Chr02 NC_080388.1:47424265-47424275promoter 内 3495-3505 bp - 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47424771-47425681(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTGG
SmilChr01G001151 Chr01 NC_080387.1:23464592-23464602promoter 内 3491-3501 bp + 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 23465102-23468493(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
SmilChr03G000572 Chr03 NC_080389.1:6232543-6232553promoter 内 3468-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6229919-6232020(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACGCTG
SmilChr02G001941 Chr02 NC_080388.1:34972562-34972572promoter 内 3433-3443 bp - 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 34973130-34974185(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr01G001150 Chr01 NC_080387.1:23464592-23464602promoter 内 3424-3434 bp + 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 23462970-23464025(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr01G005985 Chr01 NC_080387.1:75484906-75484916promoter 内 3353-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 75482810-75484268(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCAG
SmilChr02G004141 Chr02 NC_080388.1:63733445-63733455promoter 内 3215-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 63731730-63732669(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCAT
SmilChr01G000520 Chr01 NC_080387.1:10622788-10622798promoter 内 3100-3110 bp - 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10623689-10623775(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr03G000055 Chr03 NC_080389.1:531632-531642promoter 内 2881-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 529683-530522(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCAT
SmilChr01G001505 Chr01 NC_080387.1:28881210-28881220promoter 内 2802-2812 bp + 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28882409-28888793(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
SmilChr02G002086 Chr02 NC_080388.1:37435834-37435844promoter 内 2763-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 37437072-37456117(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACAATC
SmilChr02G005148 Chr02 NC_080388.1:72874903-72874913promoter 内 2723-2733 bp - 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 72873195-72873635(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGGAGTCAACA
SmilChr01G000819 Chr01 NC_080387.1:17689681-17689691promoter 内 2646-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17691036-17694890(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr01G006012 Chr01 NC_080387.1:75696936-75696946promoter 内 2636-2646 bp + 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 75698301-75699155(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATGAGTCAACT
SmilChr03G001002 Chr03 NC_080389.1:11342782-11342792promoter 内 2606-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 11338375-11341397(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCAG
SmilChr02G004030 Chr02 NC_080388.1:62582230-62582240promoter 内 2602-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 62583629-62586247(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCAG
SmilChr02G004967 Chr02 NC_080388.1:71574491-71574501promoter 内 2532-2542 bp + 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 71575960-71577118(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
SmilChr02G004966 Chr02 NC_080388.1:71574491-71574501promoter 内 2518-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 71566548-71573018(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr02G000658 Chr02 NC_080388.1:9989588-9989598promoter 内 2460-2470 bp + 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9986786-9988057(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr03G000035 Chr03 NC_080389.1:440497-440507promoter 内 2453-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 438117-438959(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACGCTG
SmilChr03G000329 Chr03 NC_080389.1:3745210-3745220promoter 内 2408-2418 bp + 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3742962-3743627(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr01G005927 Chr01 NC_080387.1:75071540-75071550promoter 内 2407-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 75064532-75069956(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr01G001504 Chr01 NC_080387.1:28881210-28881220promoter 内 2399-2409 bp + 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28876833-28879618(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr01G000649 Chr01 NC_080387.1:14485854-14485864promoter 内 2254-2264 bp - 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14481123-14484117(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGGAGTCAACA
SmilChr01G004116 Chr01 NC_080387.1:59683212-59683222promoter 内 2210-2220 bp - 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 59685003-59686383(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr02G001942 Chr02 NC_080388.1:34972562-34972572promoter 内 2194-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 34974369-34975761(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr02G000634 Chr02 NC_080388.1:9599847-9599857promoter 内 2159-2169 bp + 1832 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9601689-9604337(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATGAGTCAACT
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