转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000619; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006374-RA_Salv SmilChr05G000619 WRKY XP_057764205.1 MP00167 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9756 个结合位点 6439 个候选靶基因 第 87 / 129 下载 TSV

上一页 87 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004875 Chr02 NC_080388.1:70834148-70834158promoter 内 3781-3791 bp - 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70834368-70838535(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTAAT
SmilChr01G003922 Chr01 NC_080387.1:57478606-57478616promoter 内 3767-3777 bp + 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57478840-57479592(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACGAGTCAACT
SmilChr01G002665 Chr01 NC_080387.1:44882646-44882656promoter 内 3633-3643 bp - 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44877499-44882288(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CCGAGTCAACT
SmilChr02G002094 Chr02 NC_080388.1:37594242-37594252promoter 内 3540-3550 bp + 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37594703-37595305(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTAGTCAACA
SmilChr02G001131 Chr02 NC_080388.1:20456339-20456349promoter 内 3474-3484 bp - 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 20456866-20457752(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTCCG
SmilChr01G005712 Chr01 NC_080387.1:73336847-73336857promoter 内 3348-3358 bp + 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 73337500-73338856(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATTAGTCAACA
SmilChr03G000496 Chr03 NC_080389.1:5312949-5312959promoter 内 3332-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5308165-5312290(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTAAT
SmilChr02G003188 Chr02 NC_080388.1:53043137-53043147promoter 内 3211-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 53043927-53044668(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTAAG
SmilChr03G001046 Chr03 NC_080389.1:12191267-12191277promoter 内 3194-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 12187211-12190470(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTAAT
SmilChr01G000530 Chr01 NC_080387.1:10838569-10838579promoter 内 3136-3146 bp + 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 10834673-10837714(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCGG
SmilChr01G000198 Chr01 NC_080387.1:3391837-3391847promoter 内 3043-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 3392795-3394156(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGGAGTCAACA
SmilChr01G005238 Chr01 NC_080387.1:69944937-69944947promoter 内 3011-3021 bp + 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69941803-69943957(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTCCG
SmilChr03G001184 Chr03 NC_080389.1:13606428-13606438promoter 内 3008-3018 bp - 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13607421-13609139(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCGG
SmilChr01G000490 Chr01 NC_080387.1:9963004-9963014promoter 内 2955-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9959422-9961968(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTCCG
SmilChr02G001943 Chr02 NC_080388.1:35058806-35058816promoter 内 2891-2901 bp + 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 35059916-35063956(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CCGAGTCAACT
SmilChr01G005215 Chr01 NC_080387.1:69753622-69753632promoter 内 2719-2729 bp + 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69751850-69752350(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTCCG
SmilChr02G004748 Chr02 NC_080388.1:69690956-69690966promoter 内 2547-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69684844-69689512(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CCGAGTCAACT
SmilChr01G003749 Chr01 NC_080387.1:55831262-55831272promoter 内 2485-2495 bp + 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55832778-55840842(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTAGTCAACA
SmilChr02G001186 Chr02 NC_080388.1:21767798-21767808promoter 内 2462-2472 bp + 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 21769337-21775497(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGGAGTCAACA
SmilChr01G000392 Chr01 NC_080387.1:8061760-8061770promoter 内 2395-2405 bp - 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 8063366-8067583(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCGG
SmilChr01G003923 Chr01 NC_080387.1:57478606-57478616promoter 内 2222-2232 bp + 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57480385-57485705(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACGAGTCAACT
SmilChr01G005218 Chr01 NC_080387.1:69759846-69759856promoter 内 2137-2147 bp + 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69761710-69762240(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGGAGTCAACA
SmilChr01G003105 Chr01 NC_080387.1:49854935-49854945promoter 内 2005-2015 bp + 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49856931-49862217(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGGAGTCAACA
SmilChr01G003564 Chr01 NC_080387.1:54230315-54230325promoter 内 1996-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54232320-54235647(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACGAGTCAACT
SmilChr02G003401 Chr02 NC_080388.1:55155712-55155722promoter 内 1985-1995 bp + 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55147313-55153706(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCGT
SmilChr02G001775 Chr02 NC_080388.1:32527936-32527946promoter 内 1824-1834 bp + 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32530113-32535470(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGGAGTCAACA
SmilChr01G003199 Chr01 NC_080387.1:50756750-50756760promoter 内 1821-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 50758930-50765314(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACATCA
SmilChr01G001761 Chr01 NC_080387.1:32339632-32339642promoter 内 1688-1698 bp + 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32341945-32346332(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CCGAGTCAACT
SmilChr01G000580 Chr01 NC_080387.1:12147858-12147868promoter 内 1559-1569 bp + 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 12150300-12153417(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CCGAGTCAACT
SmilChr01G003938 Chr01 NC_080387.1:57711081-57711091promoter 内 1552-1562 bp - 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57706030-57708642(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATTAGTCAACA
SmilChr02G003041 Chr02 NC_080388.1:51147758-51147768promoter 内 1354-1364 bp - 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 51150405-51151238(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTAAT
SmilChr02G002515 Chr02 NC_080388.1:43655274-43655284promoter 内 1299-1309 bp - 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43650178-43652582(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATTAGTCAACA
SmilChr01G003378 Chr01 NC_080387.1:52465337-52465347promoter 内 1105-1115 bp + 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 52457879-52462451(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTAAG
SmilChr01G000714 Chr01 NC_080387.1:16021285-16021295promoter 内 1101-1111 bp + 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16024185-16029361(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGGAGTCAACA
SmilChr01G001423 Chr01 NC_080387.1:27852125-27852135promoter 内 968-978 bp + 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27855158-27861667(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CCGAGTCAACT
SmilChr02G002064 Chr02 NC_080388.1:37204896-37204906promoter 内 945-955 bp - 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37199198-37201850(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTAGTCAACA
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