转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004392; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022653-RA_Salv SmilChr05G004392 WRKY XP_057811204.1 MP00506 AAAAGTCAACGAC

可能结合的靶基因

9818 个结合位点 7173 个候选靶基因 第 94 / 144 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003591 Chr01 NC_080387.1:54455792-54455804promoter 内 1251-1263 bp + 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54458542-54509308(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAAGTCAATGCC
SmilChr03G000967 Chr03 NC_080389.1:10937748-10937760promoter 内 1248-1260 bp - 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10940501-10942103(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCAGTTGACTTAT
SmilChr02G002255 Chr02 NC_080388.1:39979184-39979196promoter 内 1243-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39981942-39983388(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAGGTTGACTTAC
SmilChr01G003592 Chr01 NC_080387.1:54455792-54455804promoter 内 1239-1251 bp + 2750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54458554-54462410(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAAGTCAATGCC
SmilChr02G005010 Chr02 NC_080388.1:71899418-71899430promoter 内 1206-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 71902213-71908333(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GATTTTGACTTTC
SmilChr01G001417 Chr01 NC_080387.1:27758839-27758851promoter 内 1193-1205 bp + 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27755515-27756043(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGCGTTGACTCAA
SmilChr03G000347 Chr03 NC_080389.1:3903576-3903588promoter 内 1168-1180 bp + 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3906409-3908226(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAAGGGC
SmilChr03G001530 Chr03 NC_080389.1:19115714-19115726promoter 内 1040-1052 bp + 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19111906-19112765(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAAGTTGACTTAG
SmilChr03G000111 Chr03 NC_080389.1:1225994-1226006promoter 内 975-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1229020-1261784(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAAGTCAAAAGA
SmilChr02G003027 Chr02 NC_080388.1:50973589-50973601promoter 内 965-977 bp - 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50976625-50979219(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTCTTTGACTTAT
SmilChr01G004416 Chr01 NC_080387.1:62302314-62302326promoter 内 924-936 bp - 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 62305391-62306368(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CACTTTGACTTGT
SmilChr04G000732 Chr04 NC_080390.1:8703238-8703250promoter 内 907-919 bp + 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8697127-8700156(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCAGTTGACTGTT
SmilChr01G003115 Chr01 NC_080387.1:49954472-49954484promoter 内 827-839 bp - 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49957646-49959019(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AATGTTGACTCTT
SmilChr02G004647 Chr02 NC_080388.1:68915288-68915300promoter 内 821-833 bp + 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 68906280-68912120(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTCTTTGACTTAT
SmilChr04G000219 Chr04 NC_080390.1:1915654-1915666promoter 内 792-804 bp - 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1908422-1912457(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAATAGC
SmilChr02G003880 Chr02 NC_080388.1:60865886-60865898promoter 内 749-761 bp + 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 60869138-60871414(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATAAGTCAAAGAA
SmilChr02G002244 Chr02 NC_080388.1:39861108-39861120promoter 内 721-733 bp - 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39856971-39857840(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAAGTCAAAGTG
SmilChr02G000047 Chr02 NC_080388.1:634253-634265promoter 内 660-672 bp - 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 637594-649458(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TACGTTGACGTTG
SmilChr04G000317 Chr04 NC_080390.1:2904397-2904409promoter 内 648-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2907750-2910586(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTAGTTGACTTCT
SmilChr02G001877 Chr02 NC_080388.1:34076718-34076730promoter 内 626-638 bp + 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34080093-34082629(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAAAGTCAAACGG
SmilChr01G000001 Chr01 NC_080387.1:44306-44318promoter 内 568-580 bp - 3421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 47739-50415(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAGTTGACTCTG
SmilChr01G005441 Chr01 NC_080387.1:71517981-71517993promoter 内 552-564 bp - 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 71521430-71523973(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAGGTTGACTTAG
SmilChr03G004029 Chr03 NC_080389.1:59306699-59306711promoter 内 463-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 59298837-59303173(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCCCTTGACTTCT
SmilChr03G003749 Chr03 NC_080389.1:56545956-56545968promoter 内 453-465 bp - 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56549504-56552002(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAGTTGACTCTT
SmilChr02G005394 Chr02 NC_080388.1:74543874-74543886promoter 内 448-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74538795-74540333(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCCCTTGACTTCT
SmilChr01G001850 Chr01 NC_080387.1:33424819-33424831promoter 内 416-428 bp - 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 33428404-33431711(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGTTTTGACTTTG
SmilChr02G001002 Chr02 NC_080388.1:17656130-17656142promoter 内 397-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 17648870-17652538(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTGGTTGACTCTG
SmilChr01G003521 Chr01 NC_080387.1:53847926-53847938promoter 内 329-341 bp + 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53851598-53855012(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACAGTCAACTGG
SmilChr02G000889 Chr02 NC_080388.1:15323541-15323553promoter 内 291-303 bp - 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 15327251-15329273(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACTGTTGACTACT
SmilChr01G003225 Chr01 NC_080387.1:51023141-51023153promoter 内 243-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51018253-51019395(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCAGTTGACTGTA
SmilChr04G001262 Chr04 NC_080390.1:19889151-19889163promoter 内 197-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19878916-19885359(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCAGTTGACTGTT
SmilChr03G000862 Chr03 NC_080389.1:9831181-9831193promoter 内 173-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9835009-9836011(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAAGGGC
SmilChr01G005582 Chr01 NC_080387.1:72527925-72527937promoter 内 159-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 72523486-72524095(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAAGGCC
SmilChr01G004786 Chr01 NC_080387.1:66081046-66081058promoter 内 100-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 66084947-66086132(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAAGGGC
SmilChr03G000158 Chr03 NC_080389.1:1730752-1730764promoter 内 77-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1724745-1726840(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAAGTCAACACA
SmilChr01G004175 Chr01 NC_080387.1:60212887-60212899promoter 内 54-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 60216834-60220138(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GACTTTGACTTGA
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