转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 10 / 152 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000434 Chr02 NC_080388.1:5645490-5645508promoter 内 75-93 bp - 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 5649416-5652266(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGCAGGTGGTTGTGGAAG
SmilChr05G002808 Chr05 NC_080391.1:32897881-32897899promoter 内 3947-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 32886898-32897845(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTTGGTGGTTGGACACG
SmilChr04G002610 Chr04 NC_080390.1:41498363-41498381promoter 内 3499-3517 bp - 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 41498865-41499871(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTAGGTGGTTGGATAAA
SmilChr03G002653 Chr03 NC_080389.1:42181747-42181765promoter 内 3133-3151 bp + 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 42182615-42186970(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTACCCAACCACCTATTC
SmilChr01G001779 Chr01 NC_080387.1:32685430-32685448promoter 内 2655-2673 bp - 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 32686776-32690199(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAATGGTGGTTGGCGGTG
SmilChr02G000958 Chr02 NC_080388.1:16670200-16670218promoter 内 2566-2584 bp + 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 16671635-16675520(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCCTTCAACCACCGCCGC
SmilChr03G001530 Chr03 NC_080389.1:19114319-19114337promoter 内 2429-2447 bp + 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 19111906-19112765(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGAGAGTGGTTGAGGGTG
SmilChr03G001531 Chr03 NC_080389.1:19118954-19118972promoter 内 2429-2447 bp + 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 19116541-19117400(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGAGAGTGGTTGAGGGTG
SmilChr04G002609 Chr04 NC_080390.1:41498363-41498381promoter 内 2102-2120 bp - 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 41495415-41496482(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTATCCAACCACCTACTC
SmilChr02G000989 Chr02 NC_080388.1:17406701-17406719promoter 内 1218-1236 bp - 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 17409484-17412883(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGGAGGTGGTTGAGATCA
SmilChr02G000988 Chr02 NC_080388.1:17406701-17406719promoter 内 1172-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 17397232-17403890(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGATCTCAACCACCTCCAG
SmilChr03G001192 Chr03 NC_080389.1:13728231-13728249promoter 内 949-967 bp - 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 13723941-13725197(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCCCAACCACTAAACC
SmilChr03G002151 Chr03 NC_080389.1:33461133-33461151promoter 内 800-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 33449488-33457950(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGCCGCAACCACCACCAT
SmilChr01G003497 Chr01 NC_080387.1:53573130-53573148promoter 内 3864-3882 bp - 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 53570372-53573011(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTATCCAACCACCTACTC
SmilChr01G003498 Chr01 NC_080387.1:53583327-53583345promoter 内 3864-3882 bp - 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 53580587-53583208(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTATCCAACCACCTACTC
SmilChr05G002556 Chr05 NC_080391.1:28695255-28695273promoter 内 3162-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 28690889-28694434(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGTTTCAACCACCGTCGC
SmilChr05G001079 Chr05 NC_080391.1:8976282-8976300promoter 内 3136-3154 bp - 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 8974888-8975435(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCTTCAACCACTTTGCC
SmilChr05G001184 Chr05 NC_080391.1:9939305-9939323promoter 内 2939-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 9934897-9938261(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCGCCAACCACCATTAT
SmilChr03G003802 Chr03 NC_080389.1:57103707-57103725promoter 内 2553-2571 bp - 1430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 57105155-57106475(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCGCAGTGGTTGGGGTCG
SmilChr02G004771 Chr02 NC_080388.1:69889734-69889752promoter 内 2381-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 69880677-69888132(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGAGATGGTTGGGGTGG
SmilChr01G005985 Chr01 NC_080387.1:75485950-75485968promoter 内 2301-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 75482810-75484268(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCCCTCAACCACATCCAC
SmilChr01G001062 Chr01 NC_080387.1:21928238-21928256promoter 内 2262-2280 bp - 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 21929977-21931446(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGTCAGTGGTTGGGGAGG
SmilChr04G001990 Chr04 NC_080390.1:32207065-32207083promoter 内 2058-2076 bp + 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 32209008-32211377(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCCCCAACCACTGACCT
SmilChr04G001705 Chr04 NC_080390.1:28183804-28183822promoter 内 1868-1886 bp - 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 28185937-28189670(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGAGGTGGTTGGGTTGT
SmilChr04G001835 Chr04 NC_080390.1:29916252-29916270promoter 内 1616-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 29905163-29913885(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGTTGGTGGTTGGAGACT
SmilChr02G004772 Chr02 NC_080388.1:69889734-69889752promoter 内 1600-1618 bp + 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 69892135-69895808(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCCCAACCATCTCCCC
SmilChr05G001637 Chr05 NC_080391.1:15337928-15337946promoter 内 1386-1404 bp - 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 15324751-15335331(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTCTCCAACCACTTTCTG
SmilChr03G003627 Chr03 NC_080389.1:54960502-54960520promoter 内 1374-1392 bp + 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 54963129-54963792(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCTCCAACCAACTTTTC
SmilChr05G000311 Chr05 NC_080391.1:2349211-2349229promoter 内 1162-1180 bp - 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 2352050-2352532(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTGAGGTGGTTGTGGGAG
SmilChr04G003594 Chr04 NC_080390.1:52366192-52366210promoter 内 1022-1040 bp - 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 52369171-52376162(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTGTAGTGGTTGGAGAGG
SmilChr04G002740 Chr04 NC_080390.1:43071912-43071930promoter 内 661-679 bp - 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 43068506-43068590(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCCTCCAACCACTTTCAG
SmilChr05G000312 Chr05 NC_080391.1:2349211-2349229promoter 内 520-538 bp - 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 2352692-2356102(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTGAGGTGGTTGTGGGAG
SmilChr02G001648 Chr02 NC_080388.1:30574368-30574386promoter 内 400-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 30577969-30585793(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGTTGGTGGTTGGAAATC
SmilChr01G003042 Chr01 NC_080387.1:49412383-49412401promoter 内 375-393 bp + 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 49402652-49408775(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGTGGGTGGTTGGTGGGG
SmilChr01G003496 Chr01 NC_080387.1:53573130-53573148promoter 内 337-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 53566328-53569484(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTATCCAACCACCTACTC
SmilChr01G004960 Chr01 NC_080387.1:67697261-67697279promoter 内 264-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 67692933-67693542(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCGCCAACCACTATCTC
SmilChr04G001836 Chr04 NC_080390.1:29916252-29916270promoter 内 235-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 29920018-29922303(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTCTCCAACCACCAACCT
SmilChr02G002763 Chr02 NC_080388.1:47700366-47700384promoter 内 1069-1087 bp - 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 5 47693642-47697452(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATCCTCAACCACATCCGC
SmilChr01G000394 Chr01 NC_080387.1:8108264-8108282promoter 内 3867-3885 bp - 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 4 8104758-8108148(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCAGCCAACCACCACCAC
SmilChr04G003160 Chr04 NC_080390.1:48230935-48230953promoter 内 584-602 bp - 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 4 48226904-48227536(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCACCCCAACCACCCAACC
SmilChr05G001007 Chr05 NC_080391.1:8270474-8270492promoter 内 404-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 4 8274071-8277762(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCCTCCAACCAACTCCAC
SmilChr05G001006 Chr05 NC_080391.1:8242726-8242744promoter 内 323-341 bp + 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 4 8246404-8248998(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCCTCCAACCAACTCCAC
SmilChr05G003005 Chr05 NC_080391.1:37235622-37235640promoter 内 3811-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 37235812-37246644(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTTGGGTGGTTGGGGTGA
SmilChr04G000370 Chr04 NC_080390.1:3713838-3713856promoter 内 2528-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 3715311-3719135(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACAAAGGTGGGTGGGAAGC
SmilChr03G000441 Chr03 NC_080389.1:4745533-4745551promoter 内 2111-2129 bp - 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 4741905-4743661(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCAGCCAACCACCACCAC
SmilChr01G005206 Chr01 NC_080387.1:69719851-69719869promoter 内 2086-2104 bp - 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 69721766-69722389(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTGAAGTGGTTGTGGAGG
SmilChr03G000442 Chr03 NC_080389.1:4751762-4751780promoter 内 1370-1388 bp - 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 4748217-4749149(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCAGCCAACCACCACCAC
SmilChr03G004361 Chr03 NC_080389.1:61841320-61841338promoter 内 1151-1169 bp + 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 61844170-61845864(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTCCAACAACCTTTTC
SmilChr02G000568 Chr02 NC_080388.1:8024478-8024496promoter 内 63-81 bp + 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 8013848-8020558(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTTGGGTGGTTGGGGTGA
SmilChr02G003811 Chr02 NC_080388.1:59736096-59736114promoter 内 3963-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 59735596-59736076(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCTCCCAACCACTATTCC