转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 104 / 133 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002976 Chr03 NC_080389.1:46608561-46608569promoter 内 393-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 46601679-46604961(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CACACGTGC
SmilChr02G004139 Chr02 NC_080388.1:63672924-63672932promoter 内 392-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 63668533-63669323(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CACACGTGC
SmilChr02G004729 Chr02 NC_080388.1:69533064-69533072promoter 内 383-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 69526894-69529454(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr02G003907 Chr02 NC_080388.1:61123496-61123504promoter 内 377-385 bp - 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 61127120-61129344(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr01G004922 Chr01 NC_080387.1:67300273-67300281promoter 内 372-380 bp + 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 67303902-67303973(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTG
SmilChr04G000478 Chr04 NC_080390.1:5094392-5094400promoter 内 368-376 bp - 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5098025-5100657(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr04G002994 Chr04 NC_080390.1:46360676-46360684promoter 内 356-364 bp + 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 46356033-46357039(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CAACGTGGG
SmilChr04G002183 Chr04 NC_080390.1:35273626-35273634promoter 内 346-354 bp + 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 35277281-35278794(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CACACGTGC
SmilChr02G002281 Chr02 NC_080388.1:40298722-40298730promoter 内 323-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 40288991-40295052(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CAACGTGGG
SmilChr01G002584 Chr01 NC_080387.1:43974618-43974626promoter 内 314-322 bp + 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 43970859-43970939(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr01G004062 Chr01 NC_080387.1:59044578-59044586promoter 内 308-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 59040510-59040893(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr02G004101 Chr02 NC_080388.1:63332089-63332097promoter 内 291-299 bp + 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 63335799-63337026(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CACACGTGC
SmilChr01G000216 Chr01 NC_080387.1:3780368-3780376promoter 内 290-298 bp - 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 3784079-3786946(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr04G000600 Chr04 NC_080390.1:6786245-6786253promoter 内 278-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 6779158-6782530(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CACACGTGC
SmilChr01G003144 Chr01 NC_080387.1:50266104-50266112promoter 内 249-257 bp + 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 50269856-50275081(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CACACGTGC
SmilChr01G004133 Chr01 NC_080387.1:59846783-59846791promoter 内 210-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 59842130-59843000(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CAACGTGGG
SmilChr01G005065 Chr01 NC_080387.1:68550834-68550842promoter 内 205-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 68543297-68547046(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTG
SmilChr04G001373 Chr04 NC_080390.1:22325855-22325863promoter 内 173-181 bp + 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 22318718-22322035(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CAACGTGGG
SmilChr03G003991 Chr03 NC_080389.1:58949133-58949141promoter 内 168-176 bp - 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 58952966-58956547(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr01G001869 Chr01 NC_080387.1:33685322-33685330promoter 内 162-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33680262-33681491(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CAACGTGGG
SmilChr01G000499 Chr01 NC_080387.1:10147522-10147530promoter 内 160-168 bp - 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 10151363-10165383(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr02G001515 Chr02 NC_080388.1:28266525-28266533promoter 内 150-158 bp + 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 28260562-28262682(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr02G001050 Chr02 NC_080388.1:18723137-18723145promoter 内 149-157 bp - 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 18726989-18730100(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CAACGTGGG
SmilChr01G003124 Chr01 NC_080387.1:50072698-50072706promoter 内 117-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 50067561-50068822(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CACACGTGC
SmilChr02G002082 Chr02 NC_080388.1:37408325-37408333promoter 内 84-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 37393825-37404416(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr02G003612 Chr02 NC_080388.1:57369959-57369967promoter 内 56-64 bp + 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 57365660-57366022(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr02G004048 Chr02 NC_080388.1:62818592-62818600promoter 内 28-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 62812569-62814627(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CAACGTGGG
SmilChr03G003920 Chr03 NC_080389.1:58290865-58290873promoter 内 22-30 bp + 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 58294844-58295583(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CACACGTGC
SmilChr04G000703 Chr04 NC_080390.1:8174485-8174493promoter 内 18-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 8178468-8181148(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTG
SmilChr01G004047 Chr01 NC_080387.1:58898359-58898367promoter 内 17-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 58902343-58908090(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CACACGTGC
SmilChr01G003153 Chr01 NC_080387.1:50325346-50325354promoter 内 3854-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 50323980-50325207(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G004278 Chr01 NC_080387.1:61008451-61008459promoter 内 3967-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 61005525-61008425(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr04G001478 Chr04 NC_080390.1:24219748-24219756promoter 内 3687-3695 bp + 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 24220062-24220832(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr03G000529 Chr03 NC_080389.1:5654550-5654558promoter 内 3371-3379 bp + 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 5653067-5653928(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr03G000837 Chr03 NC_080389.1:9584636-9584644promoter 内 3371-3379 bp - 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 9585266-9586500(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr02G004996 Chr02 NC_080388.1:71794883-71794891promoter 内 3226-3234 bp + 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 71795658-71799342(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
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