转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 105 / 147 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001625 Chr04 NC_080390.1:27010408-27010417promoter 内 1664-1673 bp - 2328 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 27012745-27017117(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAC
SmilChr02G000329 Chr02 NC_080388.1:4205010-4205019promoter 内 1652-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 4201138-4202670(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACACC
SmilChr02G000332 Chr02 NC_080388.1:4212998-4213007promoter 内 1652-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 4209441-4210658(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACACC
SmilChr01G000148 Chr01 NC_080387.1:2551123-2551132promoter 内 1651-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 2548627-2548782(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAC
SmilChr03G003846 Chr03 NC_080389.1:57570973-57570982promoter 内 1631-1640 bp - 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 57573343-57575305(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCGT
SmilChr04G000933 Chr04 NC_080390.1:12177433-12177442promoter 内 1626-1635 bp - 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 12172227-12175067(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAC
SmilChr02G002980 Chr02 NC_080388.1:50372568-50372577promoter 内 1623-1632 bp + 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 50364624-50370199(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAC
SmilChr01G005711 Chr01 NC_080387.1:73329187-73329196promoter 内 1610-1619 bp - 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 73331578-73334536(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCGT
SmilChr01G002305 Chr01 NC_080387.1:39948084-39948093promoter 内 1594-1603 bp - 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 39941461-39945686(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACGCGACAAA
SmilChr02G004592 Chr02 NC_080388.1:68435508-68435517promoter 内 1591-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 68420941-68433107(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGCC
SmilChr02G002783 Chr02 NC_080388.1:47914178-47914187promoter 内 1586-1595 bp - 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 47911401-47911772(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GGCCGACAAT
SmilChr03G000046 Chr03 NC_080389.1:501729-501738promoter 内 1577-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 497834-499314(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GGTGTCGGAG
SmilChr03G003518 Chr03 NC_080389.1:53775471-53775480promoter 内 1562-1571 bp - 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 53769849-53773041(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAC
SmilChr01G002251 Chr01 NC_080387.1:39129678-39129687promoter 内 1561-1570 bp - 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 39132118-39133736(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GGTGTCGGAG
SmilChr01G000125 Chr01 NC_080387.1:2102159-2102168promoter 内 1545-1554 bp - 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 2098596-2099712(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACGCGACAAA
SmilChr04G001536 Chr04 NC_080390.1:25281123-25281132promoter 内 1542-1551 bp + 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 25283582-25284914(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACACC
SmilChr03G003169 Chr03 NC_080389.1:49049904-49049913promoter 内 1497-1506 bp + 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 49044591-49047409(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCGT
SmilChr04G001321 Chr04 NC_080390.1:21285270-21285279promoter 内 1468-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 21287803-21292553(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAC
SmilChr03G002189 Chr03 NC_080389.1:34182368-34182377promoter 内 1449-1458 bp - 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 34184920-34187236(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAC
SmilChr03G000720 Chr03 NC_080389.1:8059067-8059076promoter 内 1417-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 8061651-8063327(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCGT
SmilChr03G000023 Chr03 NC_080389.1:357288-357297promoter 内 1388-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 359901-361173(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GGTGTCGGAG
SmilChr02G000922 Chr02 NC_080388.1:16023279-16023288promoter 内 1343-1352 bp - 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 16012908-16020630(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACACA
SmilChr02G005046 Chr02 NC_080388.1:72193976-72193985promoter 内 1329-1338 bp - 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 72196648-72208636(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAC
SmilChr02G005048 Chr02 NC_080388.1:72216042-72216051promoter 内 1329-1338 bp - 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 72218714-72221703(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAC
SmilChr03G001339 Chr03 NC_080389.1:15626172-15626181promoter 内 1317-1326 bp - 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 15628856-15634931(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAC
SmilChr03G003845 Chr03 NC_080389.1:57570973-57570982promoter 内 1294-1303 bp - 2698 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 57567386-57568275(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACGCGACAAA
SmilChr03G003844 Chr03 NC_080389.1:57563578-57563587promoter 内 1292-1301 bp - 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 57559897-57560878(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACGCGACAAA
SmilChr01G000147 Chr01 NC_080387.1:2551123-2551132promoter 内 1267-1276 bp + 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 2545090-2548398(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CGTGTCGGAC
SmilChr02G000247 Chr02 NC_080388.1:3203149-3203158promoter 内 1266-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 3198029-3200423(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAC
SmilChr01G005193 Chr01 NC_080387.1:69627102-69627111promoter 内 1211-1220 bp + 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 69623420-69624321(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGTGTCGGAA
SmilChr02G005453 Chr02 NC_080388.1:74864703-74864712promoter 内 1160-1169 bp - 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 74867544-74873718(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAC
SmilChr01G003675 Chr01 NC_080387.1:55182710-55182719promoter 内 1153-1162 bp - 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 55177429-55179871(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACACC
SmilChr01G005493 Chr01 NC_080387.1:71855657-71855666promoter 内 1152-1161 bp + 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 71850644-71852817(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGTGTCGGAA
SmilChr04G001704 Chr04 NC_080390.1:28170490-28170499promoter 内 1151-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 28173340-28173861(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGCC
SmilChr02G002939 Chr02 NC_080388.1:49887039-49887048promoter 内 1141-1150 bp + 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 49889899-49891399(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACACA
SmilChr02G005465 Chr02 NC_080388.1:74951170-74951179promoter 内 1140-1149 bp - 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 74945122-74948318(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAC
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