转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 108 / 167 下载 TSV

上一页 108 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002363 Chr03 NC_080389.1:37275399-37275410promoter 内 285-296 bp - 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 37268295-37271694(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCTAGA
SmilChr03G000143 Chr03 NC_080389.1:1577107-1577118promoter 内 255-266 bp - 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1569688-1573372(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGCCACGCCATG
SmilChr05G004022 Chr05 NC_080391.1:54205673-54205684promoter 内 247-258 bp + 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54209427-54213075(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTCACGCCATC
SmilChr05G000827 Chr05 NC_080391.1:6490798-6490809promoter 内 201-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6485898-6487009(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCCCACGCCATT
SmilChr08G002260 Chr08 NC_080394.1:20856334-20856345promoter 内 167-178 bp - 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20860168-20862669(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGACGTGTTA
SmilChr07G001371 Chr07 NC_080393.1:10641335-10641346promoter 内 158-169 bp - 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 10637349-10637503(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAGA
SmilChr07G002637 Chr07 NC_080393.1:25471982-25471993promoter 内 157-168 bp - 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 25475826-25476592(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGGCGTGGAG
SmilChr02G000849 Chr02 NC_080388.1:14411026-14411037promoter 内 102-113 bp + 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14414925-14418249(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCTCACGCCATC
SmilChr05G003563 Chr05 NC_080391.1:47559015-47559026promoter 内 46-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47562970-47563805(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGGCGTGGCT
SmilChr04G001133 Chr04 NC_080390.1:16641828-16641839promoter 内 33-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 16645796-16648686(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTTGCGTGTTT
SmilChr05G002928 Chr05 NC_080391.1:35286663-35286674promoter 内 23-34 bp - 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35280631-35282696(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCCCACGCCATT
SmilChr01G004011 Chr01 NC_080387.1:58528378-58528389promoter 内 14-25 bp - 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 58522849-58524402(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTCCACGCCATG
SmilChr03G003150 Chr03 NC_080389.1:48858832-48858843promoter 内 3574-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 48857319-48858416(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATGGCGTGGTC
SmilChr03G003153 Chr03 NC_080389.1:48898320-48898331promoter 内 3574-3585 bp - 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 48898747-48899844(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATGGCGTGGTC
SmilChr03G003154 Chr03 NC_080389.1:48907862-48907873promoter 内 3574-3585 bp - 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 48908289-48909386(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATGGCGTGGTC
SmilChr03G003151 Chr03 NC_080389.1:48868368-48868379promoter 内 3422-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 48866855-48867800(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATGGCGTGGTC
SmilChr08G001052 Chr08 NC_080394.1:8038003-8038014promoter 内 2117-2128 bp + 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 8039887-8043919(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CACCACGCCATA
SmilChr08G001014 Chr08 NC_080394.1:7644485-7644496promoter 内 1476-1487 bp + 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 7647010-7651060(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CACCACGCCATA
SmilChr04G002066 Chr04 NC_080390.1:33421614-33421625promoter 内 3051-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 33419599-33420675(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGGCGTGGTA
SmilChr05G003264 Chr05 NC_080391.1:42225569-42225580promoter 内 1982-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 42222539-42223561(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATGGCGTGGGA
SmilChr01G003095 Chr01 NC_080387.1:49780579-49780590promoter 内 1607-1618 bp + 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49776377-49778196(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATGGCGTGGTG
SmilChr06G000017 Chr06 NC_080392.1:243449-243460promoter 内 880-891 bp + 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 246570-250200(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCCCACGCCATA
SmilChr07G002582 Chr07 NC_080393.1:24704446-24704457promoter 内 3932-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24700173-24704388(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGGCGTGGTA
SmilChr02G004186 Chr02 NC_080388.1:64190234-64190245promoter 内 3644-3655 bp - 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64190591-64195426(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGGCGTGGTA
SmilChr06G000723 Chr06 NC_080392.1:6618320-6618331promoter 内 3554-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6598248-6617884(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCAATC
SmilChr04G003588 Chr04 NC_080390.1:52319268-52319279promoter 内 3342-3353 bp - 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52317441-52318620(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGCCACGCCATA
SmilChr08G001434 Chr08 NC_080394.1:11484621-11484632promoter 内 3242-3253 bp + 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11482896-11483873(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATGGCGTGGGA
SmilChr03G001879 Chr03 NC_080389.1:26083460-26083471promoter 内 3061-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26080846-26082531(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCCCACGCCATA
SmilChr08G003838 Chr08 NC_080394.1:44728415-44728426promoter 内 2935-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44727289-44727360(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CACCACGCCATA
SmilChr05G000620 Chr05 NC_080391.1:4689253-4689264promoter 内 2832-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4687270-4688095(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CACCACGCCATA
SmilChr02G001555 Chr02 NC_080388.1:28856600-28856611promoter 内 2819-2830 bp + 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28857782-28868220(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCAATG
SmilChr08G003837 Chr08 NC_080394.1:44728415-44728426promoter 内 2617-2628 bp - 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44726299-44727042(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CACCACGCCATA
SmilChr06G001951 Chr06 NC_080392.1:24111427-24111438promoter 内 2437-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24107314-24109874(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CACCACGCCATA
SmilChr02G005057 Chr02 NC_080388.1:72276239-72276250promoter 内 2428-2439 bp - 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72277812-72279187(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATTGCGTGTTG
SmilChr04G000103 Chr04 NC_080390.1:919843-919854promoter 内 2266-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 921578-924923(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCAATC
SmilChr02G003697 Chr02 NC_080388.1:58430064-58430075promoter 内 2257-2268 bp + 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58431808-58433480(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAATC
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