转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022202-RA_Salv SmilChr02G005502 bHLH XP_057792768.1 MP00082 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 110 / 136 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001096 Chr02 NC_080388.1:19777371-19777378promoter 内 2974-2981 bp + 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 19778398-19784710(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr06G001671 Chr06 NC_080392.1:18969649-18969656promoter 内 2969-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 18970681-18973466(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr01G002631 Chr01 NC_080387.1:44612159-44612166promoter 内 2967-2974 bp + 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 44609104-44611132(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr08G002710 Chr08 NC_080394.1:26656786-26656793promoter 内 2967-2974 bp + 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 26652772-26655759(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr01G001383 Chr01 NC_080387.1:27238876-27238883promoter 内 2966-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 27239911-27242779(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr04G003075 Chr04 NC_080390.1:47350442-47350449promoter 内 2965-2972 bp + 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 47351478-47354351(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr06G001783 Chr06 NC_080392.1:20854797-20854804promoter 内 2965-2972 bp - 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 20850866-20853768(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr01G001050 Chr01 NC_080387.1:21846234-21846241promoter 内 2964-2971 bp + 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 21847271-21850188(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr02G002434 Chr02 NC_080388.1:42395895-42395902promoter 内 2964-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 42391965-42394865(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr02G004434 Chr02 NC_080388.1:66733183-66733190promoter 内 2964-2971 bp + 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 66729661-66732153(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr03G003114 Chr03 NC_080389.1:48266469-48266476promoter 内 2964-2971 bp + 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 48267506-48270483(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr08G001163 Chr08 NC_080394.1:9296013-9296020promoter 内 2963-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 9297051-9299492(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr02G004465 Chr02 NC_080388.1:67062700-67062707promoter 内 2961-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 67063740-67063813(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr07G004534 Chr07 NC_080393.1:58001842-58001849promoter 内 2960-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 57997890-58000808(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr06G002630 Chr06 NC_080392.1:37867654-37867661promoter 内 2957-2964 bp + 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 37868698-37871611(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr04G003441 Chr04 NC_080390.1:50939450-50939457promoter 内 2956-2963 bp - 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 50935472-50938412(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr07G004073 Chr07 NC_080393.1:52141150-52141157promoter 内 2956-2963 bp - 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 52135648-52140112(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr07G001181 Chr07 NC_080393.1:8950668-8950675promoter 内 2955-2962 bp + 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 8947016-8949629(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr07G001183 Chr07 NC_080393.1:8966195-8966202promoter 内 2955-2962 bp + 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 8962544-8965156(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr04G002813 Chr04 NC_080390.1:44147276-44147283promoter 内 2954-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 44144692-44146236(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr08G001052 Chr08 NC_080394.1:8038838-8038845promoter 内 2952-2959 bp - 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 8039887-8043919(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr08G001423 Chr08 NC_080394.1:11378611-11378618promoter 内 2950-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 11375543-11377567(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr02G004295 Chr02 NC_080388.1:65309388-65309395promoter 内 2949-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 65310440-65313328(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr07G001799 Chr07 NC_080393.1:15365683-15365690promoter 内 2949-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 15362443-15364638(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr04G003376 Chr04 NC_080390.1:50323178-50323185promoter 内 2948-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 50324231-50325449(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr07G003312 Chr07 NC_080393.1:35158816-35158823promoter 内 2948-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 35154201-35157770(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr08G003708 Chr08 NC_080394.1:41643993-41644000promoter 内 2948-2955 bp - 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 41640030-41642947(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr03G000965 Chr03 NC_080389.1:10879690-10879697promoter 内 2945-2952 bp + 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 10880746-10883586(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr06G000913 Chr06 NC_080392.1:8636488-8636495promoter 内 2944-2951 bp - 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 8634629-8635438(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr04G000378 Chr04 NC_080390.1:3799529-3799536promoter 内 2943-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 3800587-3803585(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr05G003657 Chr05 NC_080391.1:49250490-49250497promoter 内 2943-2950 bp - 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 49246484-49249439(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr08G002328 Chr08 NC_080394.1:21957441-21957448promoter 内 2942-2949 bp + 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 21955484-21956389(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr03G000891 Chr03 NC_080389.1:10173351-10173358promoter 内 2941-2948 bp + 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 10171108-10172298(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr07G004512 Chr07 NC_080393.1:57767593-57767600promoter 内 2938-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 57756612-57766537(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr02G000158 Chr02 NC_080388.1:2039876-2039883promoter 内 2935-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 2040942-2043017(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr07G004367 Chr07 NC_080393.1:56208405-56208412promoter 内 2935-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 56209471-56212626(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
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