转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 111 / 137 下载 TSV

上一页 111 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001619 Chr03 NC_080389.1:20657300-20657310promoter 内 3566-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 20655934-20656875(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr01G000370 Chr01 NC_080387.1:7635800-7635810promoter 内 3340-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 7635043-7635149(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr03G001230 Chr03 NC_080389.1:14200019-14200029promoter 内 3340-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 14200680-14200786(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr03G001393 Chr03 NC_080389.1:16526620-16526630promoter 内 3340-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 16525863-16525969(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr02G003087 Chr02 NC_080388.1:51760876-51760886promoter 内 3052-3062 bp - 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 51758673-51759937(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr02G000094 Chr02 NC_080388.1:1235620-1235630promoter 内 2634-2644 bp + 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 1230404-1234263(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr03G000322 Chr03 NC_080389.1:3690879-3690889promoter 内 2315-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 3689097-3689203(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr03G000323 Chr03 NC_080389.1:3699654-3699664promoter 内 2313-2323 bp - 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 3697870-3697976(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr03G001569 Chr03 NC_080389.1:19814445-19814455promoter 内 2295-2305 bp + 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 19816151-19816257(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr02G000705 Chr02 NC_080388.1:11341310-11341320promoter 内 2278-2288 bp - 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 11339491-11339597(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr02G004136 Chr02 NC_080388.1:63623017-63623027promoter 内 2278-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 63624740-63624846(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr03G003699 Chr03 NC_080389.1:55925440-55925450promoter 内 2278-2288 bp - 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 55923621-55923727(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr01G002076 Chr01 NC_080387.1:36711623-36711633promoter 内 2224-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 36708310-36709856(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGAG
SmilChr02G001119 Chr02 NC_080388.1:20154173-20154183promoter 内 1994-2004 bp - 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 20156180-20156251(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAAGTTGTT
SmilChr03G001185 Chr03 NC_080389.1:13608909-13608919promoter 内 1604-1614 bp - 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 13611306-13612343(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr03G000614 Chr03 NC_080389.1:6808353-6808363promoter 内 1546-1556 bp + 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 6804871-6805908(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr03G000295 Chr03 NC_080389.1:3394339-3394349promoter 内 1418-1428 bp + 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 3388576-3391766(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGG
SmilChr02G002858 Chr02 NC_080388.1:48769016-48769026promoter 内 1295-1305 bp - 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 48771722-48772641(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr02G001118 Chr02 NC_080388.1:20157306-20157316promoter 内 1244-1254 bp + 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 20154472-20154559(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAAGTTGTT
SmilChr01G004808 Chr01 NC_080387.1:66303072-66303082promoter 内 943-953 bp - 3048 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 66295259-66300024(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAACTTGAA
SmilChr02G004391 Chr02 NC_080388.1:66254738-66254748promoter 内 771-781 bp - 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 66257968-66258586(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGG
SmilChr01G005922 Chr01 NC_080387.1:75042384-75042394promoter 内 511-521 bp - 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 75037416-75038904(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr03G002438 Chr03 NC_080389.1:38720844-38720854promoter 内 228-238 bp + 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 38716641-38717081(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr03G003904 Chr03 NC_080389.1:58141744-58141754promoter 内 3986-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 58141759-58142458(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr01G004207 Chr01 NC_080387.1:60509628-60509638promoter 内 3866-3876 bp + 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60509763-60514700(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAACTTGAA
SmilChr03G003470 Chr03 NC_080389.1:53164812-53164822promoter 内 3852-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53164961-53171918(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGAG
SmilChr02G001713 Chr02 NC_080388.1:31519719-31519729promoter 内 3765-3775 bp - 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31519955-31524235(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAAGTTGTT
SmilChr02G005160 Chr02 NC_080388.1:72946712-72946722promoter 内 3761-3771 bp + 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72946952-72949072(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr03G002641 Chr03 NC_080389.1:42016210-42016220promoter 内 3671-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42016540-42016929(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGG
SmilChr03G003060 Chr03 NC_080389.1:47539236-47539246promoter 内 3639-3649 bp + 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47539598-47543187(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr02G001647 Chr02 NC_080388.1:30569929-30569939promoter 内 3624-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30568957-30569562(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr03G002963 Chr03 NC_080389.1:46389636-46389646promoter 内 3510-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46390127-46392572(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr01G003398 Chr01 NC_080387.1:52692493-52692503promoter 内 3355-3365 bp - 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52693139-52695815(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGG
SmilChr02G001019 Chr02 NC_080388.1:17991991-17992001promoter 内 3341-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 17992651-17992757(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr03G001952 Chr03 NC_080389.1:27895168-27895178promoter 内 3341-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27895828-27895934(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr01G000587 Chr01 NC_080387.1:12737587-12737597promoter 内 3340-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12736830-12736936(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
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