靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00022202-RA_Salv |
SmilChr02G005502 |
bHLH | XP_057792768.1 |
MP00082 |
TCACGTGG |
9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 111 / 136 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G004527 |
Chr08 | NC_080394.1:54818341-54818348promoter 内 2906-2913 bp |
- | 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 54819436-54821809(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr05G003769 |
Chr05 | NC_080391.1:50931288-50931295promoter 内 2904-2911 bp |
- | 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 50932385-50935430(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr05G002392 |
Chr05 | NC_080391.1:26420948-26420955promoter 内 2902-2909 bp |
- | 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 26422047-26425109(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr03G002614 |
Chr03 | NC_080389.1:41545691-41545698promoter 内 2900-2907 bp |
+ | 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 41542478-41544597(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr05G003780 |
Chr05 | NC_080391.1:51130193-51130200promoter 内 2900-2907 bp |
- | 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 51131294-51134370(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr07G002498 |
Chr07 | NC_080393.1:23714529-23714536promoter 内 2899-2906 bp |
+ | 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 23709151-23713434(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr07G002965 |
Chr07 | NC_080393.1:30129437-30129444promoter 内 2899-2906 bp |
+ | 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 30125195-30128342(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr02G003681 |
Chr02 | NC_080388.1:58176918-58176925promoter 内 2897-2904 bp |
+ | 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 58178022-58180943(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr03G004534 |
Chr03 | NC_080389.1:63373692-63373699promoter 内 2897-2904 bp |
+ | 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 63374796-63378309(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr03G002723 |
Chr03 | NC_080389.1:43236374-43236381promoter 内 2896-2903 bp |
+ | 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 43237479-43237874(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr04G002037 |
Chr04 | NC_080390.1:33088126-33088133promoter 内 2895-2902 bp |
+ | 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 33085708-33087027(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr02G001379 |
Chr02 | NC_080388.1:26100826-26100833promoter 内 2894-2901 bp |
- | 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 26097113-26099726(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr04G000177 |
Chr04 | NC_080390.1:1585157-1585164promoter 内 2893-2900 bp |
+ | 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 1586265-1587756(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr05G003702 |
Chr05 | NC_080391.1:50111627-50111634promoter 内 2893-2900 bp |
+ | 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 50112735-50115205(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr07G000303 |
Chr07 | NC_080393.1:1993741-1993748promoter 内 2893-2900 bp |
+ | 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 1994849-1998318(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr08G003130 |
Chr08 | NC_080394.1:31629446-31629453promoter 内 2893-2900 bp |
+ | 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 31630554-31633124(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr01G002669 |
Chr01 | NC_080387.1:44902655-44902662promoter 内 2891-2898 bp |
- | 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 44903765-44904292(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr07G004706 |
Chr07 | NC_080393.1:59937272-59937279promoter 内 2888-2895 bp |
+ | 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 59934084-59936166(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr03G002339 |
Chr03 | NC_080389.1:36863678-36863685promoter 内 2887-2894 bp |
+ | 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 36864792-36867431(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr02G001647 |
Chr02 | NC_080388.1:30570673-30570680promoter 内 2883-2890 bp |
+ | 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 30568957-30569562(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr04G003038 |
Chr04 | NC_080390.1:46868995-46869002promoter 内 2883-2890 bp |
- | 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 46870113-46873349(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr05G003440 |
Chr05 | NC_080391.1:45734090-45734097promoter 内 2881-2888 bp |
+ | 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 45735210-45738348(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr08G003185 |
Chr08 | NC_080394.1:32567750-32567757promoter 内 2881-2888 bp |
+ | 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 32568870-32568941(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr07G002517 |
Chr07 | NC_080393.1:23853470-23853477promoter 内 2879-2886 bp |
- | 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 23854592-23856695(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr01G005757 |
Chr01 | NC_080387.1:73657010-73657017promoter 内 2878-2885 bp |
+ | 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 73658133-73660972(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr06G002054 |
Chr06 | NC_080392.1:27072093-27072100promoter 内 2878-2885 bp |
- | 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 27069676-27070977(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr01G002496 |
Chr01 | NC_080387.1:42762523-42762530promoter 内 2877-2884 bp |
+ | 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 42756988-42761406(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr03G001763 |
Chr03 | NC_080389.1:24059500-24059507promoter 内 2877-2884 bp |
+ | 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 24055588-24058383(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr04G003354 |
Chr04 | NC_080390.1:50150042-50150049promoter 内 2876-2883 bp |
+ | 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 50151167-50153676(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr04G003640 |
Chr04 | NC_080390.1:52879357-52879364promoter 内 2876-2883 bp |
- | 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 52876039-52878239(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr05G000494 |
Chr05 | NC_080391.1:3852754-3852761promoter 内 2875-2882 bp |
+ | 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 3853880-3854869(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr03G003176 |
Chr03 | NC_080389.1:49210678-49210685promoter 内 2871-2878 bp |
- | 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 49207948-49209555(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr01G003890 |
Chr01 | NC_080387.1:57210164-57210171promoter 内 2870-2877 bp |
+ | 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 57211295-57212440(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr07G000888 |
Chr07 | NC_080393.1:6365318-6365325promoter 内 2868-2875 bp |
- | 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 6360987-6364192(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr03G001966 |
Chr03 | NC_080389.1:28244881-28244888promoter 内 2866-2873 bp |
- | 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 28246016-28249148(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
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- | 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 2928211-2929657(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
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Chr08 | NC_080394.1:10007049-10007056promoter 内 2866-2873 bp |
- | 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 10001668-10005921(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
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+ | 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 76087255-76090162(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr02G002675 |
Chr02 | NC_080388.1:46344730-46344737promoter 内 2858-2865 bp |
- | 1136 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 46342933-46343594(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr04G003945 |
Chr04 | NC_080390.1:55046720-55046727promoter 内 2857-2864 bp |
+ | 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 55040290-55045583(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr06G000812 |
Chr06 | NC_080392.1:7647659-7647666promoter 内 2857-2864 bp |
- | 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 7648803-7650782(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr01G000567 |
Chr01 | NC_080387.1:11743594-11743601promoter 内 2856-2863 bp |
- | 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 11739553-11742456(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
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- | 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 57650555-57656864(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
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- | 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 48720038-48723193(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr05G002251 |
Chr05 | NC_080391.1:24184331-24184338promoter 内 2855-2862 bp |
+ | 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 24175862-24183192(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr01G002458 |
Chr01 | NC_080387.1:42201485-42201492promoter 内 2852-2859 bp |
+ | 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 42202634-42205023(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr01G000183 |
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+ | 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 3143600-3146417(+) |
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MP00082 |
TCACGTGT |
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+ | 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 11393227-11396038(-) |
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+ | 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 27131868-27135351(-) |
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MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr04G000176 |
Chr04 | NC_080390.1:1585157-1585164promoter 内 2851-2858 bp |
+ | 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 1581190-1584014(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |