转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 116 / 167 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003250 Chr08 NC_080394.1:33464153-33464162promoter 内 600-609 bp + 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33459581-33460761(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTA
SmilChr07G002308 Chr07 NC_080393.1:21341344-21341353promoter 内 594-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 21344751-21345334(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGG
SmilChr03G002508 Chr03 NC_080389.1:39931377-39931386promoter 内 592-601 bp + 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 39934786-39936151(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AATGATACGG
SmilChr07G002433 Chr07 NC_080393.1:22728683-22728692promoter 内 586-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 22724583-22725277(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGT
SmilChr05G003486 Chr05 NC_080391.1:46339810-46339819promoter 内 583-592 bp + 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 46343228-46344065(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGT
SmilChr08G000906 Chr08 NC_080394.1:6699092-6699101promoter 内 579-588 bp - 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6702514-6703481(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTA
SmilChr06G001473 Chr06 NC_080392.1:15637147-15637156promoter 内 558-567 bp - 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15640590-15641683(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAC
SmilChr03G001275 Chr03 NC_080389.1:14889252-14889261promoter 内 552-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 14892701-14894798(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAC
SmilChr08G002173 Chr08 NC_080394.1:19655857-19655866promoter 内 495-504 bp - 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19649183-19652360(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGT
SmilChr08G002626 Chr08 NC_080394.1:25638114-25638123promoter 内 491-500 bp + 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 25633170-25634613(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTA
SmilChr05G001861 Chr05 NC_080391.1:18643815-18643824promoter 内 489-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 18647327-18649000(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCATT
SmilChr02G005161 Chr02 NC_080388.1:72952829-72952838promoter 内 487-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 72956343-72960922(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGT
SmilChr02G000133 Chr02 NC_080388.1:1839683-1839692promoter 内 478-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 1825850-1836169(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGG
SmilChr08G001818 Chr08 NC_080394.1:15349179-15349188promoter 内 470-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15343150-15345657(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGT
SmilChr07G004580 Chr07 NC_080393.1:58593658-58593667promoter 内 424-433 bp - 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 58577592-58590090(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGT
SmilChr05G002999 Chr05 NC_080391.1:37078786-37078795promoter 内 420-429 bp - 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 37082367-37086010(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAC
SmilChr03G002730 Chr03 NC_080389.1:43363179-43363188promoter 内 409-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 43366771-43368724(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCATT
SmilChr01G002295 Chr01 NC_080387.1:39775100-39775109promoter 内 387-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 39778714-39782298(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGT
SmilChr08G000319 Chr08 NC_080394.1:2233468-2233477promoter 内 380-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 2227858-2229856(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGT
SmilChr04G003287 Chr04 NC_080390.1:49547626-49547635promoter 内 370-379 bp - 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 49551257-49551328(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAC
SmilChr04G002656 Chr04 NC_080390.1:41969274-41969283promoter 内 339-348 bp - 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 41963246-41965621(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGT
SmilChr05G001224 Chr05 NC_080391.1:10298770-10298779promoter 内 316-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 10302455-10306055(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCATT
SmilChr04G002303 Chr04 NC_080390.1:37293292-37293301promoter 内 311-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 37296982-37302644(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCATT
SmilChr02G004085 Chr02 NC_080388.1:63130700-63130709promoter 内 265-274 bp - 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 63126452-63126973(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AATGATACGG
SmilChr08G002230 Chr08 NC_080394.1:20383222-20383231promoter 内 263-272 bp - 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 20371302-20379493(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AATGATACGG
SmilChr04G004168 Chr04 NC_080390.1:56325725-56325734promoter 内 233-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56318929-56321966(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAC
SmilChr05G002139 Chr05 NC_080391.1:22520809-22520818promoter 内 226-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 22524584-22528104(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGT
SmilChr03G000893 Chr03 NC_080389.1:10228634-10228643promoter 内 223-232 bp - 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 10221382-10224865(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGC
SmilChr01G002801 Chr01 NC_080387.1:46501984-46501993promoter 内 206-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 46496287-46498198(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCATT
SmilChr08G001103 Chr08 NC_080394.1:8525921-8525930promoter 内 205-214 bp - 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8519631-8522134(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGT
SmilChr02G004007 Chr02 NC_080388.1:62409004-62409013promoter 内 171-180 bp + 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 62404052-62405183(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTA
SmilChr01G005128 Chr01 NC_080387.1:69068675-69068684promoter 内 170-179 bp + 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 69072506-69077970(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGT
SmilChr04G003286 Chr04 NC_080390.1:49547626-49547635promoter 内 168-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 49541977-49543802(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGT
SmilChr05G004320 Chr05 NC_080391.1:56863113-56863122promoter 内 165-174 bp - 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56856445-56859286(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGC
SmilChr03G001524 Chr03 NC_080389.1:18767435-18767444promoter 内 155-164 bp + 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 18756055-18763598(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAC
SmilChr06G002692 Chr06 NC_080392.1:38847951-38847960promoter 内 134-143 bp + 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 38833658-38844093(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGG
SmilChr03G004221 Chr03 NC_080389.1:60770747-60770756promoter 内 111-120 bp - 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 60774637-60778588(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCATT
SmilChr03G000200 Chr03 NC_080389.1:2274064-2274073promoter 内 97-106 bp + 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 2277968-2282418(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGT
SmilChr05G001971 Chr05 NC_080391.1:20352099-20352108promoter 内 96-105 bp - 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 20342535-20348203(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGT
SmilChr04G001857 Chr04 NC_080390.1:30245486-30245495promoter 内 95-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 30249392-30251543(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGG
SmilChr04G001821 Chr04 NC_080390.1:29732236-29732245promoter 内 86-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 29726378-29728330(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGC
SmilChr05G001856 Chr05 NC_080391.1:18578911-18578920promoter 内 63-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 18582849-18584213(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGC
SmilChr02G003490 Chr02 NC_080388.1:56160364-56160373promoter 内 22-31 bp - 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56152577-56156394(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGT
SmilChr02G004009 Chr02 NC_080388.1:62409004-62409013promoter 内 10-19 bp + 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 62412995-62417878(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGT
SmilChr04G001822 Chr04 NC_080390.1:29732236-29732245promoter 内 7-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 29727649-29728251(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGC
SmilChr02G002995 Chr02 NC_080388.1:50637148-50637157promoter 内 3-12 bp + 3989 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 50641146-50644974(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGT
SmilChr04G002943 Chr04 NC_080390.1:45729011-45729020promoter 内 2376-2385 bp - 1616 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 45730636-45732886(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTCT
SmilChr03G002094 Chr03 NC_080389.1:32358887-32358896promoter 内 3960-3969 bp + 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 32358928-32362842(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AGAGATACGA
SmilChr04G002141 Chr04 NC_080390.1:34429266-34429275promoter 内 3697-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 34429570-34437474(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AGAGATACGA
SmilChr01G003493 Chr01 NC_080387.1:53508397-53508406promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 53508798-53508904(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG