转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 116 / 136 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003214 Chr05 NC_080391.1:41240586-41240596promoter 内 3228-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41241359-41241464(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCTGAGCC
SmilChr05G003253 Chr05 NC_080391.1:41991505-41991515promoter 内 3228-3238 bp + 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41990637-41990742(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCTGAGCC
SmilChr07G003514 Chr07 NC_080393.1:40144186-40144196promoter 内 3228-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40144959-40145064(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCTGAGCC
SmilChr08G004055 Chr08 NC_080394.1:49069036-49069046promoter 内 3228-3238 bp + 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49068168-49068273(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCTGAGCC
SmilChr08G003887 Chr08 NC_080394.1:46172979-46172989promoter 内 3227-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 46172110-46172215(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCTGAGCC
SmilChr03G003712 Chr03 NC_080389.1:56064746-56064756promoter 内 3153-3163 bp + 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56065594-56068105(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGTCAGCGCC
SmilChr03G003711 Chr03 NC_080389.1:56059123-56059133promoter 内 3152-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56059972-56062482(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGTCAGCGCC
SmilChr07G001247 Chr07 NC_080393.1:9588878-9588888promoter 内 3123-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 9585961-9588010(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CAGGCTGAGCA
SmilChr02G004972 Chr02 NC_080388.1:71609296-71609306promoter 内 3091-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 71605631-71608396(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACCCTGAGCC
SmilChr01G003917 Chr01 NC_080387.1:57441796-57441806promoter 内 3043-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57442754-57447133(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGACTT
SmilChr05G000059 Chr05 NC_080391.1:275994-276004promoter 内 3020-3030 bp + 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 276975-279943(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGTG
SmilChr03G001833 Chr03 NC_080389.1:25139373-25139383promoter 内 3010-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 25140364-25141017(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACCCTGAGCC
SmilChr04G002985 Chr04 NC_080390.1:46261680-46261690promoter 内 2946-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 46262735-46265981(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCTGAGCC
SmilChr03G002244 Chr03 NC_080389.1:35395917-35395927promoter 内 2935-2945 bp - 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 35396983-35399260(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACCA
SmilChr01G003221 Chr01 NC_080387.1:50978127-50978137promoter 内 2926-2936 bp + 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50976100-50977062(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGACTT
SmilChr08G003838 Chr08 NC_080394.1:44728473-44728483promoter 内 2878-2888 bp + 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 44727289-44727360(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACCA
SmilChr01G005134 Chr01 NC_080387.1:69142447-69142457promoter 内 2850-2860 bp - 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 69141234-69141306(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGTA
SmilChr02G004089 Chr02 NC_080388.1:63171188-63171198promoter 内 2810-2820 bp - 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 63165024-63170007(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCTTCAGCGCA
SmilChr06G000849 Chr06 NC_080392.1:8042867-8042877promoter 内 2796-2806 bp + 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 8036458-8041672(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGACTT
SmilChr08G003703 Chr08 NC_080394.1:41507534-41507544promoter 内 2760-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41508775-41512235(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGTG
SmilChr04G002282 Chr04 NC_080390.1:37060820-37060830promoter 内 2750-2760 bp - 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37056328-37059579(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGTA
SmilChr03G001529 Chr03 NC_080389.1:19079715-19079725promoter 内 2722-2732 bp + 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19077686-19078446(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAAGG
SmilChr03G004749 Chr03 NC_080389.1:64580510-64580520promoter 内 2710-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 64581801-64585901(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CAGGCTGAGCA
SmilChr02G002075 Chr02 NC_080388.1:37331955-37331965promoter 内 2579-2589 bp + 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37333377-37345311(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGTCAGCGCC
SmilChr04G000674 Chr04 NC_080390.1:7650345-7650355promoter 内 2563-2573 bp - 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7651783-7655599(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CAGGCTGAGCA
SmilChr08G003837 Chr08 NC_080394.1:44728473-44728483promoter 内 2560-2570 bp + 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 44726299-44727042(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACCA
SmilChr02G002399 Chr02 NC_080388.1:41877727-41877737promoter 内 2556-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41879172-41880548(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGACTT
SmilChr02G001160 Chr02 NC_080388.1:21163156-21163166promoter 内 2551-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21160679-21161716(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGAT
SmilChr06G002128 Chr06 NC_080392.1:28622324-28622334promoter 内 2501-2511 bp + 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 28623824-28623930(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGAA
SmilChr08G003778 Chr08 NC_080394.1:43353077-43353087promoter 内 2444-2454 bp - 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43350808-43351530(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGTG
SmilChr03G000608 Chr03 NC_080389.1:6717528-6717538promoter 内 2418-2428 bp - 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6714808-6715955(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGTG
SmilChr08G001436 Chr08 NC_080394.1:11518388-11518398promoter 内 2310-2320 bp - 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 11515258-11516707(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGTCAGCGCC
SmilChr08G001728 Chr08 NC_080394.1:14534080-14534090promoter 内 2292-2302 bp - 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 14535789-14538336(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CAGGCTGAGCA
SmilChr05G002970 Chr05 NC_080391.1:36089358-36089368promoter 内 2237-2247 bp - 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 36091122-36092295(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAAGG
SmilChr05G001680 Chr05 NC_080391.1:15944737-15944747promoter 内 2209-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 15942253-15942955(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACCCAGCGCG
SmilChr08G004073 Chr08 NC_080394.1:49369326-49369336promoter 内 2183-2193 bp - 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49366188-49367518(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGTCAGCGCC
SmilChr03G004639 Chr03 NC_080389.1:63988295-63988305promoter 内 2154-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 63990142-63993226(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCTCAGCGCA
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SmilChr04G000775 Chr04 NC_080390.1:9494100-9494110promoter 内 2078-2088 bp + 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 9496023-9496129(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGAA
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SmilChr08G004070 Chr08 NC_080394.1:49347516-49347526promoter 内 1790-1800 bp - 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49344419-49345315(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGTCAGCGCC
SmilChr04G003142 Chr04 NC_080390.1:47990914-47990924promoter 内 1764-1774 bp + 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47993151-48004402(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCTTCAGCGCA
SmilChr08G001393 Chr08 NC_080394.1:11162338-11162348promoter 内 1751-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 11164588-11165880(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCTG
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SmilChr08G003031 Chr08 NC_080394.1:30455340-30455350promoter 内 1670-1680 bp + 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30451813-30453019(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGACTT