转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 117 / 151 下载 TSV

上一页 117 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000067 Chr03 NC_080389.1:768185-768197promoter 内 3573-3585 bp - 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 766367-767769(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCAACTACCTTT
SmilChr01G005158 Chr01 NC_080387.1:69352615-69352627promoter 内 3536-3548 bp - 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 69347310-69352162(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCTAT
SmilChr02G003267 Chr02 NC_080388.1:53935985-53935997promoter 内 3107-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 53936879-53938637(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTATCATT
SmilChr03G002517 Chr03 NC_080389.1:40099737-40099749promoter 内 2966-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 40097042-40098714(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAC
SmilChr01G005159 Chr01 NC_080387.1:69352615-69352627promoter 内 1856-1868 bp - 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 69354760-69355445(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAGATAGGTAAA
SmilChr01G003363 Chr01 NC_080387.1:52380194-52380206promoter 内 1567-1579 bp + 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 52376428-52377772(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTTGTAGGTAGA
SmilChr04G000323 Chr04 NC_080390.1:2939912-2939924promoter 内 884-896 bp - 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 2935453-2936807(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCTAT
SmilChr03G000030 Chr03 NC_080389.1:374965-374977promoter 内 811-823 bp - 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 378155-379450(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGGTAGGCGGC
SmilChr04G003923 Chr04 NC_080390.1:54910241-54910253promoter 内 775-787 bp - 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 54913467-54916873(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAC
SmilChr01G005238 Chr01 NC_080387.1:69947675-69947687promoter 内 271-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 69941803-69943957(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTTGTAGGTAGA
SmilChr01G000182 Chr01 NC_080387.1:3130008-3130020promoter 内 195-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 3133814-3136631(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCGGTTAGGTAAT
SmilChr05G001234 Chr05 NC_080391.1:10461842-10461854promoter 内 3984-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10461859-10464092(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCTAT
SmilChr02G002203 Chr02 NC_080388.1:39238727-39238739promoter 内 3963-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39238765-39239775(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACACCTACCTCT
SmilChr03G002911 Chr03 NC_080389.1:45859637-45859649promoter 内 3917-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 45859721-45861379(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATCTG
SmilChr01G004837 Chr01 NC_080387.1:66509388-66509400promoter 内 3901-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 66502369-66509300(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACTAGG
SmilChr04G001347 Chr04 NC_080390.1:21833282-21833294promoter 内 3864-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 21829499-21833157(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCAACTACCTTT
SmilChr05G000462 Chr05 NC_080391.1:3498463-3498475promoter 内 3788-3800 bp - 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3491922-3498262(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACGTACCTTT
SmilChr02G000168 Chr02 NC_080388.1:2173438-2173450promoter 内 3756-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2173683-2177646(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAC
SmilChr02G004539 Chr02 NC_080388.1:67964237-67964249promoter 内 3733-3745 bp - 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 67964505-67965669(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTGGTAGGTTCA
SmilChr02G003790 Chr02 NC_080388.1:59552760-59552772promoter 内 3719-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 59550439-59552490(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAC
SmilChr03G000029 Chr03 NC_080389.1:374965-374977promoter 内 3691-3703 bp - 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 375275-377717(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGGTAGGCGGC
SmilChr04G002243 Chr04 NC_080390.1:36225791-36225803promoter 内 3677-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 36223288-36225479(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGATAGGTAAA
SmilChr05G001772 Chr05 NC_080391.1:17414902-17414914promoter 内 3658-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 17412009-17414571(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCCGGTAGGTTAA
SmilChr05G001753 Chr05 NC_080391.1:17070393-17070405promoter 内 3646-3658 bp + 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 17067502-17070050(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCCGGTAGGTTAA
SmilChr01G003101 Chr01 NC_080387.1:49816969-49816981promoter 内 3629-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49812765-49816609(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACGTACCTTT
SmilChr01G003439 Chr01 NC_080387.1:52988176-52988188promoter 内 3602-3614 bp + 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52988575-52988647(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCAACTACCTTT
SmilChr03G000212 Chr03 NC_080389.1:2471702-2471714promoter 内 3601-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2472102-2472657(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTACCTACAAAG
SmilChr01G004168 Chr01 NC_080387.1:60182459-60182471promoter 内 3598-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60182862-60184442(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAC
SmilChr01G004700 Chr01 NC_080387.1:65102533-65102545promoter 内 3552-3564 bp - 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 65099193-65102096(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACACCTACCATT
SmilChr04G002029 Chr04 NC_080390.1:32995822-32995834promoter 内 3470-3482 bp + 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32992541-32995303(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTGTGTAGGTAGC
SmilChr05G000189 Chr05 NC_080391.1:1504010-1504022promoter 内 3464-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1504547-1509463(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCAACTACCTTT
SmilChr03G003852 Chr03 NC_080389.1:57640315-57640327promoter 内 3295-3307 bp - 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 57637603-57639621(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAACAT
SmilChr01G003559 Chr01 NC_080387.1:54198804-54198816promoter 内 3203-3215 bp - 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54199602-54203213(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAGATAGGTAAA
SmilChr05G000278 Chr05 NC_080391.1:2163124-2163136promoter 内 3175-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2163950-2167847(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACGTACCTTT
SmilChr01G000201 Chr01 NC_080387.1:3466106-3466118promoter 内 3164-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3466943-3469274(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAC
SmilChr03G003249 Chr03 NC_080389.1:50376828-50376840promoter 内 3141-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50377688-50380609(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTATCTCT
SmilChr03G001743 Chr03 NC_080389.1:23518126-23518138promoter 内 3140-3152 bp + 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 23515333-23517277(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGGTAGGCGGC
SmilChr02G003585 Chr02 NC_080388.1:57018404-57018416promoter 内 3019-3031 bp - 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 57016493-57017434(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACACC
SmilChr05G001028 Chr05 NC_080391.1:8434160-8434172promoter 内 3018-3030 bp - 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8430870-8433189(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAATAG
SmilChr05G001982 Chr05 NC_080391.1:20506510-20506522promoter 内 2999-3011 bp + 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 20507512-20507593(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACAGG
SmilChr04G001869 Chr04 NC_080390.1:30501556-30501568promoter 内 2991-3003 bp - 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30496658-30500558(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCAACTACCTTT
SmilChr03G004199 Chr03 NC_080389.1:60631770-60631782promoter 内 2957-2969 bp - 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60627061-60630738(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCGCCTACCTCG
SmilChr02G000038 Chr02 NC_080388.1:473881-473893promoter 内 2909-2921 bp - 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 474973-478772(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCTGTAGGTAAA
SmilChr02G001138 Chr02 NC_080388.1:20513318-20513330promoter 内 2896-2908 bp - 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 20509831-20512225(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCAACTACCTTT
SmilChr03G001020 Chr03 NC_080389.1:11752327-11752339promoter 内 2861-2873 bp - 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 11747418-11751199(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACAAGG
SmilChr05G000691 Chr05 NC_080391.1:5230274-5230286promoter 内 2830-2842 bp - 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5231445-5234476(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAATTAGGTAAT
SmilChr01G001911 Chr01 NC_080387.1:34259867-34259879promoter 内 2829-2841 bp - 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 34261039-34264431(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGGC
SmilChr04G001870 Chr04 NC_080390.1:30501556-30501568promoter 内 2805-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30502752-30505420(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTGAC
SmilChr03G001087 Chr03 NC_080389.1:12577881-12577893promoter 内 2798-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12574078-12576690(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCAACTACCTTT
SmilChr05G001436 Chr05 NC_080391.1:13101889-13101901promoter 内 2754-2766 bp - 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13098022-13100654(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCTAT