转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 124 / 137 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003130 Chr05 NC_080391.1:39936272-39936280promoter 内 2998-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 39937275-39938309(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr07G004674 Chr07 NC_080393.1:59688008-59688016promoter 内 2969-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 59689040-59692958(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr03G003611 Chr03 NC_080389.1:54728471-54728479promoter 内 2962-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54729510-54733400(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr01G001627 Chr01 NC_080387.1:30334185-30334193promoter 内 2949-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 30335237-30340440(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr01G004787 Chr01 NC_080387.1:66096605-66096613promoter 内 2946-2954 bp - 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 66093412-66095558(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
SmilChr08G002412 Chr08 NC_080394.1:22905561-22905569promoter 内 2913-2921 bp - 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 22906649-22907149(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr05G002899 Chr05 NC_080391.1:34820440-34820448promoter 内 2899-2907 bp + 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 34818882-34819346(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr02G002981 Chr02 NC_080388.1:50374283-50374291promoter 内 2722-2730 bp + 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50370905-50373012(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr07G000814 Chr07 NC_080393.1:5744398-5744406promoter 内 2678-2686 bp - 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 5741070-5743083(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
SmilChr05G001544 Chr05 NC_080391.1:14135190-14135198promoter 内 2669-2677 bp + 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 14136522-14138957(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
SmilChr05G000380 Chr05 NC_080391.1:2863496-2863504promoter 内 2535-2543 bp - 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 2864962-2867075(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr06G000971 Chr06 NC_080392.1:9425072-9425080promoter 内 2502-2510 bp - 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 9426571-9429027(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr05G000857 Chr05 NC_080391.1:6775990-6775998promoter 内 2455-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 6771295-6774452(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr06G000946 Chr06 NC_080392.1:9068437-9068445promoter 内 2379-2387 bp - 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 9070059-9072509(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr06G001651 Chr06 NC_080392.1:18714154-18714162promoter 内 2356-2364 bp - 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 18710658-18712517(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
SmilChr01G005758 Chr01 NC_080387.1:73673582-73673590promoter 内 2343-2351 bp - 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 73661649-73671932(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
SmilChr01G002037 Chr01 NC_080387.1:36003717-36003725promoter 内 2334-2342 bp - 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 36005384-36007005(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr03G001188 Chr03 NC_080389.1:13678334-13678342promoter 内 2288-2296 bp + 1705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13680047-13685540(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
SmilChr02G001440 Chr02 NC_080388.1:27083500-27083508promoter 内 2272-2280 bp - 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 27085229-27088122(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr04G004098 Chr04 NC_080390.1:55953316-55953324promoter 内 2232-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55955085-55963109(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr02G004664 Chr02 NC_080388.1:69027023-69027031promoter 内 2231-2239 bp - 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 69028793-69031788(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr04G001193 Chr04 NC_080390.1:18255148-18255156promoter 内 2197-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 18249630-18253352(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr06G001945 Chr06 NC_080392.1:23937684-23937692promoter 内 2165-2173 bp - 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 23939520-23944110(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr02G002879 Chr02 NC_080388.1:49051393-49051401promoter 内 2142-2150 bp - 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 49053252-49058102(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr03G004246 Chr03 NC_080389.1:60965413-60965421promoter 内 2132-2140 bp - 1861 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 60963097-60963552(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
SmilChr07G001672 Chr07 NC_080393.1:14185563-14185571promoter 内 2048-2056 bp - 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 14187516-14188001(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr01G003282 Chr01 NC_080387.1:51512987-51512995promoter 内 2033-2041 bp - 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 51514955-51522867(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr07G002418 Chr07 NC_080393.1:22534904-22534912promoter 内 1943-1951 bp - 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 22529445-22532854(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
SmilChr03G003862 Chr03 NC_080389.1:57705677-57705685promoter 内 1933-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 57699908-57703617(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr07G001206 Chr07 NC_080393.1:9201890-9201898promoter 内 1882-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 9196812-9199779(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr08G003036 Chr08 NC_080394.1:30537079-30537087promoter 内 1873-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 30539207-30541016(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
SmilChr07G002841 Chr07 NC_080393.1:28511833-28511841promoter 内 1811-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28514023-28516329(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr01G000940 Chr01 NC_080387.1:19898773-19898781promoter 内 1807-1815 bp + 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19900967-19902477(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
SmilChr01G004376 Chr01 NC_080387.1:61959061-61959069promoter 内 1731-1739 bp + 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 61961331-61963526(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
SmilChr03G001226 Chr03 NC_080389.1:14146569-14146577promoter 内 1650-1658 bp - 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 14148920-14152203(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTA
SmilChr03G000420 Chr03 NC_080389.1:4570731-4570739promoter 内 1567-1575 bp - 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 4567390-4568305(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TAGTACGGA
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