靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021663-RA_Salv |
SmilChr01G000025 |
SBP | XP_057790305.1 |
MP00633 |
TTGTACGGA |
8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 124 / 137 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr05G003130 |
Chr05 | NC_080391.1:39936272-39936280promoter 内 2998-3006 bp |
- | 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 39937275-39938309(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr07G004674 |
Chr07 | NC_080393.1:59688008-59688016promoter 内 2969-2977 bp |
- | 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 59689040-59692958(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr03G003611 |
Chr03 | NC_080389.1:54728471-54728479promoter 内 2962-2970 bp |
- | 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 54729510-54733400(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr01G001627 |
Chr01 | NC_080387.1:30334185-30334193promoter 内 2949-2957 bp |
- | 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 30335237-30340440(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr01G004787 |
Chr01 | NC_080387.1:66096605-66096613promoter 内 2946-2954 bp |
- | 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 66093412-66095558(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
SmilChr08G002412 |
Chr08 | NC_080394.1:22905561-22905569promoter 内 2913-2921 bp |
- | 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 22906649-22907149(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr05G002899 |
Chr05 | NC_080391.1:34820440-34820448promoter 内 2899-2907 bp |
+ | 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 34818882-34819346(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr02G002981 |
Chr02 | NC_080388.1:50374283-50374291promoter 内 2722-2730 bp |
+ | 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 50370905-50373012(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr07G000814 |
Chr07 | NC_080393.1:5744398-5744406promoter 内 2678-2686 bp |
- | 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 5741070-5743083(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
SmilChr05G001544 |
Chr05 | NC_080391.1:14135190-14135198promoter 内 2669-2677 bp |
+ | 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 14136522-14138957(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
SmilChr05G000380 |
Chr05 | NC_080391.1:2863496-2863504promoter 内 2535-2543 bp |
- | 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 2864962-2867075(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr06G000971 |
Chr06 | NC_080392.1:9425072-9425080promoter 内 2502-2510 bp |
- | 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 9426571-9429027(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr05G000857 |
Chr05 | NC_080391.1:6775990-6775998promoter 内 2455-2463 bp |
+ | 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 6771295-6774452(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr06G000946 |
Chr06 | NC_080392.1:9068437-9068445promoter 内 2379-2387 bp |
- | 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 9070059-9072509(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr06G001651 |
Chr06 | NC_080392.1:18714154-18714162promoter 内 2356-2364 bp |
- | 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 18710658-18712517(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
SmilChr01G005758 |
Chr01 | NC_080387.1:73673582-73673590promoter 内 2343-2351 bp |
- | 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 73661649-73671932(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
SmilChr01G002037 |
Chr01 | NC_080387.1:36003717-36003725promoter 内 2334-2342 bp |
- | 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 36005384-36007005(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr03G001188 |
Chr03 | NC_080389.1:13678334-13678342promoter 内 2288-2296 bp |
+ | 1705 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 13680047-13685540(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
SmilChr02G001440 |
Chr02 | NC_080388.1:27083500-27083508promoter 内 2272-2280 bp |
- | 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 27085229-27088122(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr04G004098 |
Chr04 | NC_080390.1:55953316-55953324promoter 内 2232-2240 bp |
- | 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 55955085-55963109(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr02G004664 |
Chr02 | NC_080388.1:69027023-69027031promoter 内 2231-2239 bp |
- | 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 69028793-69031788(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr04G001193 |
Chr04 | NC_080390.1:18255148-18255156promoter 内 2197-2205 bp |
+ | 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 18249630-18253352(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr06G001945 |
Chr06 | NC_080392.1:23937684-23937692promoter 内 2165-2173 bp |
- | 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 23939520-23944110(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr02G002879 |
Chr02 | NC_080388.1:49051393-49051401promoter 内 2142-2150 bp |
- | 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 49053252-49058102(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr03G004246 |
Chr03 | NC_080389.1:60965413-60965421promoter 内 2132-2140 bp |
- | 1861 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 60963097-60963552(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
SmilChr07G001672 |
Chr07 | NC_080393.1:14185563-14185571promoter 内 2048-2056 bp |
- | 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 14187516-14188001(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr01G003282 |
Chr01 | NC_080387.1:51512987-51512995promoter 内 2033-2041 bp |
- | 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 51514955-51522867(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr07G002418 |
Chr07 | NC_080393.1:22534904-22534912promoter 内 1943-1951 bp |
- | 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 22529445-22532854(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
SmilChr03G003862 |
Chr03 | NC_080389.1:57705677-57705685promoter 内 1933-1941 bp |
+ | 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 57699908-57703617(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr07G001206 |
Chr07 | NC_080393.1:9201890-9201898promoter 内 1882-1890 bp |
+ | 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 9196812-9199779(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACTA |
SmilChr08G003036 |
Chr08 | NC_080394.1:30537079-30537087promoter 内 1873-1881 bp |
+ | 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 30539207-30541016(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
SmilChr07G002841 |
Chr07 | NC_080393.1:28511833-28511841promoter 内 1811-1819 bp |
- | 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 28514023-28516329(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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Chr01 | NC_080387.1:19898773-19898781promoter 内 1807-1815 bp |
+ | 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 19900967-19902477(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
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Chr01 | NC_080387.1:61959061-61959069promoter 内 1731-1739 bp |
+ | 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 61961331-61963526(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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Chr03 | NC_080389.1:14146569-14146577promoter 内 1650-1658 bp |
- | 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 14148920-14152203(+) |
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MP00633 |
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- | 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 4567390-4568305(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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- | 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 14188002-14188730(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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- | 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 55949475-55950883(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
SmilChr01G001952 |
Chr01 | NC_080387.1:34732465-34732473promoter 内 1514-1522 bp |
+ | 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 34727999-34729986(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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- | 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 412836-414785(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
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- | 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 24405973-24407366(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
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- | 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 30134126-30134509(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
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- | 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 49833980-49834968(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
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- | 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 22537571-22538300(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
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SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TAGTACGGA |
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+ | 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.3/ 100 | 1 | 12691818-12693652(-) |
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