转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 124 / 136 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004619 Chr01 NC_080387.1:64203073-64203083promoter 内 1590-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 64205484-64206311(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr01G004525 Chr01 NC_080387.1:63452748-63452758promoter 内 206-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 63446682-63448963(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr01G001068 Chr01 NC_080387.1:22026147-22026157promoter 内 3982-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22024948-22026138(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACTGCTGAGCG
SmilChr05G002901 Chr05 NC_080391.1:34867085-34867095promoter 内 3975-3985 bp - 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34867111-34868145(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr03G004670 Chr03 NC_080389.1:64166300-64166310promoter 内 3970-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64163545-64166279(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGAT
SmilChr02G002920 Chr02 NC_080388.1:49509062-49509072promoter 内 3964-3974 bp - 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49508532-49509035(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAA
SmilChr02G002948 Chr02 NC_080388.1:50013875-50013885promoter 内 3964-3974 bp + 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 50013912-50014415(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAA
SmilChr08G004712 Chr08 NC_080394.1:56548639-56548649promoter 内 3930-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56545405-56548578(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAATG
SmilChr06G000256 Chr06 NC_080392.1:1691267-1691277promoter 内 3890-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1691378-1694935(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr06G000257 Chr06 NC_080392.1:1695537-1695547promoter 内 3890-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1695648-1699202(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr06G000258 Chr06 NC_080392.1:1699806-1699816promoter 内 3890-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1699917-1704303(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr08G004587 Chr08 NC_080394.1:55446005-55446015promoter 内 3871-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55442429-55445885(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr01G001787 Chr01 NC_080387.1:32744594-32744604promoter 内 3825-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 32743124-32744428(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGTT
SmilChr08G004088 Chr08 NC_080394.1:49566318-49566328promoter 内 3804-3814 bp - 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49563796-49566131(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGAT
SmilChr03G002594 Chr03 NC_080389.1:41243378-41243388promoter 内 3774-3784 bp - 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41242315-41243161(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCCC
SmilChr02G002288 Chr02 NC_080388.1:40416834-40416844promoter 内 3772-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40417063-40422432(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAT
SmilChr01G006043 Chr01 NC_080387.1:75955869-75955879promoter 内 3720-3730 bp - 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 75956150-75956609(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TTCGCTGAGGG
SmilChr06G002137 Chr06 NC_080392.1:28941703-28941713promoter 内 3711-3721 bp - 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28941993-28942099(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr03G001978 Chr03 NC_080389.1:28644768-28644778promoter 内 3697-3707 bp + 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28643740-28644474(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAT
SmilChr05G002578 Chr05 NC_080391.1:29005179-29005189promoter 内 3629-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 29005551-29007083(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACCCTGAGCC
SmilChr06G000122 Chr06 NC_080392.1:862305-862315promoter 内 3567-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 862739-863483(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGTT
SmilChr02G005037 Chr02 NC_080388.1:72063803-72063813promoter 内 3564-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 72064240-72066161(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr08G004190 Chr08 NC_080394.1:51306981-51306991promoter 内 3544-3554 bp + 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51307438-51307716(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr07G003085 Chr07 NC_080393.1:32533674-32533684promoter 内 3503-3513 bp - 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 32534172-32535611(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr08G002876 Chr08 NC_080394.1:28665362-28665372promoter 内 3447-3457 bp - 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28665916-28668370(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr03G002475 Chr03 NC_080389.1:39213365-39213375promoter 内 3441-3451 bp + 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39211130-39212815(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAT
SmilChr02G002306 Chr02 NC_080388.1:40683587-40683597promoter 内 3343-3353 bp - 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40684245-40687671(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr03G004249 Chr03 NC_080389.1:60970858-60970868promoter 内 3342-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60971517-60975668(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr02G003372 Chr02 NC_080388.1:54851166-54851176promoter 内 3331-3341 bp + 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54851836-54853897(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATTCAGCGCC
SmilChr07G003422 Chr07 NC_080393.1:37389463-37389473promoter 内 3283-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37388165-37388755(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr07G003637 Chr07 NC_080393.1:43085594-43085604promoter 内 3267-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 43083464-43084870(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr03G000787 Chr03 NC_080389.1:8960729-8960739promoter 内 3266-3276 bp - 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8961464-8962555(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr05G003504 Chr05 NC_080391.1:46776594-46776604promoter 内 3266-3276 bp - 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 46777329-46779116(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr04G003171 Chr04 NC_080390.1:48344235-48344245promoter 内 3265-3275 bp - 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48342003-48343509(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGAG
SmilChr02G000819 Chr02 NC_080388.1:13795131-13795141promoter 内 3247-3257 bp + 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13793998-13794387(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAT
SmilChr02G000521 Chr02 NC_080388.1:7162455-7162465promoter 内 3237-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7163219-7165430(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr01G004547 Chr01 NC_080387.1:63601281-63601291promoter 内 3190-3200 bp + 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63602092-63602163(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr08G002424 Chr08 NC_080394.1:23017995-23018005promoter 内 3176-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 23018820-23019426(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCTCAGCGCT
SmilChr04G003044 Chr04 NC_080390.1:46974928-46974938promoter 内 3161-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 46975768-46977181(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGAG
SmilChr01G001018 Chr01 NC_080387.1:21351393-21351403promoter 内 3118-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21345982-21350520(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr05G000984 Chr05 NC_080391.1:7969322-7969332promoter 内 3087-3097 bp + 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7970236-7973048(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGAT
SmilChr03G004700 Chr03 NC_080389.1:64313294-64313304promoter 内 3073-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64314222-64317049(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCCC
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SmilChr02G003475 Chr02 NC_080388.1:56052189-56052199promoter 内 3009-3019 bp + 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56053181-56053732(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAA
SmilChr05G003049 Chr05 NC_080391.1:38268330-38268340promoter 内 2998-3008 bp - 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 38269333-38271495(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACCCTGAGCC
SmilChr02G001591 Chr02 NC_080388.1:29681368-29681378promoter 内 2967-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 29677481-29680344(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGTT
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SmilChr03G003665 Chr03 NC_080389.1:55497041-55497051promoter 内 2862-2872 bp + 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55493349-55495912(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA