转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 125 / 137 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002026 Chr03 NC_080389.1:30377840-30377850promoter 内 3953-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30376592-30377802(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGTT
SmilChr03G001053 Chr03 NC_080389.1:12244632-12244642promoter 内 3910-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 12244723-12246166(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTG
SmilChr02G000832 Chr02 NC_080388.1:14093714-14093724promoter 内 3847-3857 bp + 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14093868-14096579(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAG
SmilChr02G004378 Chr02 NC_080388.1:66131374-66131384promoter 内 3703-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 66131672-66136901(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTG
SmilChr01G000380 Chr01 NC_080387.1:7818495-7818505promoter 内 3677-3687 bp - 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7818819-7822732(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTG
SmilChr02G004247 Chr02 NC_080388.1:64658706-64658716promoter 内 3640-3650 bp - 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 64659067-64663174(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTG
SmilChr03G000600 Chr03 NC_080389.1:6671136-6671146promoter 内 3540-3550 bp + 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6671597-6674356(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAG
SmilChr02G000517 Chr02 NC_080388.1:7145763-7145773promoter 内 3498-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7143063-7145270(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAG
SmilChr01G000161 Chr01 NC_080387.1:2702103-2702113promoter 内 3357-3367 bp - 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2701038-2701469(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GGGAACTTGCA
SmilChr02G004293 Chr02 NC_080388.1:65294359-65294369promoter 内 3341-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 65292844-65293709(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTG
SmilChr01G002871 Chr01 NC_080387.1:47315574-47315584promoter 内 3326-3336 bp - 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 47313474-47314909(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAACTTGTT
SmilChr03G001893 Chr03 NC_080389.1:26431604-26431614promoter 内 3267-3277 bp - 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26432338-26433530(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGTT
SmilChr03G001385 Chr03 NC_080389.1:16372553-16372563promoter 内 3260-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16373294-16374594(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAG
SmilChr02G001527 Chr02 NC_080388.1:28400111-28400121promoter 内 3213-3223 bp - 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 28400899-28404000(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTG
SmilChr02G000685 Chr02 NC_080388.1:10820760-10820770promoter 内 3192-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10816903-10819961(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAG
SmilChr01G002004 Chr01 NC_080387.1:35545273-35545283promoter 内 3145-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 35540745-35544427(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAACTTGTT
SmilChr01G000311 Chr01 NC_080387.1:6020192-6020202promoter 内 3102-3112 bp - 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6017775-6019303(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAG
SmilChr02G000025 Chr02 NC_080388.1:253482-253492promoter 内 3095-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 249842-252586(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTG
SmilChr03G000096 Chr03 NC_080389.1:1065774-1065784promoter 内 3089-3099 bp + 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1066686-1072914(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAG
SmilChr01G002663 Chr01 NC_080387.1:44873273-44873283promoter 内 3037-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44870500-44872319(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGTT
SmilChr03G001007 Chr03 NC_080389.1:11396445-11396455promoter 内 3025-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11397421-11398340(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGTT
SmilChr03G001008 Chr03 NC_080389.1:11406639-11406649promoter 内 3025-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11407615-11408534(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGTT
SmilChr02G003916 Chr02 NC_080388.1:61252680-61252690promoter 内 2953-2963 bp + 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 61250076-61251642(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGTT
SmilChr01G001295 Chr01 NC_080387.1:25792275-25792285promoter 内 2941-2951 bp - 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 25793335-25805075(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGTT
SmilChr02G000729 Chr02 NC_080388.1:11838044-11838054promoter 内 2884-2894 bp - 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11835444-11836937(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAACTTGTT
SmilChr03G002776 Chr03 NC_080389.1:44174805-44174815promoter 内 2854-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44165206-44173668(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAACTTGTT
SmilChr03G000596 Chr03 NC_080389.1:6617266-6617276promoter 内 2825-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6613066-6616100(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGTT
SmilChr01G002561 Chr01 NC_080387.1:43740649-43740659promoter 内 2350-2360 bp + 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43742300-43747956(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAG
SmilChr01G000075 Chr01 NC_080387.1:1325505-1325515promoter 内 2336-2346 bp + 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1320766-1323850(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTG
SmilChr02G000946 Chr02 NC_080388.1:16479798-16479808promoter 内 2123-2133 bp - 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16481676-16483898(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGTT
SmilChr01G002923 Chr01 NC_080387.1:48017330-48017340promoter 内 1999-2009 bp + 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 48005444-48015338(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGTT
SmilChr03G000521 Chr03 NC_080389.1:5605920-5605930promoter 内 1991-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5607930-5608882(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAG
SmilChr03G001621 Chr03 NC_080389.1:20780578-20780588promoter 内 1923-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 20776699-20778510(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGTG
SmilChr03G002433 Chr03 NC_080389.1:38628439-38628449promoter 内 1880-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38630560-38633258(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGTT
SmilChr02G001971 Chr02 NC_080388.1:35687876-35687886promoter 内 1835-1845 bp + 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 35690042-35690148(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAG
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