转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 127 / 138 下载 TSV

上一页 127 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003990 Chr03 NC_080389.1:58928698-58928710promoter 内 3502-3514 bp - 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58929197-58933163(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAAGTCAACTAA
SmilChr02G003791 Chr02 NC_080388.1:59568556-59568568promoter 内 3471-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59569086-59572242(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAATTT
SmilChr03G002466 Chr03 NC_080389.1:39140170-39140182promoter 内 3471-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39132943-39139652(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAATTT
SmilChr01G002478 Chr01 NC_080387.1:42519773-42519785promoter 内 3445-3457 bp - 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42520329-42524352(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr02G001548 Chr02 NC_080388.1:28774535-28774547promoter 内 3443-3455 bp - 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28775093-28778230(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCGAGTCAACATG
SmilChr02G005355 Chr02 NC_080388.1:74296504-74296516promoter 内 3373-3385 bp - 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74295801-74295888(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTACA
SmilChr03G000692 Chr03 NC_080389.1:7729538-7729550promoter 内 3331-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7730208-7731614(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAAGTCAACTAA
SmilChr02G002522 Chr02 NC_080388.1:43829408-43829420promoter 内 3294-3306 bp + 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 43825725-43828713(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAATTT
SmilChr02G001205 Chr02 NC_080388.1:22222626-22222638promoter 内 3253-3265 bp - 736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22223374-22227993(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAACTAA
SmilChr03G002781 Chr03 NC_080389.1:44268229-44268241promoter 内 3252-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44264021-44267492(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr03G002782 Chr03 NC_080389.1:44274075-44274087promoter 内 3252-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44269927-44273338(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr03G000555 Chr03 NC_080389.1:6010754-6010766promoter 内 3251-3263 bp - 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6006474-6010016(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATTTTGACTATT
SmilChr02G005354 Chr02 NC_080388.1:74296504-74296516promoter 内 3216-3228 bp - 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74295644-74295731(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTACA
SmilChr02G005221 Chr02 NC_080388.1:73426050-73426062promoter 内 3138-3150 bp - 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73426913-73431663(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCGAGTCAACTAA
SmilChr01G000530 Chr01 NC_080387.1:10838569-10838581promoter 内 3134-3146 bp - 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10834673-10837714(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTCGG
SmilChr02G003684 Chr02 NC_080388.1:58207190-58207202promoter 内 3117-3129 bp - 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58208074-58213277(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAATTT
SmilChr02G003520 Chr02 NC_080388.1:56366480-56366492promoter 内 3107-3119 bp - 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56367374-56370898(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr03G001313 Chr03 NC_080389.1:15406192-15406204promoter 内 3101-3113 bp + 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15402993-15405304(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCGAGTCAACTAA
SmilChr02G005353 Chr02 NC_080388.1:74296504-74296516promoter 内 3078-3090 bp - 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74295498-74295593(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTACA
SmilChr03G001184 Chr03 NC_080389.1:13606426-13606438promoter 内 3006-3018 bp + 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13607421-13609139(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTCGG
SmilChr01G001742 Chr01 NC_080387.1:32105371-32105383promoter 内 2994-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32106378-32108368(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAACTAA
SmilChr03G003587 Chr03 NC_080389.1:54500048-54500060promoter 内 2986-2998 bp - 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54501063-54503556(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGAAGTCAACATG
SmilChr01G002296 Chr01 NC_080387.1:39785010-39785022promoter 内 2985-2997 bp - 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39786026-39787044(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAATG
SmilChr02G005352 Chr02 NC_080388.1:74296504-74296516promoter 内 2939-2951 bp - 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74295357-74295454(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTACA
SmilChr03G001788 Chr03 NC_080389.1:24425972-24425984promoter 内 2904-2916 bp - 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 24422338-24424887(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAATTTGACTATT
SmilChr02G001108 Chr02 NC_080388.1:19969034-19969046promoter 内 2900-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19964701-19967945(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr02G001109 Chr02 NC_080388.1:19975055-19975067promoter 内 2900-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19970724-19973966(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr03G001080 Chr03 NC_080389.1:12503278-12503290promoter 内 2899-2911 bp + 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12498885-12502188(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr02G001943 Chr02 NC_080388.1:35058806-35058818promoter 内 2891-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35059916-35063956(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCGAGTCAACTAA
SmilChr03G003898 Chr03 NC_080389.1:58073017-58073029promoter 内 2868-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58059440-58071896(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTGTTGACTACC
SmilChr01G003751 Chr01 NC_080387.1:55877176-55877188promoter 内 2856-2868 bp - 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55878321-55881539(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr02G004327 Chr02 NC_080388.1:65554236-65554248promoter 内 2822-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 65555415-65558922(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAATTT
SmilChr01G005222 Chr01 NC_080387.1:69773704-69773716promoter 内 2812-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 69769582-69772527(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr02G005498 Chr02 NC_080388.1:75131778-75131790promoter 内 2786-2798 bp - 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75132993-75137687(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAATGCG
SmilChr02G005351 Chr02 NC_080388.1:74296504-74296516promoter 内 2762-2774 bp - 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74295157-74295277(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTACA
SmilChr02G003842 Chr02 NC_080388.1:60155143-60155155promoter 内 2750-2762 bp - 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60149380-60153904(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAATTTGACTATT
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