转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 128 / 138 下载 TSV

上一页 128 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000602 Chr01 NC_080387.1:13102396-13102408promoter 内 2360-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13104037-13106969(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATGTTGACTCTC
SmilChr01G001640 Chr01 NC_080387.1:30419088-30419100promoter 内 2252-2264 bp + 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30420837-30422442(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTTAA
SmilChr03G003888 Chr03 NC_080389.1:57957947-57957959promoter 内 2239-2251 bp + 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57959709-57961036(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAATTTGACTATT
SmilChr01G003161 Chr01 NC_080387.1:50428990-50429002promoter 内 2217-2229 bp - 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 50424449-50427218(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTAAA
SmilChr01G004675 Chr01 NC_080387.1:64844793-64844805promoter 内 2186-2198 bp - 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 64846608-64849641(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAAGTCAACTAA
SmilChr01G002608 Chr01 NC_080387.1:44272025-44272037promoter 内 2175-2187 bp - 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44269414-44270211(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTAAA
SmilChr02G002758 Chr02 NC_080388.1:47624685-47624697promoter 内 2123-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47626563-47627193(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAATTTGACTATT
SmilChr01G001172 Chr01 NC_080387.1:23774254-23774266promoter 内 2029-2041 bp + 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23776226-23778155(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACATTGACTAAT
SmilChr03G003950 Chr03 NC_080389.1:58556206-58556218promoter 内 2017-2029 bp - 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58554149-58554234(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTGTTTGACTAAT
SmilChr01G004318 Chr01 NC_080387.1:61365113-61365125promoter 内 1984-1996 bp - 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 61362069-61363108(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTTAA
SmilChr01G001141 Chr01 NC_080387.1:23359519-23359531promoter 内 1771-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23355771-23357301(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAATTT
SmilChr03G001314 Chr03 NC_080389.1:15406192-15406204promoter 内 1714-1726 bp + 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15408479-15412295(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTCGG
SmilChr01G001761 Chr01 NC_080387.1:32339632-32339644promoter 内 1688-1700 bp - 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32341945-32346332(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCGAGTCAACTAA
SmilChr01G004319 Chr01 NC_080387.1:61365113-61365125promoter 内 1688-1700 bp - 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 61367426-61371693(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAAGTCAACTAA
SmilChr01G000580 Chr01 NC_080387.1:12147858-12147870promoter 内 1559-1571 bp - 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12150300-12153417(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCGAGTCAACTAA
SmilChr02G002422 Chr02 NC_080388.1:42189066-42189078promoter 内 1476-1488 bp + 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42191591-42196056(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACATTGACTAAT
SmilChr01G000911 Chr01 NC_080387.1:19233465-19233477promoter 内 1442-1454 bp + 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19229491-19230918(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAATG
SmilChr02G002428 Chr02 NC_080388.1:42265679-42265691promoter 内 1388-1400 bp + 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42268292-42268364(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTTAA
SmilChr01G006048 Chr01 NC_080387.1:75993380-75993392promoter 内 1363-1375 bp + 2626 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75988937-75990754(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAATTT
SmilChr01G001155 Chr01 NC_080387.1:23503821-23503833promoter 内 1316-1328 bp - 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23498505-23501148(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAGTTGACTCGA
SmilChr03G003666 Chr03 NC_080389.1:55510856-55510868promoter 内 1152-1164 bp - 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55502685-55508019(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTCGG
SmilChr03G000139 Chr03 NC_080389.1:1508150-1508162promoter 内 1033-1045 bp - 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1511118-1512343(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr02G004433 Chr02 NC_080388.1:66722257-66722269promoter 内 981-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 66725277-66728477(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTAGTCAACTTA
SmilChr01G001423 Chr01 NC_080387.1:27852125-27852137promoter 内 968-980 bp - 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 27855158-27861667(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCGAGTCAACTAA
SmilChr02G005348 Chr02 NC_080388.1:74296504-74296516promoter 内 923-935 bp - 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74287529-74293438(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTACA
SmilChr01G003239 Chr01 NC_080387.1:51129326-51129338promoter 内 907-919 bp - 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51132420-51135151(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTAGTCAAATTT
SmilChr03G002631 Chr03 NC_080389.1:41781924-41781936promoter 内 860-872 bp + 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41777927-41778795(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAATTT
SmilChr01G004261 Chr01 NC_080387.1:60875545-60875557promoter 内 789-801 bp - 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60878757-60879745(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr02G001715 Chr02 NC_080388.1:31587673-31587685promoter 内 694-706 bp - 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31590980-31592222(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAAGTCAACTAA
SmilChr01G000243 Chr01 NC_080387.1:4518125-4518137promoter 内 544-556 bp - 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4511199-4514680(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAATTTGACTAGT
SmilChr02G002014 Chr02 NC_080388.1:36307637-36307649promoter 内 507-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36301216-36304155(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTCGG
SmilChr03G003544 Chr03 NC_080389.1:54085907-54085919promoter 内 507-519 bp + 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54081136-54082425(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGGAGTCAACTGT
SmilChr01G001215 Chr01 NC_080387.1:24405712-24405724promoter 内 469-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 24409244-24415649(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAATTTGACTATT
SmilChr03G000619 Chr03 NC_080389.1:6821937-6821949promoter 内 466-478 bp + 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6817355-6818414(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTAGTCAAAACC
SmilChr03G002413 Chr03 NC_080389.1:38377285-38377297promoter 内 460-472 bp + 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 38372638-38373756(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTGG
SmilChr02G001111 Chr02 NC_080388.1:19975055-19975067promoter 内 456-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19978600-19980344(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAGTTGACTCGA
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SmilChr02G001864 Chr02 NC_080388.1:33886936-33886948promoter 内 442-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33882997-33883389(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTCGG
SmilChr01G001227 Chr01 NC_080387.1:24552432-24552444promoter 内 408-420 bp + 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 24556025-24558788(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTCGG
SmilChr02G005224 Chr02 NC_080388.1:73450405-73450417promoter 内 376-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73454030-73459418(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCCTTGACTATC
SmilChr02G003608 Chr02 NC_080388.1:57323270-57323282promoter 内 321-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57314820-57319602(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAATTT
SmilChr03G000101 Chr03 NC_080389.1:1128913-1128925promoter 内 162-174 bp + 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1122336-1125086(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGAAGTCAACTTA
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SmilChr01G000245 Chr01 NC_080387.1:4552586-4552598promoter 内 110-122 bp + 3879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4546194-4548707(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAGGAC
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SmilChr03G001284 Chr03 NC_080389.1:15019997-15020009promoter 内 3737-3749 bp + 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 15017006-15019745(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGTAGTCAAAATC
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