转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 129 / 167 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000772 Chr07 NC_080393.1:5404173-5404193promoter 内 1942-1962 bp - 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5399005-5402134(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATTATGGATAAAATGACA
SmilChr02G005310 Chr02 NC_080388.1:73996666-73996686promoter 内 1939-1959 bp - 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73998728-74000883(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATCGGCTTATCCAATCACCA
SmilChr08G000028 Chr08 NC_080394.1:183338-183358promoter 内 1915-1935 bp - 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 185424-189535(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGCAGCTTATCCTCATTGAT
SmilChr04G000312 Chr04 NC_080390.1:2869007-2869027promoter 内 1911-1931 bp + 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2871097-2871636(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGCTGTTTGGATAAGGAATTT
SmilChr01G005301 Chr01 NC_080387.1:70296236-70296256promoter 内 1871-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 70298366-70299252(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAGATTATGGATAAATAAGTG
SmilChr04G002645 Chr04 NC_080390.1:41820473-41820493promoter 内 1863-1883 bp - 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41816961-41818355(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATATATAGATAAGGCTGTA
SmilChr01G005446 Chr01 NC_080387.1:71552711-71552731promoter 内 1850-1870 bp - 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 71546333-71550580(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTAATCAGGATAAGCACTCG
SmilChr05G002464 Chr05 NC_080391.1:27145990-27146010promoter 内 1847-1867 bp + 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 27148144-27152200(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACAATTTTGATAAGGTGCAA
SmilChr05G004379 Chr05 NC_080391.1:57301510-57301530promoter 内 1828-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57303683-57309397(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGGTTGTGGATAAGCGATAA
SmilChr05G003418 Chr05 NC_080391.1:45404188-45404208promoter 内 1775-1795 bp - 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45400912-45401982(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGGGTTTGGATATGTTTCTG
SmilChr05G002702 Chr05 NC_080391.1:31008929-31008949promoter 内 1760-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31004746-31006708(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCATAGTTATCCACATAGAA
SmilChr01G004745 Chr01 NC_080387.1:65630069-65630089promoter 内 1752-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 65626950-65627840(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTCTCGTTATCCATTGTTGA
SmilChr02G004704 Chr02 NC_080388.1:69344666-69344686promoter 内 1727-1747 bp - 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 69340759-69342412(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAGTTTTGGATAACAATCAT
SmilChr07G000743 Chr07 NC_080393.1:5195296-5195316promoter 内 1724-1744 bp + 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5192234-5193039(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGTTGCTTATCCTGATTGAA
SmilChr03G002335 Chr03 NC_080389.1:36836439-36836459promoter 内 1709-1729 bp + 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36833359-36834167(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGTTGCTTATCCTGATTGAA
SmilChr06G002128 Chr06 NC_080392.1:28621496-28621516promoter 内 1673-1693 bp - 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28623824-28623930(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTAGCCTTATCTACTGCAAT
SmilChr06G001893 Chr06 NC_080392.1:22650049-22650069promoter 内 1667-1687 bp + 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22645512-22647735(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAGAACTTATCCACATCCCT
SmilChr07G003811 Chr07 NC_080393.1:46959500-46959520promoter 内 1660-1680 bp - 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 46956211-46957179(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATGTAGTGGATAAAATCCGA
SmilChr05G001276 Chr05 NC_080391.1:10915578-10915598promoter 内 1658-1678 bp + 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10910348-10913255(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCTTCCTTATCTTCTAGGGA
SmilChr07G004593 Chr07 NC_080393.1:58731477-58731497promoter 内 1650-1670 bp + 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58727250-58729146(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATGACTTATCCACTTTCTT
SmilChr01G001677 Chr01 NC_080387.1:30966222-30966242promoter 内 1637-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30962534-30963878(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGGCCCTTATCCATTGCGTC
SmilChr02G003812 Chr02 NC_080388.1:59746349-59746369promoter 内 1636-1656 bp - 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59740148-59744004(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTTGAGTGGATAAAAAGCAT
SmilChr08G001834 Chr08 NC_080394.1:15711597-15711617promoter 内 1634-1654 bp - 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15713964-15714861(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTAAAATTATCCACAATATA
SmilChr07G002054 Chr07 NC_080393.1:18653430-18653450promoter 内 1612-1632 bp + 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 18647059-18651061(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGAATCTTATCCATTAGATC
SmilChr01G001997 Chr01 NC_080387.1:35430715-35430735promoter 内 1610-1630 bp - 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35433106-35441187(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACCACTTTTATCCAATTTACA
SmilChr03G000421 Chr03 NC_080389.1:4565203-4565223promoter 内 1592-1612 bp + 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4567612-4568583(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATAGTTTTGATAAGGCGGTG
SmilChr01G005118 Chr01 NC_080387.1:68980760-68980780promoter 内 1586-1606 bp + 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68977183-68978365(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTATATTTATCCACTAAAAT
SmilChr07G003923 Chr07 NC_080393.1:49541287-49541307promoter 内 1556-1576 bp - 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49543732-49545927(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATATTTTTATCCATTAATTA
SmilChr04G002870 Chr04 NC_080390.1:44830139-44830159promoter 内 1473-1493 bp - 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44827411-44827631(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCAATTTTGGATAAAAACAGA
SmilChr04G001790 Chr04 NC_080390.1:29333637-29333657promoter 内 1398-1418 bp + 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29336240-29338808(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTGGAATGGATAAACTGGTT
SmilChr01G006054 Chr01 NC_080387.1:76018739-76018759promoter 内 1389-1409 bp - 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 76021351-76024909(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACTATGTTATCCAATTCTTT
SmilChr05G004213 Chr05 NC_080391.1:56022365-56022385promoter 内 1375-1395 bp - 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56024991-56025683(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTTAACTTATCCAATCAATT
SmilChr07G004180 Chr07 NC_080393.1:53742802-53742822promoter 内 1356-1376 bp - 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53745447-53747042(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCTACCTTATCATATATGTT
SmilChr02G005505 Chr02 NC_080388.1:75182727-75182747promoter 内 1343-1363 bp + 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75174159-75180089(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATACCTCTTATCCTAATCTCT
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