转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 14 / 134 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000455 Chr03 NC_080389.1:4844931-4844943promoter 内 572-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 4848360-4849955(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATGGGGATAAGG
SmilChr02G003492 Chr02 NC_080388.1:56159543-56159555promoter 内 458-470 bp + 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 56163086-56165043(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAAGCAGATAAGG
SmilChr02G004313 Chr02 NC_080388.1:65470753-65470765promoter 内 360-372 bp + 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 65474394-65474706(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAAAAAGATAAGG
SmilChr02G003572 Chr02 NC_080388.1:56890072-56890084promoter 内 208-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 56884752-56886291(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAAAAAGATAAGG
SmilChr02G000977 Chr02 NC_080388.1:17066359-17066371promoter 内 56-68 bp - 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 17070304-17071308(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCTTTCA
SmilChr02G002629 Chr02 NC_080388.1:45646320-45646332promoter 内 35-47 bp + 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 45640897-45642366(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTTCTTT
SmilChr02G003300 Chr02 NC_080388.1:54255487-54255499promoter 内 3750-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 54255738-54256242(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTTTAGGATAAGA
SmilChr03G001238 Chr03 NC_080389.1:14281949-14281961promoter 内 2471-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 14283479-14283974(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTAAAC
SmilChr01G002821 Chr01 NC_080387.1:46771772-46771784promoter 内 1626-1638 bp - 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 46765440-46769409(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAAGGATAAGA
SmilChr02G003697 Chr02 NC_080388.1:58428996-58429008promoter 内 1189-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 58431808-58433480(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTTTAGGATAAGA
SmilChr02G001948 Chr02 NC_080388.1:35119521-35119533promoter 内 3862-3874 bp + 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 35119660-35126823(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTAATAGATAAGG
SmilChr01G004628 Chr01 NC_080387.1:64332948-64332960promoter 内 3847-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 64329989-64332806(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCTATCT
SmilChr02G000505 Chr02 NC_080388.1:6961064-6961076promoter 内 3172-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 6957928-6960247(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATTTT
SmilChr03G001322 Chr03 NC_080389.1:15467467-15467479promoter 内 3008-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 15468460-15468531(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCAATAC
SmilChr03G001239 Chr03 NC_080389.1:14281949-14281961promoter 内 1574-1586 bp - 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 14284376-14286377(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTAAAC
SmilChr02G000088 Chr02 NC_080388.1:1147959-1147971promoter 内 170-182 bp + 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 1143230-1144140(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTAAAC
SmilChr01G001652 Chr01 NC_080387.1:30591210-30591222promoter 内 148-160 bp - 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 30584215-30587369(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTTTAGGATAAGA
SmilChr02G004893 Chr02 NC_080388.1:70957540-70957552promoter 内 1-13 bp - 3988 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 70961540-70963494(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTTATT
SmilChr01G001982 Chr01 NC_080387.1:35212570-35212582promoter 内 3919-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 35210483-35212500(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCACACA
SmilChr01G001413 Chr01 NC_080387.1:27724923-27724935promoter 内 3712-3724 bp + 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 27725212-27727241(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CAAGAGGATAAGA
SmilChr02G004890 Chr02 NC_080388.1:70957540-70957552promoter 内 3434-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 70954559-70956985(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAAGGATAAGA
SmilChr01G003181 Chr01 NC_080387.1:50593552-50593564promoter 内 3427-3439 bp - 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 50587005-50592990(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTATTGGATAAGA
SmilChr03G000220 Chr03 NC_080389.1:2540473-2540485promoter 内 3275-3287 bp + 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 2541199-2544308(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAAGGATAAGA
SmilChr03G001294 Chr03 NC_080389.1:15149928-15149940promoter 内 3204-3216 bp + 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 15132815-15149143(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCTGTTT
SmilChr02G001410 Chr02 NC_080388.1:26727009-26727021promoter 内 2948-2960 bp + 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 26728062-26730872(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAAGGATAAGA
SmilChr02G002480 Chr02 NC_080388.1:43183012-43183024promoter 内 2438-2450 bp + 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 43184575-43187347(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAAGGATAAGA
SmilChr03G002417 Chr03 NC_080389.1:38387550-38387562promoter 内 2235-2247 bp + 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 38389316-38392122(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAAGGATAAGA
SmilChr01G000736 Chr01 NC_080387.1:16317041-16317053promoter 内 2192-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 16312368-16315244(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAAGGATAAGA
SmilChr03G001763 Chr03 NC_080389.1:24060208-24060220promoter 内 2164-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 24055588-24058383(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAAGGATAAGA
SmilChr01G005875 Chr01 NC_080387.1:74699137-74699149promoter 内 2161-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 74700977-74710158(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTGTGGATAAGA
SmilChr01G000309 Chr01 NC_080387.1:6007347-6007359promoter 内 2152-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 6009196-6011962(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAAGGATAAGA
SmilChr01G002375 Chr01 NC_080387.1:40961506-40961518promoter 内 2132-2144 bp + 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 40963375-40970669(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTTAAAGATAAGG
SmilChr01G000155 Chr01 NC_080387.1:2638814-2638826promoter 内 2104-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 2640711-2643362(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAAGGATAAGA
SmilChr01G000156 Chr01 NC_080387.1:2647586-2647598promoter 内 2101-2113 bp + 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 2649486-2652095(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAAGGATAAGA
SmilChr01G004285 Chr01 NC_080387.1:61074577-61074589promoter 内 1928-1940 bp - 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 61076650-61078939(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATTTT
SmilChr02G004166 Chr02 NC_080388.1:63975223-63975235promoter 内 1902-1914 bp - 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 63971723-63973136(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATAGAGGATAAGA
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