转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 144 / 167 下载 TSV

上一页 144 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G002621 Chr04 NC_080390.1:41626777-41626788promoter 内 3309-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41627469-41633803(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTAGCGTGTTT
SmilChr08G003710 Chr08 NC_080394.1:41699372-41699383promoter 内 3294-3305 bp + 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41697417-41698676(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGGCGTGAAG
SmilChr05G004053 Chr05 NC_080391.1:54498037-54498048promoter 内 3277-3288 bp + 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54498761-54501562(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTCACGCCATC
SmilChr03G001225 Chr03 NC_080389.1:14146972-14146983promoter 内 3274-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 14147699-14148817(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCGGA
SmilChr03G003062 Chr03 NC_080389.1:47570102-47570113promoter 内 3264-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47570839-47573613(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCTAGA
SmilChr05G003319 Chr05 NC_080391.1:43487833-43487844promoter 内 3259-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43487031-43487102(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTAGCGTGTTT
SmilChr07G004252 Chr07 NC_080393.1:54957464-54957475promoter 内 3255-3266 bp - 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54956659-54956729(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCTAGA
SmilChr01G006181 Chr01 NC_080387.1:77335895-77335906promoter 内 3253-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 77336643-77337334(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTCACGCCATC
SmilChr08G002280 Chr08 NC_080394.1:21206883-21206894promoter 内 3239-3250 bp + 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21207645-21209397(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTCACGCCATG
SmilChr01G005962 Chr01 NC_080387.1:75346776-75346787promoter 内 3232-3243 bp + 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 75344639-75346018(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGGCGTGAGT
SmilChr02G002936 Chr02 NC_080388.1:49880032-49880043promoter 内 3205-3216 bp + 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49871369-49879247(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGGCGTGAGT
SmilChr06G001010 Chr06 NC_080392.1:9993775-9993786promoter 内 3185-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 9989408-9992970(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGAGG
SmilChr07G002167 Chr07 NC_080393.1:19845279-19845290promoter 内 3172-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19842915-19844461(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGAGC
SmilChr02G003815 Chr02 NC_080388.1:59767526-59767537promoter 内 3130-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 59763498-59766666(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTCACGCCATG
SmilChr05G002230 Chr05 NC_080391.1:23881784-23881795promoter 内 3124-3135 bp - 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 23880332-23880918(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTCACGCCATC
SmilChr07G002298 Chr07 NC_080393.1:21272414-21272425promoter 内 3120-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21270246-21271544(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCTAGA
SmilChr03G002840 Chr03 NC_080389.1:44953197-44953208promoter 内 3118-3129 bp + 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 44948529-44952325(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGGCG
SmilChr02G004555 Chr02 NC_080388.1:68082817-68082828promoter 内 3105-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 68078785-68081932(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGAAT
SmilChr03G003601 Chr03 NC_080389.1:54647797-54647808promoter 内 3096-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54645464-54646903(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTCACGCCATG
SmilChr05G000224 Chr05 NC_080391.1:1756042-1756053promoter 内 3089-3100 bp - 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1752819-1755141(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATCCACGCCATC
SmilChr04G001796 Chr04 NC_080390.1:29434587-29434598promoter 内 3086-3097 bp + 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29435502-29436015(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTCACGCCATC
SmilChr02G003413 Chr02 NC_080388.1:55305813-55305824promoter 内 3084-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55292135-55304907(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTCACGCCATC
SmilChr04G000610 Chr04 NC_080390.1:6897276-6897287promoter 内 3081-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6895458-6896367(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGGGG
SmilChr01G001207 Chr01 NC_080387.1:24289480-24289491promoter 内 3080-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 24290401-24291253(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGGGG
SmilChr01G003084 Chr01 NC_080387.1:49678276-49678287promoter 内 3070-3081 bp + 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49671147-49677356(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTAGCGTGTTT
SmilChr03G003255 Chr03 NC_080389.1:50447369-50447380promoter 内 3070-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50441858-50446449(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTCACGCCATG
SmilChr03G000927 Chr03 NC_080389.1:10609640-10609651promoter 内 3066-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 10610575-10612075(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCTAGA
SmilChr02G001893 Chr02 NC_080388.1:34234856-34234867promoter 内 3062-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 34235795-34239338(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGGCGTGAAC
SmilChr07G002925 Chr07 NC_080393.1:29624071-29624082promoter 内 3047-3058 bp + 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29625025-29627334(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTCACGCCATC
SmilChr06G001579 Chr06 NC_080392.1:17232496-17232507promoter 内 3028-3039 bp + 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 17230181-17231534(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGGCGTGAAC
SmilChr06G002237 Chr06 NC_080392.1:31637961-31637972promoter 内 3025-3036 bp + 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 31638937-31640624(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCTAGA
SmilChr08G001558 Chr08 NC_080394.1:12799291-12799302promoter 内 3015-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 12800277-12802351(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTAGCGTGTTT
SmilChr02G001411 Chr02 NC_080388.1:26748136-26748147promoter 内 2982-2993 bp + 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26749155-26752912(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCGGA
SmilChr02G004284 Chr02 NC_080388.1:65096342-65096353promoter 内 2980-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 65097363-65099823(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTCACGCCATG
SmilChr05G003343 Chr05 NC_080391.1:43984424-43984435promoter 内 2964-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43985461-43987031(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGCCTCGCCACA
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