转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 144 / 162 下载 TSV

上一页 144 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000703 Chr07 NC_080393.1:4850701-4850715promoter 内 3456-3470 bp + 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4842829-4850170(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCGAAAAGGTAAAT
SmilChr03G000124 Chr03 NC_080389.1:1362760-1362774promoter 内 3437-3451 bp + 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1360438-1362210(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAGAAAAAGCCAAAG
SmilChr03G000517 Chr03 NC_080389.1:5572237-5572251promoter 内 3437-3451 bp - 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5572801-5575096(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAGAAAAAGCCAAAG
SmilChr05G000595 Chr05 NC_080391.1:4487813-4487827promoter 内 3431-3445 bp - 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4488383-4490668(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAGAAAAAGCCAAAG
SmilChr07G002872 Chr07 NC_080393.1:28938046-28938060promoter 内 3424-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28938623-28939120(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGAGAAAAGCCAGGC
SmilChr01G000362 Chr01 NC_080387.1:7470849-7470863promoter 内 3407-3421 bp - 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7469354-7470269(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTAGGCTTTTGGGG
SmilChr07G004228 Chr07 NC_080393.1:54563631-54563645promoter 内 3364-3378 bp - 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54564268-54565857(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAGAAAAAGCCAAAG
SmilChr02G000574 Chr02 NC_080388.1:8130573-8130587promoter 内 3338-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8131236-8133907(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTAGGCTTTTGGGG
SmilChr01G004768 Chr01 NC_080387.1:65856200-65856214promoter 内 3331-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 65854747-65855544(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGAGAAAAGCCAGGC
SmilChr03G003604 Chr03 NC_080389.1:54682803-54682817promoter 内 3330-3344 bp - 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54683474-54684649(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACTAAAAGCCGAGA
SmilChr01G004061 Chr01 NC_080387.1:59034123-59034137promoter 内 3319-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59033060-59033455(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTCGGCTTTTAGTA
SmilChr04G000730 Chr04 NC_080390.1:8637840-8637854promoter 内 3317-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8636091-8637170(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACAGAAAAGCCGTGC
SmilChr08G004956 Chr08 NC_080394.1:58407291-58407305promoter 内 3310-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58407982-58410852(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCTTAGAAGCCAAAC
SmilChr04G001839 Chr04 NC_080390.1:29927782-29927796promoter 内 3304-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29928479-29929915(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGATGGCTTTTTAAT
SmilChr08G003527 Chr08 NC_080394.1:37877280-37877294promoter 内 3300-3314 bp + 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 37875183-37876593(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AAGCAAAAGCCAGCG
SmilChr02G000541 Chr02 NC_080388.1:7452251-7452265promoter 内 3281-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7452971-7461152(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTCGAAAAGCTAAAA
SmilChr03G003625 Chr03 NC_080389.1:54921693-54921707promoter 内 3258-3272 bp - 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54922436-54923545(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACTAAAAGCCGAGA
SmilChr03G003340 Chr03 NC_080389.1:51695571-51695585promoter 内 3235-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51690180-51694819(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCAAGAAGCCAATT
SmilChr02G002029 Chr02 NC_080388.1:36519170-36519184promoter 内 3221-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36519950-36521149(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGAGAAAAGCCAGGC
SmilChr03G002186 Chr03 NC_080389.1:34122171-34122185promoter 内 3219-3233 bp - 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34120726-34121403(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTTCCA
SmilChr07G002097 Chr07 NC_080393.1:19087378-19087392promoter 内 3206-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19084069-19086597(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCCTGGCTTTTCTCG
SmilChr01G005866 Chr01 NC_080387.1:74606232-74606246promoter 内 3204-3218 bp + 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74607029-74608410(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTATTGGGC
SmilChr07G000854 Chr07 NC_080393.1:6082409-6082423promoter 内 3203-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6083207-6091922(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTAACTTTTCGTG
SmilChr03G004302 Chr03 NC_080389.1:61397149-61397163promoter 内 3198-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61397952-61398257(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCTAGAAGCCAAAT
SmilChr08G000741 Chr08 NC_080394.1:5483289-5483303promoter 内 3192-3206 bp + 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5484098-5491842(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGGCTTTCCGCT
SmilChr07G002788 Chr07 NC_080393.1:27791797-27791811promoter 内 3172-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27788767-27790982(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTTTTCTG
SmilChr08G003025 Chr08 NC_080394.1:30403887-30403901promoter 内 3151-3165 bp - 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30400111-30403051(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AAATAGCTTTTCAGT
SmilChr02G005554 Chr02 NC_080388.1:75505674-75505688promoter 内 3114-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75506561-75509709(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGAGAAAAGCCAGGC
SmilChr04G001319 Chr04 NC_080390.1:21254236-21254250promoter 内 3111-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 21252185-21253360(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTTCTG
SmilChr01G004318 Chr01 NC_080387.1:61364004-61364018promoter 内 3091-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61362069-61363108(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGAGAAAAGCCAGGC
SmilChr04G001387 Chr04 NC_080390.1:22538455-22538469promoter 内 3032-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22536700-22537500(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCCTGGCTTTTCTCG
SmilChr03G000300 Chr03 NC_080389.1:3419233-3419247promoter 内 3026-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3415423-3418272(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCCTGGCTTTTCTCG
SmilChr02G005359 Chr02 NC_080388.1:74311574-74311588promoter 内 3021-3035 bp + 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74307777-74310608(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TATAAAAAGCCATTA
SmilChr06G000768 Chr06 NC_080392.1:7163799-7163813promoter 内 3011-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7160755-7162823(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTAAAAGCCATAT
SmilChr05G001751 Chr05 NC_080391.1:17059709-17059723promoter 内 2988-3002 bp - 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17056666-17058710(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGTGGCTTTTTCAA
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