转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 15 / 128 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000123 Chr05 NC_080391.1:983733-983747promoter 内 147-161 bp - 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 987587-988033(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTGA
SmilChr08G001377 Chr08 NC_080394.1:10972567-10972581promoter 内 63-77 bp - 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 10976505-10977277(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTGA
SmilChr04G001573 Chr04 NC_080390.1:26129479-26129493promoter 内 1578-1592 bp - 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 8 26099315-26127070(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGCGCCACCGCCT
SmilChr04G001110 Chr04 NC_080390.1:15935143-15935157promoter 内 2577-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 15929849-15933733(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr03G000937 Chr03 NC_080389.1:10667792-10667806promoter 内 3489-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 10668304-10679602(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr06G002057 Chr06 NC_080392.1:27086532-27086546promoter 内 3120-3134 bp + 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 27087413-27089181(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr04G001053 Chr04 NC_080390.1:14996272-14996286promoter 内 2501-2515 bp + 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 14997772-15001653(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr04G002152 Chr04 NC_080390.1:34567478-34567492promoter 内 2272-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 34569207-34570383(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr05G001765 Chr05 NC_080391.1:17374402-17374416promoter 内 2138-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 17369109-17372553(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr03G000936 Chr03 NC_080389.1:10667792-10667806promoter 内 2135-2149 bp + 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 10662885-10665940(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr08G001078 Chr08 NC_080394.1:8293517-8293531promoter 内 1289-1303 bp - 2698 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 8296229-8298457(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCCGG
SmilChr03G002203 Chr03 NC_080389.1:34688368-34688382promoter 内 3927-3941 bp + 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 34685805-34688308(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr03G003224 Chr03 NC_080389.1:49909065-49909079promoter 内 3346-3360 bp - 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 49909720-49910844(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr03G002204 Chr03 NC_080389.1:34688368-34688382promoter 内 3263-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 34689106-34692549(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr06G000618 Chr06 NC_080392.1:5376272-5376286promoter 内 3050-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 5370691-5375335(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr04G002752 Chr04 NC_080390.1:43224957-43224971promoter 内 3012-3026 bp + 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 43222457-43223982(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGATGG
SmilChr01G002222 Chr01 NC_080387.1:38658703-38658717promoter 内 3000-3014 bp + 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 38659704-38661064(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr06G000624 Chr06 NC_080392.1:5494348-5494362promoter 内 2341-2355 bp + 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 5489161-5492702(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr06G002998 Chr06 NC_080392.1:42859351-42859365promoter 内 2278-2292 bp + 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 42861074-42869499(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCGCCACCGCCA
SmilChr06G000114 Chr06 NC_080392.1:806030-806044promoter 内 1973-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 803936-804016(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr03G000487 Chr03 NC_080389.1:5192275-5192289promoter 内 1456-1470 bp - 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 5194820-5202987(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr07G004334 Chr07 NC_080393.1:55907724-55907738promoter 内 1293-1307 bp + 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 55901796-55905030(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr06G001873 Chr06 NC_080392.1:22243917-22243931promoter 内 867-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 22238063-22240797(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr07G004335 Chr07 NC_080393.1:55907724-55907738promoter 内 783-797 bp + 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 55910942-55915599(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr05G002624 Chr05 NC_080391.1:29582323-29582337promoter 内 677-691 bp - 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 29585647-29590303(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGCGG
SmilChr02G003355 Chr02 NC_080388.1:54718180-54718194promoter 内 597-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 54721584-54723574(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr06G000113 Chr06 NC_080392.1:806030-806044promoter 内 428-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 795578-802471(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr01G003920 Chr01 NC_080387.1:57453617-57453631promoter 内 150-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 57457468-57466415(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr02G003354 Chr02 NC_080388.1:54718180-54718194promoter 内 3942-3956 bp - 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 54718239-54719342(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr08G003390 Chr08 NC_080394.1:35636590-35636604promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 35633786-35636509(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCGCCACCGCCA
SmilChr08G003373 Chr08 NC_080394.1:35339607-35339621promoter 内 3905-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 35336765-35339525(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCGCCACCGCCA
SmilChr04G000755 Chr04 NC_080390.1:9241902-9241916promoter 内 3736-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 9242167-9242768(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr04G000757 Chr04 NC_080390.1:9250985-9250999promoter 内 3642-3656 bp + 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 9251344-9251850(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr04G002569 Chr04 NC_080390.1:41017791-41017805promoter 内 3642-3656 bp - 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 41016942-41017446(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr04G002572 Chr04 NC_080390.1:41035846-41035860promoter 内 3642-3656 bp - 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 41034997-41035501(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr04G002574 Chr04 NC_080390.1:41049449-41049463promoter 内 3642-3656 bp - 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 41048598-41049104(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr08G003084 Chr08 NC_080394.1:31064459-31064473promoter 内 3455-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 31062520-31063927(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGCGCCACCGCCT
SmilChr04G003467 Chr04 NC_080390.1:51152459-51152473promoter 内 3163-3177 bp - 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 51153297-51161919(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGTGA
SmilChr01G005379 Chr01 NC_080387.1:71016995-71017009promoter 内 2783-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 71013483-71015791(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGATGG
SmilChr07G004507 Chr07 NC_080393.1:57731525-57731539promoter 内 2564-2578 bp - 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 57732962-57739477(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr05G002437 Chr05 NC_080391.1:26865560-26865574promoter 内 2455-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 26867106-26868114(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr02G005435 Chr02 NC_080388.1:74770818-74770832promoter 内 2419-2433 bp - 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 74764283-74769250(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCAGCCACCGCCG
SmilChr02G001759 Chr02 NC_080388.1:32342489-32342503promoter 内 2413-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 32344077-32354199(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCGCCACCGCCA
SmilChr05G001586 Chr05 NC_080391.1:14567854-14567868promoter 内 2350-2364 bp + 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 14569505-14571332(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCAGCCACCGCCG
SmilChr05G000041 Chr05 NC_080391.1:195621-195635promoter 内 2314-2328 bp - 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 197308-201104(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGATGG
SmilChr03G000463 Chr03 NC_080389.1:4959030-4959044promoter 内 2178-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 4952720-4957221(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr03G001412 Chr03 NC_080389.1:16780874-16780888promoter 内 2110-2124 bp + 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 16782765-16785073(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCAGCCACCGCCG
SmilChr04G000657 Chr04 NC_080390.1:7434120-7434134promoter 内 1989-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 7436132-7437297(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr04G000753 Chr04 NC_080390.1:9241902-9241916promoter 内 1959-1973 bp + 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 9238951-9239874(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr01G003700 Chr01 NC_080387.1:55385828-55385842promoter 内 1849-1863 bp - 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 55374162-55383690(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCAGCCACCGCCG