转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB SmilChr02G003833.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 150 / 160 下载 TSV

上一页 150 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr06G002009 Chr06 NC_080392.1:25810276-25810286promoter 内 1551-1561 bp + 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 25806922-25807836(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACTACGGTTT
SmilChr03G003797 Chr03 NC_080389.1:57054523-57054533promoter 内 1540-1550 bp + 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 57051069-57052072(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGCTACGGTTT
SmilChr04G000524 Chr04 NC_080390.1:5762550-5762560promoter 内 1424-1434 bp - 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5756241-5759983(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGTA
SmilChr05G003071 Chr05 NC_080391.1:38640545-38640555promoter 内 1350-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 38643196-38646042(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACTACGGTTT
SmilChr07G001130 Chr07 NC_080393.1:8475510-8475520promoter 内 1345-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8469785-8472864(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACTACGGTTT
SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37867079-37867089promoter 内 1298-1308 bp - 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 37862410-37864386(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGTA
SmilChr07G002505 Chr07 NC_080393.1:23765589-23765599promoter 内 1277-1287 bp + 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23768313-23772345(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGTA
SmilChr02G003623 Chr02 NC_080388.1:57528199-57528209promoter 内 1257-1267 bp + 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 57530943-57535126(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAA
SmilChr02G005149 Chr02 NC_080388.1:72872358-72872368promoter 内 1248-1258 bp - 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72875111-72879373(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGCTACGGTTT
SmilChr03G002565 Chr03 NC_080389.1:40852080-40852090promoter 内 1227-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40848369-40849316(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGCTACGGTTT
SmilChr06G002018 Chr06 NC_080392.1:25971880-25971890promoter 内 1181-1191 bp + 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 25974700-25975496(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGTA
SmilChr05G003996 Chr05 NC_080391.1:53817257-53817267promoter 内 1154-1164 bp - 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 53807490-53814420(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAA
SmilChr03G001759 Chr03 NC_080389.1:23948300-23948310promoter 内 1120-1130 bp - 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23944449-23945429(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGTA
SmilChr05G002745 Chr05 NC_080391.1:31614091-31614101promoter 内 1094-1104 bp - 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31616998-31619627(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACTACGGTTT
SmilChr01G002507 Chr01 NC_080387.1:42948430-42948440promoter 内 1077-1087 bp - 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 42941240-42945516(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGTA
SmilChr08G002559 Chr08 NC_080394.1:24898909-24898919promoter 内 1055-1065 bp - 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24901855-24901962(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACTACGGTTT
SmilChr05G002428 Chr05 NC_080391.1:26752920-26752930promoter 内 1025-1035 bp - 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26746963-26749954(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAA
SmilChr06G001946 Chr06 NC_080392.1:24005220-24005230promoter 内 1021-1031 bp + 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24008200-24026207(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGTA
SmilChr07G003722 Chr07 NC_080393.1:45162176-45162186promoter 内 1021-1031 bp + 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45165156-45166399(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGTA
SmilChr06G003129 Chr06 NC_080392.1:44176342-44176352promoter 内 1017-1027 bp + 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 44170717-44173368(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGCTACGGTTT
SmilChr03G000656 Chr03 NC_080389.1:7293999-7294009promoter 内 975-985 bp - 3016 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7290283-7290983(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGTA
SmilChr02G001424 Chr02 NC_080388.1:26891581-26891591promoter 内 962-972 bp + 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26884547-26888552(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACTACGGTTT
SmilChr02G000887 Chr02 NC_080388.1:15276131-15276141promoter 内 921-931 bp - 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15279211-15279675(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACTACGGTTT
SmilChr05G001926 Chr05 NC_080391.1:19525691-19525701promoter 内 811-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19528881-19537029(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGCTACGGTTT
SmilChr06G001227 Chr06 NC_080392.1:12663346-12663356promoter 内 795-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12666552-12667605(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTCTACGGTTT
SmilChr06G003009 Chr06 NC_080392.1:42977021-42977031promoter 内 794-804 bp + 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 42953956-42973824(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACTACGGTTT
SmilChr06G001173 Chr06 NC_080392.1:11946512-11946522promoter 内 793-803 bp + 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 11949720-11951513(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAA
SmilChr08G000765 Chr08 NC_080394.1:5667805-5667815promoter 内 784-794 bp + 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5660201-5664598(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTCTACGGTTT
SmilChr01G004905 Chr01 NC_080387.1:67103102-67103112promoter 内 750-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 67106353-67109520(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTCTACGGTTT
SmilChr01G000514 Chr01 NC_080387.1:10562031-10562041promoter 内 734-744 bp - 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10565298-10568405(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACTACGGTTT
SmilChr01G005218 Chr01 NC_080387.1:69758439-69758449promoter 内 730-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 69761710-69762240(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAA
SmilChr02G000242 Chr02 NC_080388.1:3128552-3128562promoter 内 696-706 bp - 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3122092-3125257(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGTA
SmilChr05G003505 Chr05 NC_080391.1:46806760-46806770promoter 内 693-703 bp + 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46800594-46803462(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACTACGGTTT
SmilChr05G001158 Chr05 NC_080391.1:9711728-9711738promoter 内 685-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9706437-9708422(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGTA
SmilChr03G000011 Chr03 NC_080389.1:109519-109529promoter 内 643-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 112877-112947(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAGAA
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