预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | 家族 | 基序 | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | 蛋白 | 基序 | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00013392-RA_Salv |
SmilChr02G003833 |
MYB | SmilChr02G003833.1 |
MP00476 |
TAACCGTAATA |
9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 150 / 160 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | 基序 | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr06G002009 |
Chr06 | NC_080392.1:25810276-25810286promoter 内 1551-1561 bp |
+ | 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 25806922-25807836(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TACTACGGTTT |
SmilChr03G003797 |
Chr03 | NC_080389.1:57054523-57054533promoter 内 1540-1550 bp |
+ | 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 57051069-57052072(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AGCTACGGTTT |
SmilChr04G000524 |
Chr04 | NC_080390.1:5762550-5762560promoter 内 1424-1434 bp |
- | 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 5756241-5759983(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGTA |
SmilChr05G003071 |
Chr05 | NC_080391.1:38640545-38640555promoter 内 1350-1360 bp |
- | 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 38643196-38646042(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TACTACGGTTT |
SmilChr07G001130 |
Chr07 | NC_080393.1:8475510-8475520promoter 内 1345-1355 bp |
+ | 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 8469785-8472864(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TACTACGGTTT |
SmilChr01G002178 |
Chr01 | NC_080387.1:37867079-37867089promoter 内 1298-1308 bp |
- | 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 37862410-37864386(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGTA |
SmilChr07G002505 |
Chr07 | NC_080393.1:23765589-23765599promoter 内 1277-1287 bp |
+ | 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 23768313-23772345(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGTA |
SmilChr02G003623 |
Chr02 | NC_080388.1:57528199-57528209promoter 内 1257-1267 bp |
+ | 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 57530943-57535126(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAA |
SmilChr02G005149 |
Chr02 | NC_080388.1:72872358-72872368promoter 内 1248-1258 bp |
- | 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 72875111-72879373(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AGCTACGGTTT |
SmilChr03G002565 |
Chr03 | NC_080389.1:40852080-40852090promoter 内 1227-1237 bp |
+ | 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 40848369-40849316(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AGCTACGGTTT |
SmilChr06G002018 |
Chr06 | NC_080392.1:25971880-25971890promoter 内 1181-1191 bp |
+ | 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 25974700-25975496(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGTA |
SmilChr05G003996 |
Chr05 | NC_080391.1:53817257-53817267promoter 内 1154-1164 bp |
- | 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 53807490-53814420(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAA |
SmilChr03G001759 |
Chr03 | NC_080389.1:23948300-23948310promoter 内 1120-1130 bp |
- | 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 23944449-23945429(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGTA |
SmilChr05G002745 |
Chr05 | NC_080391.1:31614091-31614101promoter 内 1094-1104 bp |
- | 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 31616998-31619627(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TACTACGGTTT |
SmilChr01G002507 |
Chr01 | NC_080387.1:42948430-42948440promoter 内 1077-1087 bp |
- | 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 42941240-42945516(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGTA |
SmilChr08G002559 |
Chr08 | NC_080394.1:24898909-24898919promoter 内 1055-1065 bp |
- | 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 24901855-24901962(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TACTACGGTTT |
SmilChr05G002428 |
Chr05 | NC_080391.1:26752920-26752930promoter 内 1025-1035 bp |
- | 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 26746963-26749954(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAA |
SmilChr06G001946 |
Chr06 | NC_080392.1:24005220-24005230promoter 内 1021-1031 bp |
+ | 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 24008200-24026207(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGTA |
SmilChr07G003722 |
Chr07 | NC_080393.1:45162176-45162186promoter 内 1021-1031 bp |
+ | 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 45165156-45166399(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGTA |
SmilChr06G003129 |
Chr06 | NC_080392.1:44176342-44176352promoter 内 1017-1027 bp |
+ | 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 44170717-44173368(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AGCTACGGTTT |
SmilChr03G000656 |
Chr03 | NC_080389.1:7293999-7294009promoter 内 975-985 bp |
- | 3016 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 7290283-7290983(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGTA |
SmilChr02G001424 |
Chr02 | NC_080388.1:26891581-26891591promoter 内 962-972 bp |
+ | 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 26884547-26888552(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TACTACGGTTT |
SmilChr02G000887 |
Chr02 | NC_080388.1:15276131-15276141promoter 内 921-931 bp |
- | 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 15279211-15279675(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TACTACGGTTT |
SmilChr05G001926 |
Chr05 | NC_080391.1:19525691-19525701promoter 内 811-821 bp |
- | 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 19528881-19537029(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AGCTACGGTTT |
SmilChr06G001227 |
Chr06 | NC_080392.1:12663346-12663356promoter 内 795-805 bp |
- | 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 12666552-12667605(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TTCTACGGTTT |
SmilChr06G003009 |
Chr06 | NC_080392.1:42977021-42977031promoter 内 794-804 bp |
+ | 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 42953956-42973824(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TACTACGGTTT |
SmilChr06G001173 |
Chr06 | NC_080392.1:11946512-11946522promoter 内 793-803 bp |
+ | 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 11949720-11951513(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGAA |
SmilChr08G000765 |
Chr08 | NC_080394.1:5667805-5667815promoter 内 784-794 bp |
+ | 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 5660201-5664598(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TTCTACGGTTT |
SmilChr01G004905 |
Chr01 | NC_080387.1:67103102-67103112promoter 内 750-760 bp |
- | 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 67106353-67109520(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TTCTACGGTTT |
SmilChr01G000514 |
Chr01 | NC_080387.1:10562031-10562041promoter 内 734-744 bp |
- | 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 10565298-10568405(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TACTACGGTTT |
SmilChr01G005218 |
Chr01 | NC_080387.1:69758439-69758449promoter 内 730-740 bp |
+ | 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 69761710-69762240(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
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- | 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 3122092-3125257(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
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+ | 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 46800594-46803462(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
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- | 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 9706437-9708422(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGTA |
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+ | 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 112877-112947(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
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- | 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 14815056-14815812(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TACTACGGTTT |
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+ | 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.2/ 100 | 1 | 41805072-41813657(+) |
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MP00476 |
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SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
AAACCGTAGTA |
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SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TACTACGGTTT |
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TACTACGGTTT |
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SMil_00013392-RA_Salv |
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TTCTACGGTTT |
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TACTACGGTTT |
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TACTACGGTTT |
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AAACCGTAGTA |
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SmilChr02G000540 |
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