转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 18 / 147 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000278 Chr03 NC_080389.1:3163225-3163234promoter 内 3798-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 3160443-3163031(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAG
SmilChr01G003940 Chr01 NC_080387.1:57742601-57742610promoter 内 3796-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 57740197-57742405(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr04G001395 Chr04 NC_080390.1:22749360-22749369promoter 内 3749-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 22748569-22749117(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr01G004804 Chr01 NC_080387.1:66241137-66241146promoter 内 3745-3754 bp - 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 66241393-66244561(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr01G001067 Chr01 NC_080387.1:22019262-22019271promoter 内 3722-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 22019541-22023684(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr04G000309 Chr04 NC_080390.1:2853792-2853801promoter 内 3707-3716 bp + 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 2854086-2855614(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGG
SmilChr01G004211 Chr01 NC_080387.1:60545989-60545998promoter 内 3645-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 60544261-60545642(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAG
SmilChr02G000934 Chr02 NC_080388.1:16267089-16267098promoter 内 3607-3616 bp - 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 16267483-16270555(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr03G000447 Chr03 NC_080389.1:4794150-4794159promoter 内 3586-3595 bp - 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 4792703-4793744(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAG
SmilChr01G003322 Chr01 NC_080387.1:51923590-51923599promoter 内 3478-3487 bp + 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 51920813-51923076(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr01G004767 Chr01 NC_080387.1:65852669-65852678promoter 内 3453-3462 bp - 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 65853217-65854059(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTT
SmilChr03G003167 Chr03 NC_080389.1:49033606-49033615promoter 内 3429-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 49027296-49033043(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr03G004048 Chr03 NC_080389.1:59454818-59454827promoter 内 3391-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 59448621-59454217(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAG
SmilChr01G005424 Chr01 NC_080387.1:71424803-71424812promoter 内 3381-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 71419189-71424192(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr01G002684 Chr01 NC_080387.1:45057546-45057555promoter 内 3333-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 45045665-45056887(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr01G002679 Chr01 NC_080387.1:44996937-44996946promoter 内 3330-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 44995205-44996275(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr03G002625 Chr03 NC_080389.1:41650882-41650891promoter 内 3268-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 41651615-41653296(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAG
SmilChr03G003704 Chr03 NC_080389.1:55988362-55988371promoter 内 3229-3238 bp + 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 55984765-55987599(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CCTGTCGGAA
SmilChr03G004053 Chr03 NC_080389.1:59489437-59489446promoter 内 3229-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 59483245-59488674(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAG
SmilChr03G000266 Chr03 NC_080389.1:3080316-3080325promoter 内 3134-3143 bp - 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 3077461-3079458(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAG
SmilChr01G001259 Chr01 NC_080387.1:25280753-25280762promoter 内 3119-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 25281635-25284723(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAG
SmilChr02G000859 Chr02 NC_080388.1:14757208-14757217promoter 内 3100-3109 bp - 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 14755255-14756316(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGG
SmilChr03G001342 Chr03 NC_080389.1:15678130-15678139promoter 内 3100-3109 bp - 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 15674776-15677238(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr03G003937 Chr03 NC_080389.1:58435863-58435872promoter 内 3092-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 58433387-58434963(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAG
SmilChr03G000360 Chr03 NC_080389.1:4038931-4038940promoter 内 3004-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 4027312-4037943(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAG
SmilChr01G000992 Chr01 NC_080387.1:20949964-20949973promoter 内 2983-2992 bp + 1009 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 20948335-20948955(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTT
SmilChr01G006156 Chr01 NC_080387.1:76984872-76984881promoter 内 2976-2985 bp + 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 76980704-76983856(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr02G001928 Chr02 NC_080388.1:34698101-34698110promoter 内 2967-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 34696916-34697076(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr01G003160 Chr01 NC_080387.1:50424623-50424632promoter 内 2900-2909 bp + 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 50422740-50423531(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr01G004213 Chr01 NC_080387.1:60545989-60545998promoter 内 2857-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 60547133-60549473(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr03G000122 Chr03 NC_080389.1:1322536-1322545promoter 内 2847-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 1323690-1324707(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTT
SmilChr04G000870 Chr04 NC_080390.1:11023582-11023591promoter 内 2774-2783 bp - 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 11018975-11022364(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr04G002312 Chr04 NC_080390.1:37435559-37435568promoter 内 2763-2772 bp + 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 37433374-37434330(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr04G000410 Chr04 NC_080390.1:4288142-4288151promoter 内 2760-2769 bp + 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 4285069-4286910(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTT
SmilChr04G000012 Chr04 NC_080390.1:190455-190464promoter 内 2702-2711 bp - 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 191754-195795(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr03G003049 Chr03 NC_080389.1:47391295-47391304promoter 内 2694-2703 bp - 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 47392602-47393188(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
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