转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 24 / 164 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002825 Chr03 NC_080389.1:44735004-44735018promoter 内 340-354 bp - 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44738665-44743638(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTACCTACCCCACC
SmilChr01G003139 Chr01 NC_080387.1:50206672-50206686promoter 内 194-208 bp + 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 50199028-50202879(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTACCTG
SmilChr07G004015 Chr07 NC_080393.1:51221025-51221039promoter 内 140-154 bp + 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 51224886-51226869(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTAGGTAGGTGGC
SmilChr06G000852 Chr06 NC_080392.1:8075992-8076006promoter 内 118-132 bp + 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 8071415-8072123(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACCAACCA
SmilChr01G001145 Chr01 NC_080387.1:23414033-23414047promoter 内 3985-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 5 23414049-23416919(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr06G002105 Chr06 NC_080392.1:28131418-28131432promoter 内 3983-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 5 28128535-28131414(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr04G001978 Chr04 NC_080390.1:32055287-32055301promoter 内 3951-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 32052541-32055251(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr04G001980 Chr04 NC_080390.1:32064725-32064739promoter 内 3951-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 32062028-32064689(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr04G001979 Chr04 NC_080390.1:32060531-32060545promoter 内 3946-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 32056113-32060490(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr01G001890 Chr01 NC_080387.1:34021446-34021460promoter 内 3971-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 34019078-34021430(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr03G000190 Chr03 NC_080389.1:2118045-2118059promoter 内 3971-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 2115677-2118029(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr06G001498 Chr06 NC_080392.1:16034138-16034152promoter 内 3965-3979 bp + 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 16031727-16034116(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr02G004292 Chr02 NC_080388.1:65272383-65272397promoter 内 2435-2449 bp + 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 65269765-65270831(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr03G000086 Chr03 NC_080389.1:992394-992408promoter 内 2264-2278 bp + 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 989522-990671(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCTCTCC
SmilChr08G000629 Chr08 NC_080394.1:4681933-4681947promoter 内 2263-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 4683671-4684787(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCTCTCC
SmilChr08G000630 Chr08 NC_080394.1:4690795-4690809promoter 内 2263-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 4692533-4693651(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCTCTCC
SmilChr05G000103 Chr05 NC_080391.1:635661-635675promoter 内 3969-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 635693-638412(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr04G001180 Chr04 NC_080390.1:17877401-17877415promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 17874392-17877358(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr04G003923 Chr04 NC_080390.1:54913074-54913088promoter 内 3608-3622 bp + 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 54913467-54916873(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTAAGTAGGTGGG
SmilChr04G002469 Chr04 NC_080390.1:39508425-39508439promoter 内 3557-3571 bp - 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 39506184-39507995(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGGGGTAGGTAGG
SmilChr04G002610 Chr04 NC_080390.1:41498343-41498357promoter 内 3479-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 41498865-41499871(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAGAGGTAGGTGTG
SmilChr02G000458 Chr02 NC_080388.1:6122255-6122269promoter 内 2993-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 6118977-6121261(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTCTCC
SmilChr04G002609 Chr04 NC_080390.1:41498343-41498357promoter 内 2126-2140 bp + 1861 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 41495415-41496482(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCTCTCC
SmilChr06G002633 Chr06 NC_080392.1:37894737-37894751promoter 内 1977-1991 bp + 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 37891791-37892727(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr06G002632 Chr06 NC_080392.1:37885192-37885206promoter 内 1976-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 37882245-37883181(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr05G002906 Chr05 NC_080391.1:34912289-34912303promoter 内 1226-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 34915064-34922536(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAGAGGTAGGTGAA
SmilChr01G000809 Chr01 NC_080387.1:17477725-17477739promoter 内 1095-1109 bp + 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 17474079-17474833(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr02G001617 Chr02 NC_080388.1:30120638-30120652promoter 内 995-1009 bp + 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 30116256-30117646(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr07G000837 Chr07 NC_080393.1:5968426-5968440promoter 内 382-396 bp - 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 5961133-5964821(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGCAAGGTAGGTGGA
SmilChr08G002662 Chr08 NC_080394.1:26108522-26108536promoter 内 295-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 26112228-26122465(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTATCAT
SmilChr07G000926 Chr07 NC_080393.1:6604592-6604606promoter 内 41-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 6608552-7493209(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCACCAT
SmilChr05G000085 Chr05 NC_080391.1:473349-473363promoter 内 38-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 468215-469400(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGGAGTAGGTGGG
SmilChr05G000086 Chr05 NC_080391.1:473349-473363promoter 内 3986-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 473364-476083(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr04G001179 Chr04 NC_080390.1:17867839-17867853promoter 内 3985-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 17864832-17867837(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr02G001618 Chr02 NC_080388.1:30120638-30120652promoter 内 3981-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 30117719-30120632(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr02G001619 Chr02 NC_080388.1:30129850-30129864promoter 内 3981-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 30126934-30129844(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr02G004785 Chr02 NC_080388.1:70018433-70018447promoter 内 3829-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 70018605-70021442(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTAACAC
SmilChr01G001754 Chr01 NC_080387.1:32265109-32265123promoter 内 3753-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 32265357-32270789(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAGAGGTAGGTGGC
SmilChr04G001549 Chr04 NC_080390.1:25586677-25586691promoter 内 3673-3687 bp + 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 25585530-25586363(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACCAACAA
SmilChr06G003058 Chr06 NC_080392.1:43471739-43471753promoter 内 3652-3666 bp + 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 43472088-43474106(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTTGGTGGGTGAG
SmilChr01G005884 Chr01 NC_080387.1:74761265-74761279promoter 内 3568-3582 bp - 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 74758092-74760846(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G002056 Chr02 NC_080388.1:37006803-37006817promoter 内 3251-3265 bp + 736 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 37004239-37006067(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr06G003141 Chr06 NC_080392.1:44427276-44427290promoter 内 3197-3211 bp - 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 44428080-44431101(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTACCTACCAAGTT
SmilChr06G003203 Chr06 NC_080392.1:44870332-44870346promoter 内 3155-3169 bp - 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 44871178-44924816(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCTATGG
SmilChr04G001576 Chr04 NC_080390.1:26184469-26184483promoter 内 2950-2964 bp + 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 26181239-26183432(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTCTCC
SmilChr01G003660 Chr01 NC_080387.1:55026834-55026848promoter 内 2582-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 55020547-55025429(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCAACCAACTA
SmilChr08G001936 Chr08 NC_080394.1:16990921-16990935promoter 内 2376-2390 bp - 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 16992546-16993622(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr01G004167 Chr01 NC_080387.1:60183742-60183756promoter 内 2346-2360 bp + 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 60180378-60182101(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTATAA
SmilChr07G001316 Chr07 NC_080393.1:10121941-10121955promoter 内 1948-1962 bp + 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 10118784-10119902(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCATACT
SmilChr02G004784 Chr02 NC_080388.1:70018433-70018447promoter 内 1936-1950 bp - 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 70015359-70016382(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGTTAGTAGGTGAG