转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003439; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005108-RA_Salv SmilChr03G003439 bHLH XP_057798243.1 MP00195 TTAGCAACTTGCAT

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 6878 个候选靶基因 第 25 / 138 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005731 Chr01 NC_080387.1:73443547-73443560promoter 内 502-515 bp - 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 73447046-73458878(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTTGTTGA
SmilChr01G000329 Chr01 NC_080387.1:6720396-6720409promoter 内 416-429 bp + 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 6723981-6724799(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTTGCAACTTGCTA
SmilChr01G002819 Chr01 NC_080387.1:46759664-46759677promoter 内 279-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 46755197-46755955(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATACAAGTTGCACA
SmilChr02G003386 Chr02 NC_080388.1:54973143-54973156promoter 内 173-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 54976971-54978167(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TATCCAACTTGCTC
SmilChr01G006061 Chr01 NC_080387.1:76052784-76052797promoter 内 3937-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 76048442-76052733(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTTGTCCG
SmilChr02G004671 Chr02 NC_080388.1:69070462-69070475promoter 内 3922-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 69065789-69070396(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ACGCAAGTTGATGG
SmilChr01G005521 Chr01 NC_080387.1:72017603-72017616promoter 内 3887-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 72017717-72021112(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGCAAGTTGTCAT
SmilChr01G001567 Chr01 NC_080387.1:29683252-29683265promoter 内 3843-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 29680952-29683107(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGCCAAGTTGCAAA
SmilChr01G005538 Chr01 NC_080387.1:72219866-72219879promoter 内 3735-3748 bp - 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 72220132-72223376(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGCAAGTTGTCAT
SmilChr01G001564 Chr01 NC_080387.1:29669222-29669235promoter 内 3730-3743 bp - 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 29666012-29668964(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CATCCAACTTGCAC
SmilChr02G002676 Chr02 NC_080388.1:46345269-46345282promoter 内 3659-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 46345611-46348957(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TATCCAACTTGCTC
SmilChr01G006062 Chr01 NC_080387.1:76052784-76052797promoter 内 3467-3480 bp + 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 76053318-76053403(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CGGACAACTTGCAA
SmilChr02G004366 Chr02 NC_080388.1:65949361-65949374promoter 内 3360-3373 bp - 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 65950002-65951101(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTTGAAGA
SmilChr01G005793 Chr01 NC_080387.1:74021565-74021578promoter 内 3272-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 74022294-74025132(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTGGAACT
SmilChr03G002373 Chr03 NC_080389.1:37359259-37359272promoter 内 3194-3207 bp - 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 37360066-37361268(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CGTCAAGTTGCCGA
SmilChr01G003741 Chr01 NC_080387.1:55716740-55716753promoter 内 3001-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55717740-55721386(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTGGGTTT
SmilChr03G001037 Chr03 NC_080389.1:12077109-12077122promoter 内 2838-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 12075024-12075959(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TCTTCAACTTGCAG
SmilChr02G003879 Chr02 NC_080388.1:60857875-60857888promoter 内 2813-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 60859063-60860480(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TCAACAACTTGCAA
SmilChr01G006063 Chr01 NC_080387.1:76052784-76052797promoter 内 2779-2792 bp + 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 76054006-76058197(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CGGACAACTTGCAA
SmilChr03G003916 Chr03 NC_080389.1:58251338-58251351promoter 内 2515-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 58252824-58256515(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GCTTCAACTTGCAG
SmilChr02G002675 Chr02 NC_080388.1:46345269-46345282promoter 内 2313-2326 bp + 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 46342933-46343594(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GAGCAAGTTGGATA
SmilChr02G000745 Chr02 NC_080388.1:12039124-12039137promoter 内 2118-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 12041007-12043130(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TCTTCAACTTGCTT
SmilChr03G000176 Chr03 NC_080389.1:1908938-1908951promoter 内 2069-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1903647-1907019(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGCAAGTTGACTT
SmilChr02G001555 Chr02 NC_080388.1:28855782-28855795promoter 内 2001-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 28857782-28868220(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 AAGTCAACTTGCCA
SmilChr02G004287 Chr02 NC_080388.1:65182667-65182680promoter 内 1979-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 65174032-65180658(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GAAGCAACTTGCTG
SmilChr03G003412 Chr03 NC_080389.1:52462014-52462027promoter 内 1939-1952 bp - 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 52458654-52459965(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATTCCAACTTGCAT
SmilChr02G002857 Chr02 NC_080388.1:48774489-48774502promoter 内 1594-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 48768678-48772095(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 AGTTCCACTTGCAG
SmilChr01G005341 Chr01 NC_080387.1:70625940-70625953promoter 内 1342-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 70628599-70630450(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TCACCAACTTGTAC
SmilChr01G004493 Chr01 NC_080387.1:63057919-63057932promoter 内 1213-1226 bp - 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 63060707-63061386(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGCAAGTTGTCTC
SmilChr02G005138 Chr02 NC_080388.1:72818755-72818768promoter 内 954-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 72811791-72815721(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTTGATCT
SmilChr02G001434 Chr02 NC_080388.1:27035147-27035160promoter 内 881-894 bp + 3107 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 27038267-27040377(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 AATCCCACTTGCAT
SmilChr01G004199 Chr01 NC_080387.1:60467136-60467149promoter 内 791-804 bp + 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 60470346-60474440(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CGTACAACTTGCAC
SmilChr02G001485 Chr02 NC_080388.1:27837749-27837762promoter 内 736-749 bp + 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 27833629-27834497(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTGGGATT
SmilChr01G004409 Chr01 NC_080387.1:62182430-62182443promoter 内 691-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 62185740-62186561(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTTGAAGA
SmilChr03G000177 Chr03 NC_080389.1:1911774-1911787promoter 内 635-648 bp + 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1915140-1916637(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 AAGTCAACTTGCCA
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SmilChr03G000310 Chr03 NC_080389.1:3546951-3546964promoter 内 32-45 bp - 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 3539980-3542995(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GGGCCAACTTGTTC
SmilChr03G002232 Chr03 NC_080389.1:35223020-35223033promoter 内 27-40 bp + 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 35216607-35219059(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTGGCGTC
SmilChr03G001489 Chr03 NC_080389.1:17958000-17958013promoter 内 1086-1099 bp + 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 5 17953517-17955098(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GAGCAAGTTGGAAT
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SmilChr01G003150 Chr01 NC_080387.1:50302610-50302623promoter 内 3329-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 4 50303282-50306067(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 AGACAAGTTGGACC
SmilChr01G003149 Chr01 NC_080387.1:50302610-50302623promoter 内 2561-2574 bp - 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 4 50292902-50301183(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GGTCCAACTTGTCT
SmilChr01G002564 Chr01 NC_080387.1:43766034-43766047promoter 内 2293-2306 bp + 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 43760740-43764339(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GTTCAAGTTGCTGC
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SmilChr02G003502 Chr02 NC_080388.1:56220058-56220071promoter 内 1242-1255 bp + 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 56216197-56217312(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GATCAAGTTGCCGA
SmilChr01G003687 Chr01 NC_080387.1:55261412-55261425promoter 内 594-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 55264819-55264902(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ACACCAACTTGTCC
SmilChr01G000555 Chr01 NC_080387.1:11577245-11577258promoter 内 436-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 11571615-11573693(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ACACCAACTTGTCC
SmilChr01G002653 Chr01 NC_080387.1:44846026-44846039promoter 内 429-442 bp - 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 44839835-44842467(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTAGCAACTTGGTC