转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 26 / 136 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006160 Chr01 NC_080387.1:77011094-77011104promoter 内 928-938 bp - 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 77006345-77008031(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGTC
SmilChr04G000714 Chr04 NC_080390.1:8331177-8331187promoter 内 928-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 8334250-8335919(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGTC
SmilChr04G000368 Chr04 NC_080390.1:3703375-3703385promoter 内 893-903 bp - 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 3706483-3707097(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCG
SmilChr07G004235 Chr07 NC_080393.1:54722054-54722064promoter 内 872-882 bp + 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 54718087-54718935(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGGG
SmilChr06G001551 Chr06 NC_080392.1:16882104-16882114promoter 内 690-700 bp + 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 16875685-16878803(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCG
SmilChr06G001198 Chr06 NC_080392.1:12259159-12259169promoter 内 668-678 bp + 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 12262492-12263596(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGGA
SmilChr05G001953 Chr05 NC_080391.1:19983147-19983157promoter 内 626-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 19976654-19979782(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGGA
SmilChr02G003048 Chr02 NC_080388.1:51292298-51292308promoter 内 605-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 51287317-51288912(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGTC
SmilChr05G001915 Chr05 NC_080391.1:19410191-19410201promoter 内 593-603 bp + 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 19413599-19415202(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGTC
SmilChr04G001866 Chr04 NC_080390.1:30403408-30403418promoter 内 535-545 bp + 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 30406874-30408528(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGTC
SmilChr08G004158 Chr08 NC_080394.1:50853186-50853196promoter 内 493-503 bp + 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 50846777-50849688(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGCA
SmilChr06G000020 Chr06 NC_080392.1:255332-255342promoter 内 313-323 bp + 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 259020-259612(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCCCG
SmilChr03G001157 Chr03 NC_080389.1:13350333-13350343promoter 内 203-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 13345580-13346545(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGGA
SmilChr02G005061 Chr02 NC_080388.1:72295515-72295525promoter 内 157-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 72299359-72307057(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCG
SmilChr03G001158 Chr03 NC_080389.1:13351828-13351838promoter 内 131-141 bp + 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 13355698-13357162(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGGA
SmilChr07G002186 Chr07 NC_080393.1:20079536-20079546promoter 内 12-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 20083525-20088332(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGGA
SmilChr04G003676 Chr04 NC_080390.1:53216841-53216851promoter 内 3711-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 53215349-53216561(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTT
SmilChr06G001525 Chr06 NC_080392.1:16437277-16437287promoter 内 3711-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 16435999-16436997(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTT
SmilChr04G001476 Chr04 NC_080390.1:24203256-24203266promoter 内 3566-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 24201367-24202831(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCCCG
SmilChr02G001017 Chr02 NC_080388.1:17940776-17940786promoter 内 3500-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 17939512-17940285(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGTG
SmilChr03G001499 Chr03 NC_080389.1:18324684-18324694promoter 内 3398-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 18325287-18328025(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGGCTGAGCG
SmilChr01G006083 Chr01 NC_080387.1:76284454-76284464promoter 内 3351-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76281784-76283814(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGGA
SmilChr07G002346 Chr07 NC_080393.1:21798456-21798466promoter 内 3336-3346 bp + 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 21799121-21802274(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCC
SmilChr02G002824 Chr02 NC_080388.1:48353672-48353682promoter 内 3324-3334 bp - 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 48351833-48353005(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCCCG
SmilChr01G001663 Chr01 NC_080387.1:30713610-30713620promoter 内 3322-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 30714289-30716612(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGGA
SmilChr07G004071 Chr07 NC_080393.1:52067894-52067904promoter 内 3292-3302 bp - 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 52068603-52083067(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTT
SmilChr05G003827 Chr05 NC_080391.1:51681053-51681063promoter 内 3240-3250 bp - 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 51677259-51680302(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGGA
SmilChr03G004243 Chr03 NC_080389.1:60946703-60946713promoter 内 3086-3096 bp - 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 60942628-60945798(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGGA
SmilChr04G003677 Chr04 NC_080390.1:53216841-53216851promoter 内 3026-3036 bp + 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 53217816-53219428(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCC
SmilChr07G001777 Chr07 NC_080393.1:15061240-15061250promoter 内 2992-3002 bp - 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 15052678-15060241(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGTC
SmilChr03G000870 Chr03 NC_080389.1:9879601-9879611promoter 内 2970-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 9880632-9885394(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGGG
SmilChr03G000485 Chr03 NC_080389.1:5174328-5174338promoter 内 2944-2954 bp + 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 5175385-5177046(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGGA
SmilChr08G000954 Chr08 NC_080394.1:7110063-7110073promoter 内 2936-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 7106469-7109008(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGC
SmilChr08G001825 Chr08 NC_080394.1:15591898-15591908promoter 内 2917-2927 bp + 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 15592982-15595066(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGGA
SmilChr03G003524 Chr03 NC_080389.1:53842881-53842891promoter 内 2863-2873 bp + 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 53844019-53850195(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCC
SmilChr06G002731 Chr06 NC_080392.1:39456478-39456488promoter 内 2733-2743 bp + 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 39442646-39455220(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGC
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