转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 28 / 152 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004211 Chr03 NC_080389.1:60719440-60719458promoter 内 472-490 bp - 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 60713264-60715929(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAACCCAACCACATCTAT
SmilChr02G004927 Chr02 NC_080388.1:71287029-71287047promoter 内 3197-3215 bp + 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 71287833-71291720(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGCGGCAACCACCGCCGC
SmilChr02G001829 Chr02 NC_080388.1:33303497-33303515promoter 内 3057-3075 bp - 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 33304441-33304544(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGGTAGTGGTTGGGTTGG
SmilChr04G000693 Chr04 NC_080390.1:8081712-8081730promoter 内 2791-2809 bp - 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 8077173-8080520(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAACCCAACCACATCTAT
SmilChr05G002119 Chr05 NC_080391.1:22257493-22257511promoter 内 1827-1845 bp - 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 22259667-22269584(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGTGGTGGTTGTTGGCG
SmilChr05G002118 Chr05 NC_080391.1:22257493-22257511promoter 内 120-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 22252551-22253630(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCAACAACCACCACCGC
SmilChr05G002952 Chr05 NC_080391.1:35641236-35641254promoter 内 3500-3518 bp - 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 35641737-35653228(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGTGGTGGTTGATCGAG
SmilChr02G004190 Chr02 NC_080388.1:64224444-64224462promoter 内 3320-3338 bp + 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 64220433-64223781(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTATAGGTGGTTGGGTATA
SmilChr02G001699 Chr02 NC_080388.1:31322910-31322928promoter 内 3094-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 31320807-31322021(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGTGGTGGTTGAAGTTC
SmilChr01G002104 Chr01 NC_080387.1:37072805-37072823promoter 内 3062-3080 bp + 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 37073744-37074483(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGCATCAACCACCCCCTC
SmilChr02G000502 Chr02 NC_080388.1:6906434-6906452promoter 内 3023-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 6903650-6905474(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGTACCAACCACCTATCA
SmilChr01G006105 Chr01 NC_080387.1:76548585-76548603promoter 内 2905-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 76549681-76615946(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAGTGGTGGTTGAATAGA
SmilChr05G001703 Chr05 NC_080391.1:16227547-16227565promoter 内 2301-2319 bp + 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 16229247-16231023(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCAACAACCACCACCGC
SmilChr03G002553 Chr03 NC_080389.1:40709549-40709567promoter 内 2252-2270 bp - 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 40711298-40712479(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAAAGTGGTTGGCCGGC
SmilChr05G001398 Chr05 NC_080391.1:12567629-12567647promoter 内 2245-2263 bp + 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 12569385-12576372(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTTATCT
SmilChr02G000874 Chr02 NC_080388.1:15070006-15070024promoter 内 2087-2105 bp - 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 15071920-15075086(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTTAGGTGGTTGGGTGGC
SmilChr02G000327 Chr02 NC_080388.1:4134010-4134028promoter 内 1685-1703 bp - 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 4130655-4131712(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTTCAACCACCAAAAG
SmilChr03G004157 Chr03 NC_080389.1:60341729-60341747promoter 内 1425-1443 bp + 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 60344305-60348450(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACAACCCAACCACCGCCTG
SmilChr02G001506 Chr02 NC_080388.1:28086267-28086285promoter 内 1327-1345 bp - 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 28088941-28091326(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGGTGTGGTTGGGGTTG
SmilChr05G001557 Chr05 NC_080391.1:14291452-14291470promoter 内 842-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 14286013-14288311(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAGGCCAACCACTTACTC
SmilChr03G003571 Chr03 NC_080389.1:54366174-54366192promoter 内 532-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 54360081-54362723(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGTGGTGGTTGAAGTTC
SmilChr03G003573 Chr03 NC_080389.1:54372232-54372250promoter 内 532-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 54366137-54368781(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGTGGTGGTTGAAGTTC
SmilChr01G001155 Chr01 NC_080387.1:23504668-23504686promoter 内 463-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 23498505-23501148(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGTGGTGGTTGAAGTTC
SmilChr01G003332 Chr01 NC_080387.1:52025219-52025237promoter 内 398-416 bp + 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 52028822-52030455(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAACTTCAACCACCACTAT
SmilChr05G000811 Chr05 NC_080391.1:6338296-6338314promoter 内 277-295 bp - 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 6334518-6334590(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTCCAACCAACTACCT
SmilChr04G000460 Chr04 NC_080390.1:4905264-4905282promoter 内 135-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 4896849-4901416(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATTCGCAACCACCGACGC
SmilChr02G000835 Chr02 NC_080388.1:14111094-14111112promoter 内 3965-3983 bp + 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 14111130-14114061(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTTCAACCACCAAAAG
SmilChr02G002137 Chr02 NC_080388.1:38473145-38473163promoter 内 3900-3918 bp + 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 38473246-38475937(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTTCAACCACCAAAAG
SmilChr02G000196 Chr02 NC_080388.1:2454687-2454705promoter 内 3837-3855 bp + 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2454851-2457037(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTTCAACCACCAAAAG
SmilChr02G002136 Chr02 NC_080388.1:38463972-38463990promoter 内 3824-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 38464149-38466625(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTTCAACCACCAAAAG
SmilChr01G001626 Chr01 NC_080387.1:30335349-30335367promoter 内 3786-3804 bp + 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 30334013-30335152(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGTAGATGGTTGGAGAAG
SmilChr02G000832 Chr02 NC_080388.1:14093617-14093635promoter 内 3750-3768 bp + 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 14093868-14096579(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTTCAACCACCAAAAG
SmilChr02G002764 Chr02 NC_080388.1:47700856-47700874promoter 内 3679-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 47698071-47700552(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTACTCCAACCACTAGGCC
SmilChr05G000813 Chr05 NC_080391.1:6338296-6338314promoter 内 3600-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6336534-6337913(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTCCAACCAACTACCT
SmilChr05G001499 Chr05 NC_080391.1:13757469-13757487promoter 内 3557-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 13757913-13760567(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTAATCAACCACCTCCAC
SmilChr04G001926 Chr04 NC_080390.1:31361283-31361301promoter 内 3554-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 31361730-31367584(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAACGGTGGTTGACAAAG
SmilChr04G002637 Chr04 NC_080390.1:41785147-41785165promoter 内 3548-3566 bp + 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41785600-41786599(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCATCAACCACTTCTTT
SmilChr02G001723 Chr02 NC_080388.1:31701302-31701320promoter 内 3492-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 31699763-31700811(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTACCAACCACCACACA
SmilChr01G001674 Chr01 NC_080387.1:30885535-30885553promoter 内 3479-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 30882641-30885031(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGCATGTGGTTGGGAGTC
SmilChr01G000298 Chr01 NC_080387.1:5868700-5868718promoter 内 3377-3395 bp + 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 5866970-5868094(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGAATTGGTTGGGGGTT
SmilChr01G004905 Chr01 NC_080387.1:67105668-67105686promoter 内 3316-3334 bp - 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 67106353-67109520(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTTGTGGTTGGCGCAG
SmilChr04G003414 Chr04 NC_080390.1:50756291-50756309promoter 内 3306-3324 bp + 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 50756986-50759548(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GACTCCCAACCACATGCTC
SmilChr01G006183 Chr01 NC_080387.1:77352022-77352040promoter 内 3254-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 77347535-77351293(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAGGGGTGGTTGAGGTCA
SmilChr01G004536 Chr01 NC_080387.1:63519666-63519684promoter 内 3199-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 63520468-63524011(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTGGCGGTTGGAGCTG
SmilChr04G003888 Chr04 NC_080390.1:54704232-54704250promoter 内 3183-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54692658-54703432(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGAAGGTGGGTGGGTGAA
SmilChr01G000227 Chr01 NC_080387.1:4147836-4147854promoter 内 3143-3161 bp + 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 4146340-4146996(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCAATGTGGTTGGAACGA
SmilChr03G000071 Chr03 NC_080389.1:869012-869030promoter 内 2988-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 870025-871029(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTGGTGGTTGAAGAGG
SmilChr05G001747 Chr05 NC_080391.1:16975329-16975347promoter 内 2799-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 16976531-16979142(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTGGTGGTTGGTCTGG
SmilChr04G002237 Chr04 NC_080390.1:36093573-36093591promoter 内 2526-2544 bp - 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 36095048-36120297(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTAAGGTGGGTGGAGACC
SmilChr03G002492 Chr03 NC_080389.1:39680305-39680323promoter 内 2475-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 39676587-39678797(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCAATGTGGTTGGAACGA