转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005217; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006334-RA_Salv SmilChr02G005217 G2-like XP_057792502.1 MP00022 GAGAATCTGT

可能结合的靶基因

9720 个结合位点 6959 个候选靶基因 第 28 / 140 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002179 Chr02 NC_080388.1:39014572-39014581promoter 内 3697-3706 bp - 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 39013190-39014277(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr02G000718 Chr02 NC_080388.1:11532911-11532920promoter 内 3406-3415 bp + 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 11533506-11537729(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr04G000132 Chr04 NC_080390.1:1143795-1143804promoter 内 3228-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 1135253-1143031(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr01G004308 Chr01 NC_080387.1:61268912-61268921promoter 内 3176-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 61261478-61268096(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr03G004743 Chr03 NC_080389.1:64553049-64553058promoter 内 2929-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 64548949-64551986(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr03G004596 Chr03 NC_080389.1:63779238-63779247promoter 内 2894-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 63776620-63778140(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr02G001074 Chr02 NC_080388.1:19140163-19140172promoter 内 2707-2716 bp + 1285 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 19141457-19144458(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr02G004985 Chr02 NC_080388.1:71732674-71732683promoter 内 2520-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 71734155-71737705(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr02G000717 Chr02 NC_080388.1:11532911-11532920promoter 内 2390-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 11527730-11531309(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr02G000607 Chr02 NC_080388.1:8837652-8837661promoter 内 2182-2191 bp - 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 8839471-8846778(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr02G003914 Chr02 NC_080388.1:61237257-61237266promoter 内 1997-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 61234002-61235262(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr02G002462 Chr02 NC_080388.1:42952666-42952675promoter 内 1973-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 42947520-42950647(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr02G004903 Chr02 NC_080388.1:71021870-71021879promoter 内 1776-1785 bp + 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 71024095-71025732(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr01G004309 Chr01 NC_080387.1:61268912-61268921promoter 内 1519-1528 bp - 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 61265873-61266439(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr01G000292 Chr01 NC_080387.1:5711200-5711209promoter 内 1504-1513 bp + 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 5706918-5708712(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr01G003183 Chr01 NC_080387.1:50603494-50603503promoter 内 1408-1417 bp - 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 50600254-50600910(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr03G004744 Chr03 NC_080389.1:64549007-64549016promoter 内 1337-1346 bp + 2655 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 64551671-64552520(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr01G003263 Chr01 NC_080387.1:51319744-51319753promoter 内 1199-1208 bp + 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 51322546-51323993(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr03G000268 Chr03 NC_080389.1:3100734-3100743promoter 内 989-998 bp - 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 3094510-3097731(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr01G003184 Chr01 NC_080387.1:50603494-50603503promoter 内 930-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 50606565-50607204(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr03G000789 Chr03 NC_080389.1:9001248-9001257promoter 内 846-855 bp - 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 8992586-8998102(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr01G000669 Chr01 NC_080387.1:14826067-14826076promoter 内 697-706 bp - 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 14829371-14831561(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr03G000122 Chr03 NC_080389.1:1320275-1320284promoter 内 586-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 1323690-1324707(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr03G000277 Chr03 NC_080389.1:3161102-3161111promoter 内 577-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 3155663-3157687(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr01G004241 Chr01 NC_080387.1:60715531-60715540promoter 内 502-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 60719030-60723206(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr03G001436 Chr03 NC_080389.1:17036873-17036882promoter 内 268-277 bp - 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 17040606-17050113(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr01G000335 Chr01 NC_080387.1:6830310-6830319promoter 内 3937-3946 bp - 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 6830374-6831466(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr02G001181 Chr02 NC_080388.1:21703005-21703014promoter 内 3853-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 21703153-21705194(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr03G003974 Chr03 NC_080389.1:58766641-58766650promoter 内 3705-3714 bp - 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 58766937-58772361(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr02G004128 Chr02 NC_080388.1:63522050-63522059promoter 内 3456-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 63522595-63526785(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr01G001023 Chr01 NC_080387.1:21396446-21396455promoter 内 3393-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 21391468-21395847(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr02G000741 Chr02 NC_080388.1:11992058-11992067promoter 内 3327-3336 bp - 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 11992732-11993646(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr02G004127 Chr02 NC_080388.1:63522050-63522059promoter 内 3280-3289 bp - 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 63520369-63521338(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr03G004742 Chr03 NC_080389.1:64549007-64549016promoter 内 3168-3177 bp + 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 64542658-64548183(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr01G000519 Chr01 NC_080387.1:10622099-10622108promoter 内 3147-3156 bp + 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 10622953-10623037(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr02G000435 Chr02 NC_080388.1:5672647-5672656promoter 内 3024-3033 bp + 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 5673624-5676683(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr02G002887 Chr02 NC_080388.1:49169549-49169558promoter 内 2978-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 49170572-49173761(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr02G001008 Chr02 NC_080388.1:17830851-17830860promoter 内 2926-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 17826297-17829785(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr02G001519 Chr02 NC_080388.1:28316467-28316476promoter 内 2804-2813 bp - 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 28309806-28315279(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr01G002634 Chr01 NC_080387.1:44627770-44627779promoter 内 2716-2725 bp + 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 44621596-44626494(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr01G003341 Chr01 NC_080387.1:52201195-52201204promoter 内 2713-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 52198054-52199916(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr02G003638 Chr02 NC_080388.1:57744669-57744678promoter 内 2523-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 57742456-57743200(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr01G003579 Chr01 NC_080387.1:54368033-54368042promoter 内 2463-2472 bp - 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 54369571-54371350(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr04G000991 Chr04 NC_080390.1:13587132-13587141promoter 内 2421-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 13584890-13585561(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr01G000520 Chr01 NC_080387.1:10622099-10622108promoter 内 2411-2420 bp + 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 10623689-10623775(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr03G002186 Chr03 NC_080389.1:34122991-34123000promoter 内 2404-2413 bp - 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 34120726-34121403(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr02G000978 Chr02 NC_080388.1:17149419-17149428promoter 内 2392-2401 bp - 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 17151028-17160868(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTC
SmilChr03G004454 Chr03 NC_080389.1:62657154-62657163promoter 内 2390-2399 bp - 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 62654128-62655552(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr02G004072 Chr02 NC_080388.1:63008787-63008796promoter 内 2376-2385 bp - 1616 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 63005876-63007171(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG
SmilChr04G000723 Chr04 NC_080390.1:8500239-8500248promoter 内 2364-2373 bp - 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 8497533-8498611(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTAG