转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 37 / 134 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004706 Chr01 NC_080387.1:65163292-65163306promoter 内 2551-2565 bp - 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 65164742-65166444(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATAGGC
SmilChr02G001369 Chr02 NC_080388.1:25808717-25808731promoter 内 2550-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 25810168-25810274(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTGATAATGATGAG
SmilChr02G002564 Chr02 NC_080388.1:44613772-44613786promoter 内 2470-2484 bp - 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 44610723-44612255(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr02G002561 Chr02 NC_080388.1:44558555-44558569promoter 内 2383-2397 bp - 1604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 44555391-44556951(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr03G001108 Chr03 NC_080389.1:12758646-12758660promoter 内 2249-2263 bp + 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 12760398-12762335(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTGTGTGATGATTAT
SmilChr01G004937 Chr01 NC_080387.1:67468285-67468299promoter 内 1843-1857 bp - 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 67470443-67473691(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGAGTT
SmilChr01G005886 Chr01 NC_080387.1:74770768-74770782promoter 内 752-766 bp + 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 74774017-74848538(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTACCTAATGATGAT
SmilChr01G001208 Chr01 NC_080387.1:24296723-24296737promoter 内 251-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 24300473-24301747(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATCATA
SmilChr01G001995 Chr01 NC_080387.1:35362376-35362390promoter 内 3896-3910 bp + 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 35362481-35367022(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTATACAATGATTAT
SmilChr02G005128 Chr02 NC_080388.1:72751461-72751475promoter 内 3696-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 72751766-72754924(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGTGATC
SmilChr01G003725 Chr01 NC_080387.1:55566862-55566876promoter 内 3643-3657 bp - 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 55567220-55572343(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATGATT
SmilChr01G000063 Chr01 NC_080387.1:1052103-1052117promoter 内 3587-3601 bp - 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 1048335-1051703(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAAGTAATGATGGA
SmilChr01G003900 Chr01 NC_080387.1:57289932-57289946promoter 内 3407-3421 bp - 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 57286627-57289352(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATGCAATGATTGT
SmilChr02G002238 Chr02 NC_080388.1:39728029-39728043promoter 内 3182-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 39728848-39731943(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr02G000064 Chr02 NC_080388.1:845241-845255promoter 内 3154-3168 bp + 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 843092-844408(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTATTCTC
SmilChr01G004979 Chr01 NC_080387.1:67843084-67843098promoter 内 3054-3068 bp + 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 67844031-67848404(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr02G003266 Chr02 NC_080388.1:53929820-53929834promoter 内 3043-3057 bp - 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 53930778-53932551(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTACAATC
SmilChr01G003370 Chr01 NC_080387.1:52427042-52427056promoter 内 3042-3056 bp + 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 52428001-52432420(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr01G001808 Chr01 NC_080387.1:33008627-33008641promoter 内 2600-2614 bp + 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 33010028-33013340(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATCTGATGATTAT
SmilChr01G005769 Chr01 NC_080387.1:73767199-73767213promoter 内 2219-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 73768981-73771115(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGATGATGATTAT
SmilChr02G001370 Chr02 NC_080388.1:25962136-25962150promoter 内 2112-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 25956308-25960261(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGATGATGATTAT
SmilChr03G002128 Chr03 NC_080389.1:33138948-33138962promoter 内 2085-2099 bp + 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 33134734-33137046(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTACATTT
SmilChr03G000747 Chr03 NC_080389.1:8540985-8540999promoter 内 1968-1982 bp + 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 8543018-8544377(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACTATAATGATGAT
SmilChr02G005454 Chr02 NC_080388.1:74878174-74878188promoter 内 1922-1936 bp + 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 74873062-74876109(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTACATTT
SmilChr01G004139 Chr01 NC_080387.1:59896961-59896975promoter 内 1914-1928 bp - 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 59891649-59894888(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr01G001201 Chr01 NC_080387.1:24211989-24212003promoter 内 1859-1873 bp + 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 24214131-24217214(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr03G002141 Chr03 NC_080389.1:33355620-33355634promoter 内 1858-1872 bp - 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 33343375-33353491(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATTGT
SmilChr02G001770 Chr02 NC_080388.1:32456664-32456678promoter 内 1852-1866 bp - 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 32453541-32454529(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr02G003347 Chr02 NC_080388.1:54679919-54679933promoter 内 1669-1683 bp + 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 54682251-54684804(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CATCGTAATGATGGA
SmilChr03G003290 Chr03 NC_080389.1:51016594-51016608promoter 内 1231-1245 bp - 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 51019364-51019993(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTAATTCT
SmilChr02G002786 Chr02 NC_080388.1:47936625-47936639promoter 内 1145-1159 bp - 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 47930341-47933783(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTGACAATGATTAA
SmilChr01G000064 Chr01 NC_080387.1:1052103-1052117promoter 内 1006-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 1055098-1059171(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTACTTGT
SmilChr02G003195 Chr02 NC_080388.1:53116127-53116141promoter 内 333-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 53109246-53112473(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTAACAATGATTAT
SmilChr01G005885 Chr01 NC_080387.1:74770768-74770782promoter 内 280-294 bp + 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 74763545-74767061(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGGTAC
SmilChr01G002633 Chr01 NC_080387.1:44620798-44620812promoter 内 3927-3941 bp - 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 44619423-44620738(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTATACAATGATTAT
SmilChr01G004612 Chr01 NC_080387.1:64081235-64081249promoter 内 3761-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64076344-64081009(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTATACAC
SmilChr02G004692 Chr02 NC_080388.1:69270686-69270700promoter 内 3688-3702 bp + 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 69270999-69273246(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAACATAATGATGAA
SmilChr03G000307 Chr03 NC_080389.1:3496616-3496630promoter 内 3530-3544 bp - 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 3493752-3496159(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTATAATGATGAT
SmilChr01G003916 Chr01 NC_080387.1:57438391-57438405promoter 内 3450-3464 bp - 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57435045-57437854(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATGCAATGATTGT
SmilChr03G002271 Chr03 NC_080389.1:35859000-35859014promoter 内 3414-3428 bp - 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 35853702-35858427(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr02G004183 Chr02 NC_080388.1:64151396-64151410promoter 内 3388-3402 bp - 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64148736-64150797(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr01G003144 Chr01 NC_080387.1:50269191-50269205promoter 内 3336-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 50269856-50275081(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr01G001617 Chr01 NC_080387.1:30287568-30287582promoter 内 3328-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 30283607-30286909(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGTTAAC
SmilChr01G001558 Chr01 NC_080387.1:29599102-29599116promoter 内 3217-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 29596491-29598332(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACACAG
SmilChr01G001765 Chr01 NC_080387.1:32444536-32444550promoter 内 3172-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 32445365-32445886(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATCTGATGATTAT
SmilChr02G005455 Chr02 NC_080388.1:74878174-74878188promoter 内 3053-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 74879122-74883586(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTC
SmilChr02G001371 Chr02 NC_080388.1:25962136-25962150promoter 内 3039-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25960568-25961188(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGATGATGATTAT
SmilChr01G001530 Chr01 NC_080387.1:29293383-29293397promoter 内 2977-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 29290857-29292373(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACACAG
SmilChr02G004067 Chr02 NC_080388.1:62958140-62958154promoter 内 2898-2912 bp - 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 62950342-62957051(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGATGCAATGATTGA
SmilChr03G000080 Chr03 NC_080389.1:962462-962476promoter 内 2882-2896 bp + 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 960402-961357(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCATATGC