转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 4 / 147 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001105 Chr01 NC_080387.1:22627758-22627772promoter 内 3118-3132 bp + 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 22623892-22626889(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr03G002295 Chr03 NC_080389.1:36149461-36149475promoter 内 2484-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 36150978-36156889(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr01G001382 Chr01 NC_080387.1:27233139-27233153promoter 内 2338-2352 bp - 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 27230601-27231490(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGGATAGTTAGGCCG
SmilChr02G003164 Chr02 NC_080388.1:52680228-52680242promoter 内 1971-1985 bp - 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 52675067-52678212(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATGAAGTTAGGCAC
SmilChr02G003021 Chr02 NC_080388.1:50895802-50895816promoter 内 1933-1947 bp + 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 50897870-50901111(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATGAAGTTAGGCAC
SmilChr02G003509 Chr02 NC_080388.1:56282680-56282694promoter 内 1464-1478 bp - 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 56285217-56286431(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACTTTTTG
SmilChr02G003561 Chr02 NC_080388.1:56786094-56786108promoter 内 1446-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 56788649-56789863(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACTTTTTG
SmilChr01G005378 Chr01 NC_080387.1:71008084-71008098promoter 内 1216-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 70999770-71005313(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTAAAAGTTAGGTGG
SmilChr04G000456 Chr04 NC_080390.1:4834360-4834374promoter 内 25-39 bp + 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 4824923-4830398(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr03G000466 Chr03 NC_080389.1:5000404-5000418promoter 内 3746-3760 bp + 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 4977151-5000163(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr04G001687 Chr04 NC_080390.1:27898725-27898739promoter 内 3545-3559 bp - 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 27899181-27902134(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr03G001216 Chr03 NC_080389.1:13977484-13977498promoter 内 3470-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 13973700-13976967(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr03G000455 Chr03 NC_080389.1:4847753-4847767promoter 内 3394-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 4848360-4849955(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACTTTTTG
SmilChr02G001135 Chr02 NC_080388.1:20481957-20481971promoter 内 3367-3381 bp + 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 20476332-20481337(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr02G001010 Chr02 NC_080388.1:17852790-17852804promoter 内 2859-2873 bp + 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 17848167-17851662(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGCCTAACTCTGAT
SmilChr03G002427 Chr03 NC_080389.1:38564125-38564139promoter 内 2805-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 38565321-38566320(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr03G000568 Chr03 NC_080389.1:6194571-6194585promoter 内 2556-2570 bp - 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 6196016-6200437(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr03G000317 Chr03 NC_080389.1:3628408-3628422promoter 内 2542-2556 bp + 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 3629867-3633029(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACGCAAGTTAGGCGC
SmilChr03G001297 Chr03 NC_080389.1:15167189-15167203promoter 内 2523-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 15161753-15165725(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr01G001051 Chr01 NC_080387.1:21850275-21850289promoter 内 2428-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 21851848-21861070(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr02G003124 Chr02 NC_080388.1:52244260-52244274promoter 内 2419-2433 bp + 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 52241325-52242692(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr02G003322 Chr02 NC_080388.1:54481770-54481784promoter 内 2411-2425 bp - 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 54473930-54480194(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAAGGTTAGGTGG
SmilChr02G000311 Chr02 NC_080388.1:3915752-3915766promoter 内 2387-2401 bp - 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 3905371-3914152(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGATAGTTAGGCCG
SmilChr03G001826 Chr03 NC_080389.1:25016257-25016271promoter 内 2263-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25017995-25018642(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACCTAACTTCCCT
SmilChr03G000188 Chr03 NC_080389.1:2097026-2097040promoter 内 2210-2224 bp + 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 2091044-2095249(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr02G001577 Chr02 NC_080388.1:29326358-29326372promoter 内 2165-2179 bp + 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 29328194-29331231(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAAGAGTTAGGTAC
SmilChr01G000289 Chr01 NC_080387.1:5658623-5658637promoter 内 2145-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 5660479-5663588(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAAGAGTTAGGTAC
SmilChr03G001700 Chr03 NC_080389.1:22587644-22587658promoter 内 2076-2090 bp - 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 22582678-22585733(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAAGAGTTAGGTAC
SmilChr03G001544 Chr03 NC_080389.1:19364053-19364067promoter 内 1939-1953 bp - 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 19366115-19368463(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr02G000572 Chr02 NC_080388.1:8183173-8183187promoter 内 1857-1871 bp - 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 8088579-8181043(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGATAGTTAGGCCG
SmilChr02G001793 Chr02 NC_080388.1:32714710-32714724promoter 内 1783-1797 bp + 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 32711688-32712506(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr03G001542 Chr03 NC_080389.1:19354406-19354420promoter 内 1455-1469 bp - 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 19349623-19351874(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGATAGTTAGGCCG
SmilChr04G001560 Chr04 NC_080390.1:25896594-25896608promoter 内 1385-1399 bp + 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25899210-25902942(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGATAGTTAGGCCG
SmilChr02G004316 Chr02 NC_080388.1:65496711-65496725promoter 内 1226-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 65484708-65493950(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCGCCTAACTCGCTC
SmilChr03G000234 Chr03 NC_080389.1:2800639-2800653promoter 内 883-897 bp + 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 2794881-2797535(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTATCCC
SmilChr02G004317 Chr02 NC_080388.1:65496711-65496725promoter 内 783-797 bp + 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 65499929-65502746(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAGCGAGTTAGGCGG
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SmilChr02G002726 Chr02 NC_080388.1:47173104-47173118promoter 内 127-141 bp - 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47166173-47169244(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGATAGTTAGGCCG
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SmilChr03G003271 Chr03 NC_080389.1:50675706-50675720promoter 内 3010-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 50671183-50674729(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAGGAGTTAGGCAC
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