转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 41 / 128 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002882 Chr07 NC_080393.1:29036698-29036712promoter 内 2516-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 29038183-29045642(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCTGCCACCGCCA
SmilChr02G001255 Chr02 NC_080388.1:23047975-23047989promoter 内 2513-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 23049463-23051744(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCACCACCGCCG
SmilChr05G002265 Chr05 NC_080391.1:24364230-24364244promoter 内 2060-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 24357252-24362303(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGGAG
SmilChr07G003662 Chr07 NC_080393.1:43774603-43774617promoter 内 2001-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 43776603-43779290(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGTGG
SmilChr01G002194 Chr01 NC_080387.1:38108101-38108115promoter 内 1626-1640 bp - 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 38103707-38105740(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCATCGCCACCGCCG
SmilChr05G001016 Chr05 NC_080391.1:8322244-8322258promoter 内 1586-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 8316357-8319843(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTCG
SmilChr01G001001 Chr01 NC_080387.1:21070985-21070999promoter 内 1529-1543 bp + 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 21066877-21068527(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr01G004633 Chr01 NC_080387.1:64354949-64354963promoter 内 1437-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 64357513-64358550(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGTCACCGCCA
SmilChr04G003795 Chr04 NC_080390.1:54133994-54134008promoter 内 1098-1112 bp - 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 54128786-54131105(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCACCACCGCCG
SmilChr01G004631 Chr01 NC_080387.1:64354949-64354963promoter 内 922-936 bp + 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 64349703-64351884(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGACGGTGG
SmilChr04G000634 Chr04 NC_080390.1:7208626-7208640promoter 内 742-756 bp + 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 7202489-7205381(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTTGCGG
SmilChr04G002149 Chr04 NC_080390.1:34543353-34543367promoter 内 598-612 bp - 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 34546756-34547922(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTTGTGG
SmilChr08G002251 Chr08 NC_080394.1:20743592-20743606promoter 内 593-607 bp - 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 20738480-20740198(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCCCACCACCGCCG
SmilChr02G001151 Chr02 NC_080388.1:20966973-20966987promoter 内 469-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 20970505-20972712(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCACCACCGCCG
SmilChr08G003364 Chr08 NC_080394.1:35209614-35209628promoter 内 403-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 35205072-35206030(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCACCACCGCCG
SmilChr06G003284 Chr06 NC_080392.1:45396579-45396593promoter 内 395-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 45379598-45392987(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCACCACCGCCT
SmilChr01G000150 Chr01 NC_080387.1:2565670-2565684promoter 内 101-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 2559918-2561784(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAGCGC
SmilChr04G002148 Chr04 NC_080390.1:34543353-34543367promoter 内 83-97 bp - 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 34536550-34539449(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACAACCACCGCCG
SmilChr03G001135 Chr03 NC_080389.1:13080209-13080223promoter 内 28-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 13084182-13087539(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGCCACCGCTC
SmilChr06G002027 Chr06 NC_080392.1:26307525-26307539promoter 内 3785-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 26305249-26307323(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCCACCACCGCCG
SmilChr02G002161 Chr02 NC_080388.1:38826672-38826686promoter 内 3496-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 38826087-38826181(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCGTCCACCGCCG
SmilChr03G004448 Chr03 NC_080389.1:62618176-62618190promoter 内 3348-3362 bp + 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 62618829-62622121(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCCGCCACCGCCA
SmilChr08G002561 Chr08 NC_080394.1:24931988-24932002promoter 内 3197-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 24930226-24931198(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr08G002562 Chr08 NC_080394.1:24936245-24936259promoter 内 3197-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 24934483-24935455(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr03G003713 Chr03 NC_080389.1:56074708-56074722promoter 内 3119-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56072904-56073840(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr01G004691 Chr01 NC_080387.1:64968207-64968221promoter 内 3101-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64965598-64967321(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCACCACCGCCG
SmilChr08G000746 Chr08 NC_080394.1:5519344-5519358promoter 内 2925-2939 bp - 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5515904-5518282(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACAACCACCGCCG
SmilChr06G002808 Chr06 NC_080392.1:40781618-40781632promoter 内 2905-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40782714-40783768(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTCG
SmilChr06G000977 Chr06 NC_080392.1:9535270-9535284promoter 内 2749-2763 bp - 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9532933-9534032(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCCACCACCGCCG
SmilChr03G004341 Chr03 NC_080389.1:61716418-61716432promoter 内 2433-2447 bp + 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 61717986-61721047(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCATCGCCACCGCCG
SmilChr01G006109 Chr01 NC_080387.1:76634027-76634041promoter 内 1976-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 76636052-76638251(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCAA
SmilChr05G001674 Chr05 NC_080391.1:15871097-15871111promoter 内 1922-1936 bp - 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 15866135-15869032(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCACCACCGCCG
SmilChr05G003970 Chr05 NC_080391.1:53467982-53467996promoter 内 1693-1707 bp - 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53462133-53465688(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCACCACCGCCT
SmilChr04G003103 Chr04 NC_080390.1:47606998-47607012promoter 内 1667-1681 bp + 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 47609332-47610499(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCCCACCACCGCCG
SmilChr04G003634 Chr04 NC_080390.1:52849473-52849487promoter 内 1558-1572 bp - 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 52851916-52854425(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGGAG
SmilChr07G000916 Chr07 NC_080393.1:6553775-6553789promoter 内 1405-1419 bp + 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 6548111-6551193(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGATGC
SmilChr03G002582 Chr03 NC_080389.1:41081636-41081650promoter 内 1287-1301 bp - 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41084350-41090165(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGCGGCGG
SmilChr02G001009 Chr02 NC_080388.1:17845479-17845493promoter 内 1214-1228 bp + 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 17841831-17842706(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr04G001637 Chr04 NC_080390.1:27177832-27177846promoter 内 1153-1167 bp - 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27174147-27174998(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCACCACCGCCG
SmilChr07G003827 Chr07 NC_080393.1:47328542-47328556promoter 内 963-977 bp + 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 47322172-47325518(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCGGCGC
SmilChr07G004476 Chr07 NC_080393.1:57313416-57313430promoter 内 867-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 57308048-57310296(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGATGC
SmilChr07G001255 Chr07 NC_080393.1:9681052-9681066promoter 内 558-572 bp + 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9684495-9685261(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCACCACCGCCG
SmilChr05G002130 Chr05 NC_080391.1:22405666-22405680promoter 内 480-494 bp + 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 22398914-22402159(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGATGG
SmilChr05G001447 Chr05 NC_080391.1:13206855-13206869promoter 内 478-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 13210378-13211064(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGGTG
SmilChr03G002004 Chr03 NC_080389.1:29862867-29862881promoter 内 342-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 29858010-29859222(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr04G002251 Chr04 NC_080390.1:36467775-36467789promoter 内 325-339 bp - 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 36471451-36473569(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGTGG
SmilChr01G002201 Chr01 NC_080387.1:38287931-38287945promoter 内 40-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 38291892-38292689(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCACCACCGCCT
SmilChr06G000305 Chr06 NC_080392.1:2196187-2196201promoter 内 2538-2552 bp - 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 7 2191739-2194738(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTGCACCACCGCCA
SmilChr05G003279 Chr05 NC_080391.1:42703941-42703955promoter 内 3307-3321 bp + 680 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 42702892-42703261(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGAGA
SmilChr01G004226 Chr01 NC_080387.1:60634969-60634983promoter 内 3021-3035 bp + 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 60631906-60634003(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTCG