转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 42 / 167 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001059 Chr01 NC_080387.1:21915605-21915616promoter 内 1021-1032 bp - 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 21911660-21912636(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
SmilChr02G004929 Chr02 NC_080388.1:71293121-71293132promoter 内 879-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 71296243-71300602(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAGCACGCCAAG
SmilChr06G001825 Chr06 NC_080392.1:21423473-21423484promoter 内 631-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 21426843-21432994(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTAA
SmilChr01G003687 Chr01 NC_080387.1:55261256-55261267promoter 内 438-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 55264819-55264902(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTGCACGCCAAA
SmilChr03G002389 Chr03 NC_080389.1:37820305-37820316promoter 内 213-224 bp + 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 37824093-37830882(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCCAAG
SmilChr04G000616 Chr04 NC_080390.1:6960023-6960034promoter 内 3980-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 6960044-6962334(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCCAAG
SmilChr01G005338 Chr01 NC_080387.1:70617740-70617751promoter 内 3940-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 70613875-70617690(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCCT
SmilChr08G001684 Chr08 NC_080394.1:14073146-14073157promoter 内 3770-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14073377-14084832(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGACACGCCAAT
SmilChr08G000593 Chr08 NC_080394.1:4414632-4414643promoter 内 3768-3779 bp + 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 4414865-4416664(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
SmilChr07G000947 Chr07 NC_080393.1:6781350-6781361promoter 内 3692-3703 bp - 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 6774247-6781052(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTACACGCCAAC
SmilChr07G000948 Chr07 NC_080393.1:6781350-6781361promoter 内 3671-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 6781680-6791167(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTAA
SmilChr07G002139 Chr07 NC_080393.1:19533963-19533974promoter 内 3669-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 19526904-19533642(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGCCA
SmilChr01G001238 Chr01 NC_080387.1:24792070-24792081promoter 内 3628-3639 bp + 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 24792443-24794315(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCCAAT
SmilChr05G000368 Chr05 NC_080391.1:2736999-2737010promoter 内 3627-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2737373-2739173(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAGCACGCCAAG
SmilChr08G002195 Chr08 NC_080394.1:19835763-19835774promoter 内 3587-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 19836177-19841497(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGCAA
SmilChr03G000316 Chr03 NC_080389.1:3597965-3597976promoter 内 3497-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3594451-3597472(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCGT
SmilChr04G000615 Chr04 NC_080390.1:6960023-6960034promoter 内 3419-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 6940080-6959452(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGTTT
SmilChr02G002841 Chr02 NC_080388.1:48540190-48540201promoter 内 3409-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48537649-48539609(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCAC
SmilChr04G003607 Chr04 NC_080390.1:52546178-52546189promoter 内 3400-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52546779-52550752(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGTTC
SmilChr05G003190 Chr05 NC_080391.1:40818177-40818188promoter 内 3399-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 40818779-40819996(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
SmilChr04G001557 Chr04 NC_080390.1:25773352-25773363promoter 内 3365-3376 bp + 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 25769628-25772727(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGCTC
SmilChr02G000558 Chr02 NC_080388.1:7863179-7863190promoter 内 3285-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 7863895-7865043(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
SmilChr01G000668 Chr01 NC_080387.1:14821008-14821019promoter 内 3269-3280 bp + 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14821740-14822909(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
SmilChr03G000191 Chr03 NC_080389.1:2122823-2122834promoter 内 3267-3278 bp + 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2123557-2124753(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
SmilChr05G002953 Chr05 NC_080391.1:35682609-35682620promoter 内 3249-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 35680942-35681868(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTGCACGCCAAA
SmilChr05G003909 Chr05 NC_080391.1:52815139-52815150promoter 内 3214-3225 bp - 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52815926-52820891(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGCCA
SmilChr02G003761 Chr02 NC_080388.1:59289073-59289084promoter 内 3205-3216 bp + 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59289869-59293995(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTACACGCCAAG
SmilChr04G003096 Chr04 NC_080390.1:47573856-47573867promoter 内 3195-3206 bp + 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 47574662-47576809(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
SmilChr03G001180 Chr03 NC_080389.1:13552009-13552020promoter 内 3187-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 13549924-13551206(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
SmilChr01G004346 Chr01 NC_080387.1:61616515-61616526promoter 内 3124-3135 bp + 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 61613125-61615649(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGCTT
SmilChr03G001057 Chr03 NC_080389.1:12282532-12282543promoter 内 3107-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 12283426-12284432(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
SmilChr03G001059 Chr03 NC_080389.1:12288255-12288266promoter 内 3107-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 12289149-12290155(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
SmilChr07G003111 Chr07 NC_080393.1:32972663-32972674promoter 内 3102-3113 bp + 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 32973562-32974650(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
SmilChr01G003226 Chr01 NC_080387.1:51034291-51034302promoter 内 3089-3100 bp + 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 51030576-51033390(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGCCA
SmilChr08G001895 Chr08 NC_080394.1:16420461-16420472promoter 内 3067-3078 bp - 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 16421395-16423291(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGTTC
SmilChr03G003594 Chr03 NC_080389.1:54579086-54579097promoter 内 3063-3074 bp - 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 54577139-54578159(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAA
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