转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 43 / 134 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001241 Chr01 NC_080387.1:24826073-24826085promoter 内 3474-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 24816330-24825558(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCGAAAGTCAACT
SmilChr01G000241 Chr01 NC_080387.1:4497327-4497339promoter 内 3432-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 4497896-4500637(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAGAAGTCAAAG
SmilChr02G002151 Chr02 NC_080388.1:38725106-38725118promoter 内 2581-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 38726526-38737738(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTTCGA
SmilChr02G001084 Chr02 NC_080388.1:19422880-19422892promoter 内 2562-2574 bp - 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 19417826-19421453(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTCTCT
SmilChr01G004299 Chr01 NC_080387.1:61176140-61176152promoter 内 2333-2345 bp - 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 61172693-61174484(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTCGC
SmilChr02G002535 Chr02 NC_080388.1:44076562-44076574promoter 内 1961-1973 bp + 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 44073279-44074534(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAGAAGTCAAAG
SmilChr03G000881 Chr03 NC_080389.1:10010150-10010162promoter 内 1721-1733 bp - 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 10003354-10007882(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATTGACTTTTTA
SmilChr01G002032 Chr01 NC_080387.1:35932926-35932938promoter 内 1565-1577 bp + 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 35927524-35930502(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAGAAGTCAAAG
SmilChr01G002044 Chr01 NC_080387.1:36175432-36175444promoter 内 1550-1562 bp - 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 36177883-36180840(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAGAAGTCAAAG
SmilChr01G002471 Chr01 NC_080387.1:42431371-42431383promoter 内 532-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 42434840-42434946(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTCTCT
SmilChr02G004337 Chr02 NC_080388.1:65618376-65618388promoter 内 3722-3734 bp - 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 65618655-65619728(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CAGAAAGTCAAAT
SmilChr01G003291 Chr01 NC_080387.1:51607631-51607643promoter 内 3691-3703 bp - 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 51604540-51607333(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTCTCT
SmilChr01G003920 Chr01 NC_080387.1:57457091-57457103promoter 内 3624-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 57457468-57466415(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATTGACTTTTTA
SmilChr01G003904 Chr01 NC_080387.1:57306545-57306557promoter 内 3619-3631 bp + 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 57306927-57315539(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATTGACTTTTTA
SmilChr03G001638 Chr03 NC_080389.1:21128281-21128293promoter 内 3360-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 21128922-21131369(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAGAAGTCAAAG
SmilChr02G003078 Chr02 NC_080388.1:51712174-51712186promoter 内 3287-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 51712888-51716962(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAAAAGTCAATA
SmilChr01G004502 Chr01 NC_080387.1:63129337-63129349promoter 内 3231-3243 bp + 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 63125172-63128579(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTAGAAGTCAACG
SmilChr03G000459 Chr03 NC_080389.1:4906558-4906570promoter 内 3130-3142 bp - 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 4902541-4905699(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTTCGA
SmilChr02G004336 Chr02 NC_080388.1:65618376-65618388promoter 内 2813-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 65613795-65617200(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTCTG
SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58604415-58604427promoter 内 2240-2252 bp - 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 58606176-58610147(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TACAAAGTCAAAA
SmilChr03G000979 Chr03 NC_080389.1:11070284-11070296promoter 内 1620-1632 bp + 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 11072665-11074347(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTTCTG
SmilChr02G003858 Chr02 NC_080388.1:60375235-60375247promoter 内 1247-1259 bp + 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 60369218-60372493(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCGAAAGTCAAAT
SmilChr01G003825 Chr01 NC_080387.1:56582990-56583002promoter 内 1155-1167 bp + 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 56585836-56587390(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCTTGACTTTATT
SmilChr01G003292 Chr01 NC_080387.1:51607631-51607643promoter 内 1021-1033 bp - 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 51610611-51610717(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAGAAGTCAAAG
SmilChr01G000175 Chr01 NC_080387.1:2849184-2849196promoter 内 976-988 bp + 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 2852209-2853163(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTTCTT
SmilChr03G001689 Chr03 NC_080389.1:22359649-22359661promoter 内 753-765 bp + 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 22362897-22363003(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTCTCT
SmilChr02G002283 Chr02 NC_080388.1:40298445-40298457promoter 内 434-446 bp + 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 40302012-40303908(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCTTGACTTTATT
SmilChr02G003040 Chr02 NC_080388.1:51142697-51142709promoter 内 325-337 bp + 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 51146373-51148060(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATTGACTTTTTA
SmilChr01G004849 Chr01 NC_080387.1:66643533-66643545promoter 内 277-289 bp - 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 66636330-66639821(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTTCCA
SmilChr01G002027 Chr01 NC_080387.1:35819834-35819846promoter 内 3943-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 35819892-35822581(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TACAAAGTCAAAA
SmilChr01G002067 Chr01 NC_080387.1:36524437-36524449promoter 内 3935-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 36522430-36524383(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTTCAT
SmilChr02G001521 Chr02 NC_080388.1:28319306-28319318promoter 内 3930-3942 bp - 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 28319377-28325595(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGAAAAGTCAAGT
SmilChr03G000639 Chr03 NC_080389.1:7036034-7036046promoter 内 3924-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 7032952-7035969(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTCAC
SmilChr03G000186 Chr03 NC_080389.1:2024037-2024049promoter 内 3907-3919 bp + 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2024131-2041390(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTCAC
SmilChr03G001481 Chr03 NC_080389.1:17862818-17862830promoter 内 3892-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 17859817-17862721(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTCAC
SmilChr01G002048 Chr01 NC_080387.1:36292697-36292709promoter 内 3890-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 36289954-36292598(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TACAAAGTCAAAA
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