转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 45 / 136 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000930 Chr03 NC_080389.1:10617911-10617921promoter 内 1391-1401 bp - 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 10620521-10654750(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGTGCG
SmilChr03G003640 Chr03 NC_080389.1:55075700-55075710promoter 内 1281-1291 bp + 2710 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55078420-55079692(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCTCAGCGGT
SmilChr07G001018 Chr07 NC_080393.1:7406200-7406210promoter 内 1275-1285 bp + 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 7402622-7403484(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGGGG
SmilChr06G002669 Chr06 NC_080392.1:38598758-38598768promoter 内 1192-1202 bp - 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 38601567-38602491(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGACGG
SmilChr07G003916 Chr07 NC_080393.1:49431863-49431873promoter 内 1099-1109 bp + 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 49423566-49428971(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGTGCG
SmilChr04G003233 Chr04 NC_080390.1:49155881-49155891promoter 内 1017-1027 bp - 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 49151594-49152907(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCACAGCGCG
SmilChr03G003549 Chr03 NC_080389.1:54122316-54122326promoter 内 936-946 bp - 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 54115533-54119261(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCACAGCGCG
SmilChr05G002034 Chr05 NC_080391.1:21161292-21161302promoter 内 917-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 21164376-21166848(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCACAGCGCG
SmilChr05G003318 Chr05 NC_080391.1:43471456-43471466promoter 内 907-917 bp + 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 43464104-43468372(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGGT
SmilChr07G000004 Chr07 NC_080393.1:2953-2963promoter 内 893-903 bp + 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 6061-6782(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCTCAGCGGT
SmilChr07G004561 Chr07 NC_080393.1:58436513-58436523promoter 内 849-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 58432868-58433371(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCTCAGCGGT
SmilChr04G002262 Chr04 NC_080390.1:36590948-36590958promoter 内 835-845 bp - 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 36583385-36587792(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCACAGCGCG
SmilChr05G002291 Chr05 NC_080391.1:24750099-24750109promoter 内 743-753 bp + 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 24753357-24754151(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCACAGCGCG
SmilChr02G001313 Chr02 NC_080388.1:24356826-24356836promoter 内 642-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 24351347-24353477(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCACAGCGCG
SmilChr03G000465 Chr03 NC_080389.1:4977008-4977018promoter 内 532-542 bp + 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4970292-4973549(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGGGG
SmilChr01G002538 Chr01 NC_080387.1:43445411-43445421promoter 内 332-342 bp - 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 43439739-43441752(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCACAGCGCG
SmilChr07G004055 Chr07 NC_080393.1:51863604-51863614promoter 内 329-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 51857466-51859942(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGGT
SmilChr01G003912 Chr01 NC_080387.1:57384520-57384530promoter 内 262-272 bp - 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 57388259-57389337(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGGA
SmilChr04G002507 Chr04 NC_080390.1:40055700-40055710promoter 内 237-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 40059464-40064097(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGTGCG
SmilChr03G002474 Chr03 NC_080389.1:39204648-39204658promoter 内 229-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 39195515-39200886(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCACAGCGCG
SmilChr01G002205 Chr01 NC_080387.1:38370524-38370534promoter 内 171-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 38374354-38376882(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGGA
SmilChr08G001253 Chr08 NC_080394.1:9937075-9937085promoter 内 109-119 bp + 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 9940967-9942454(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGTCAGCGCG
SmilChr04G000611 Chr04 NC_080390.1:6903205-6903215promoter 内 79-89 bp + 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 6897804-6899293(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGACGG
SmilChr05G002723 Chr05 NC_080391.1:31323770-31323780promoter 内 11-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 31327760-31329105(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCACAGCGCG
SmilChr08G002760 Chr08 NC_080394.1:27234969-27234979promoter 内 3876-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 27235094-27240754(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGT
SmilChr08G003195 Chr08 NC_080394.1:32763527-32763537promoter 内 3666-3676 bp - 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 32758852-32763202(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGGA
SmilChr04G003212 Chr04 NC_080390.1:48956838-48956848promoter 内 3164-3174 bp - 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 48953395-48956011(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCTCAGCGTC
SmilChr07G001604 Chr07 NC_080393.1:13393618-13393628promoter 内 3141-3151 bp + 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 13392679-13392768(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGT
SmilChr04G000883 Chr04 NC_080390.1:11264733-11264743promoter 内 2809-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 11265925-11267310(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGT
SmilChr02G003040 Chr02 NC_080388.1:51144671-51144681promoter 内 2299-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 51146373-51148060(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGTC
SmilChr08G001719 Chr08 NC_080394.1:14429809-14429819promoter 内 2013-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 14426989-14427831(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGGT
SmilChr03G002640 Chr03 NC_080389.1:41974136-41974146promoter 内 1775-1785 bp - 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 41969327-41971920(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGGA
SmilChr01G001592 Chr01 NC_080387.1:29995809-29995819promoter 内 1006-1016 bp + 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 29998804-30004658(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGGA
SmilChr05G003343 Chr05 NC_080391.1:43982394-43982404promoter 内 934-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 43985461-43987031(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGTC
SmilChr04G001535 Chr04 NC_080390.1:25277416-25277426promoter 内 618-628 bp - 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 25280799-25282615(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGTC
SmilChr07G002024 Chr07 NC_080393.1:18205861-18205871promoter 内 49-59 bp - 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 18198109-18201919(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGGA
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