转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 47 / 135 下载 TSV

上一页 47 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004410 Chr02 NC_080388.1:66429254-66429268promoter 内 3483-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 66420343-66428750(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAAATATTATCCTC
SmilChr01G004296 Chr01 NC_080387.1:61153025-61153039promoter 内 3468-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 61153558-61157057(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTAGATAAGGGGAAG
SmilChr03G001869 Chr03 NC_080389.1:25902318-25902332promoter 内 3468-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 25901693-25901799(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCATT
SmilChr01G005669 Chr01 NC_080387.1:72982654-72982668promoter 内 3444-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72981162-72982111(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGTAAAT
SmilChr01G001198 Chr01 NC_080387.1:24130205-24130219promoter 内 3425-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 24128820-24129643(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGATTTGC
SmilChr02G000652 Chr02 NC_080388.1:9870054-9870068promoter 内 3404-3418 bp + 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 9870651-9875685(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCATT
SmilChr01G006053 Chr01 NC_080387.1:76019815-76019829promoter 内 3363-3377 bp + 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 76018001-76019191(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATATTATT
SmilChr01G005107 Chr01 NC_080387.1:68858161-68858175promoter 内 3309-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 68855458-68857483(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCAGATAAGGATTCA
SmilChr02G003815 Chr02 NC_080388.1:59767370-59767384promoter 内 3283-3297 bp + 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 59763498-59766666(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGATTACT
SmilChr03G001523 Chr03 NC_080389.1:18674358-18674372promoter 内 3261-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 18670912-18673632(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGAATATT
SmilChr01G004431 Chr01 NC_080387.1:62418086-62418100promoter 内 3200-3214 bp - 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62415542-62417299(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAAACATTATCCTC
SmilChr01G002273 Chr01 NC_080387.1:39498696-39498710promoter 内 3157-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 39499540-39499646(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCATT
SmilChr01G002757 Chr01 NC_080387.1:45910879-45910893promoter 内 3157-3171 bp - 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 45909943-45910049(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCATT
SmilChr01G001759 Chr01 NC_080387.1:32296463-32296477promoter 内 3145-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 32297319-32298592(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACGTAAGT
SmilChr02G000532 Chr02 NC_080388.1:7316469-7316483promoter 内 3145-3159 bp + 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7317325-7317431(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCATT
SmilChr02G002696 Chr02 NC_080388.1:46731999-46732013promoter 内 3145-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 46731051-46731157(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCATT
SmilChr02G003739 Chr02 NC_080388.1:59049714-59049728promoter 内 3145-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 59048766-59048872(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCATT
SmilChr02G001038 Chr02 NC_080388.1:18475978-18475992promoter 内 3139-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 18475024-18475130(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCATT
SmilChr02G005142 Chr02 NC_080388.1:72833238-72833252promoter 内 3039-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72830020-72832290(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGCACCTTATCCCA
SmilChr01G000911 Chr01 NC_080387.1:19231905-19231919promoter 内 3000-3014 bp + 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 19229491-19230918(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGCTAGTA
SmilChr03G002032 Chr03 NC_080389.1:30464493-30464507promoter 内 2752-2766 bp - 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 30459959-30463258(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTCTCTTATCCAC
SmilChr02G002556 Chr02 NC_080388.1:44467359-44467373promoter 内 2722-2736 bp + 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 44464058-44466094(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGAGAAG
SmilChr03G001978 Chr03 NC_080389.1:28645846-28645860promoter 内 2615-2629 bp - 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 28643740-28644474(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGATCCTTATCCAG
SmilChr01G000656 Chr01 NC_080387.1:14620820-14620834promoter 内 2578-2592 bp - 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 14614324-14619411(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGATCCTTATCCAG
SmilChr01G003687 Chr01 NC_080387.1:55263333-55263347promoter 内 2515-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55264819-55264902(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTACACCTTATCTCA
SmilChr01G006054 Chr01 NC_080387.1:76019815-76019829promoter 内 2465-2479 bp + 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 76021351-76024909(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATAATATTATCCTC
SmilChr02G002066 Chr02 NC_080388.1:37213009-37213023promoter 内 2442-2456 bp + 1545 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 37214568-37216041(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTGCCTTATCTTC
SmilChr01G002312 Chr01 NC_080387.1:40112743-40112757promoter 内 2403-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40109167-40111159(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGACTTTA
SmilChr03G001984 Chr03 NC_080389.1:28991461-28991475promoter 内 2329-2343 bp - 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 28993133-28994051(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGGAGCGG
SmilChr03G000626 Chr03 NC_080389.1:6946257-6946271promoter 内 2291-2305 bp - 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 6936230-6944561(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGAACCTTATCAAA
SmilChr03G001026 Chr03 NC_080389.1:11980001-11980015promoter 内 2249-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 11975015-11978263(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTCTCCTTATCATC
SmilChr03G002695 Chr03 NC_080389.1:42939993-42940007promoter 内 2238-2252 bp - 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 42936360-42938244(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGTACCTTATCCGA
SmilChr02G005175 Chr02 NC_080388.1:73047961-73047975promoter 内 2095-2109 bp + 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 73049867-73053673(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCATTCCTTATCTTA
SmilChr01G001758 Chr01 NC_080387.1:32296463-32296477promoter 内 2081-2095 bp - 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 32292214-32294557(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTTACGTTATCCTA
SmilChr01G003688 Chr01 NC_080387.1:55263333-55263347promoter 内 2072-2086 bp + 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55265262-55267069(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTACACCTTATCTCA
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SmilChr01G003748 Chr01 NC_080387.1:55800537-55800551promoter 内 2009-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55802529-55803993(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGCACCTTATCTAA
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SmilChr01G003792 Chr01 NC_080387.1:56321800-56321814promoter 内 1225-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56324576-56332760(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGATTTGC
SmilChr01G003529 Chr01 NC_080387.1:53919620-53919634promoter 内 1206-1220 bp + 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 53922415-53926705(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATAATATTATCCTC
SmilChr03G001470 Chr03 NC_080389.1:17559166-17559180promoter 内 1116-1130 bp - 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 17553895-17556295(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCTACCTTATCTGC
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SmilChr01G001656 Chr01 NC_080387.1:30617004-30617018promoter 内 953-967 bp - 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 30609923-30613970(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATATTCTTATCCCT