转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 54 / 144 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000821 Chr01 NC_080387.1:17719178-17719190promoter 内 1213-1225 bp - 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17721966-17722389(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTCTTTGACTTTT
SmilChr03G003293 Chr03 NC_080389.1:51038654-51038666promoter 内 1210-1222 bp + 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51041445-51043056(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAG
SmilChr04G001438 Chr04 NC_080390.1:23457451-23457463promoter 内 1181-1193 bp - 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23460271-23461244(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAGTTGACTTAG
SmilChr02G002991 Chr02 NC_080388.1:50580391-50580403promoter 内 1152-1164 bp + 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50574042-50577554(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCCGTTGACTCGT
SmilChr02G001358 Chr02 NC_080388.1:25406331-25406343promoter 内 1127-1139 bp + 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 25400788-25403469(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATAGTTGACTATG
SmilChr03G001530 Chr03 NC_080389.1:19115714-19115726promoter 内 1040-1052 bp + 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19111906-19112765(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAGTTGACTTAG
SmilChr04G001437 Chr04 NC_080390.1:23457451-23457463promoter 内 1035-1047 bp - 2954 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23450394-23454497(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTAAGTCAACTTC
SmilChr01G003292 Chr01 NC_080387.1:51607633-51607645promoter 内 1023-1035 bp + 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51610611-51610717(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGAAGTCAAAGCC
SmilChr03G000663 Chr03 NC_080389.1:7433990-7434002promoter 内 993-1005 bp - 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7436998-7438713(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCTGTTGACTTCC
SmilChr03G000187 Chr03 NC_080389.1:2022404-2022416promoter 内 959-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2025446-2028158(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAGTTGACTTAG
SmilChr04G001687 Chr04 NC_080390.1:27895974-27895986promoter 内 794-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27899181-27902134(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAG
SmilChr04G003140 Chr04 NC_080390.1:47981556-47981568promoter 内 759-771 bp - 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47984798-47985687(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATGGTTGACTTGG
SmilChr01G000974 Chr01 NC_080387.1:20604083-20604095promoter 内 755-767 bp - 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 20596198-20600849(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAG
SmilChr01G002041 Chr01 NC_080387.1:36089389-36089401promoter 内 716-728 bp - 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 36082558-36086116(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAG
SmilChr02G001677 Chr02 NC_080388.1:31008493-31008505promoter 内 680-692 bp + 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31003685-31005184(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCTGTTGACTTCC
SmilChr04G000921 Chr04 NC_080390.1:12015971-12015983promoter 内 669-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12009710-12012651(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAG
SmilChr04G000652 Chr04 NC_080390.1:7368702-7368714promoter 内 583-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7363294-7365296(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGAAGTCAACTAC
SmilChr01G006072 Chr01 NC_080387.1:76162160-76162172promoter 内 538-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 76157690-76158709(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAG
SmilChr01G002471 Chr01 NC_080387.1:42431369-42431381promoter 内 530-542 bp - 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 42434840-42434946(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGCTTTGACTTCT
SmilChr04G000793 Chr04 NC_080390.1:9796511-9796523promoter 内 409-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9800103-9803925(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTGAGTCAACGGA
SmilChr02G003311 Chr02 NC_080388.1:54356844-54356856promoter 内 395-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54360450-54361312(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAG
SmilChr02G002914 Chr02 NC_080388.1:49446289-49446301promoter 内 386-398 bp + 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49449904-49450771(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAG
SmilChr01G001893 Chr01 NC_080387.1:34046708-34046720promoter 内 374-386 bp + 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 34050335-34051200(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAG
SmilChr02G000067 Chr02 NC_080388.1:873475-873487promoter 内 290-302 bp - 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 866558-869776(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAGTT
SmilChr02G000155 Chr02 NC_080388.1:2015179-2015191promoter 内 278-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2018902-2021942(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAGTT
SmilChr01G004000 Chr01 NC_080387.1:58409891-58409903promoter 内 101-113 bp - 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 58404496-58406003(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGAGGTCAACGTA
SmilChr01G000083 Chr01 NC_080387.1:1573285-1573297promoter 内 67-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1577219-1585906(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAG
SmilChr03G000380 Chr03 NC_080389.1:4251758-4251770promoter 内 67-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4255692-4259229(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACCAT
SmilChr02G001121 Chr02 NC_080388.1:20212860-20212872promoter 内 29-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 20206755-20208900(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGCTTTGACTTCT
SmilChr02G002333 Chr02 NC_080388.1:41024600-41024612promoter 内 11-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 41028590-41030905(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACTGA
SmilChr03G000089 Chr03 NC_080389.1:1012457-1012469promoter 内 2677-2689 bp - 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 5 1013781-1017093(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCAGTTGACTTAA
SmilChr03G000411 Chr03 NC_080389.1:4442348-4442360promoter 内 3727-3739 bp - 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 4441547-4442086(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACTGC
SmilChr01G002383 Chr01 NC_080387.1:41053111-41053123promoter 内 3554-3566 bp - 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 41053558-41055142(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTCTTTGACTTTT
SmilChr03G000343 Chr03 NC_080389.1:3885914-3885926promoter 内 3539-3551 bp - 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 3883590-3885464(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACTGC
SmilChr01G001157 Chr01 NC_080387.1:23520584-23520596promoter 内 3259-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 23515547-23519854(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGTGTTGACTCTT
SmilChr03G000410 Chr03 NC_080389.1:4442348-4442360promoter 内 3011-3023 bp - 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 4440018-4441370(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACTGC
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SmilChr03G000344 Chr03 NC_080389.1:3885914-3885926promoter 内 415-427 bp - 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 3889500-3892927(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCAGTTGACTTAA
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SmilChr01G003674 Chr01 NC_080387.1:55175545-55175557promoter 内 3292-3304 bp - 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 55172598-55174848(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAA
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SmilChr03G003824 Chr03 NC_080389.1:57330850-57330862promoter 内 3157-3169 bp + 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 57326595-57330018(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGCGTTGACTGAA
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SmilChr01G002690 Chr01 NC_080387.1:45145469-45145481promoter 内 2785-2797 bp - 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 45141055-45144265(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTAAGTCAACAGT