转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005238; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002845-RA_Salv SmilChr02G005238 SBP XP_057792594.1 MP00634 TTGTACGGAC

可能结合的靶基因

7771 个结合位点 6619 个候选靶基因 第 54 / 133 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003780 Chr05 NC_080391.1:51128066-51128075promoter 内 773-782 bp + 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 51131294-51134370(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr08G004500 Chr08 NC_080394.1:54623156-54623165promoter 内 763-772 bp - 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 54619052-54619927(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTGTACGGGA
SmilChr03G002729 Chr03 NC_080389.1:43356011-43356020promoter 内 760-769 bp - 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43351839-43352779(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr04G002265 Chr04 NC_080390.1:36633707-36633716promoter 内 733-742 bp - 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 36636975-36642906(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACTA
SmilChr05G003481 Chr05 NC_080391.1:46202859-46202868promoter 内 717-726 bp + 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46206143-46208911(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TAGTACGGAC
SmilChr02G000968 Chr02 NC_080388.1:16920959-16920968promoter 内 707-716 bp - 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 16910989-16917674(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTGTACGGGA
SmilChr02G000533 Chr02 NC_080388.1:7361790-7361799promoter 内 652-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7365139-7366519(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr02G001003 Chr02 NC_080388.1:17702892-17702901promoter 内 620-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 17698591-17699520(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr04G002302 Chr04 NC_080390.1:37267591-37267600promoter 内 615-624 bp - 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 37261224-37264214(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr04G000395 Chr04 NC_080390.1:4089875-4089884promoter 内 607-616 bp - 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4076214-4086490(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr03G001528 Chr03 NC_080389.1:19046357-19046366promoter 内 591-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 19040345-19042956(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr03G001622 Chr03 NC_080389.1:20797085-20797094promoter 内 560-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 20789933-20793653(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr03G001071 Chr03 NC_080389.1:12420187-12420196promoter 内 556-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12423632-12425057(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr08G002411 Chr08 NC_080394.1:22905560-22905569promoter 内 529-538 bp - 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 22900980-22902097(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TAGTACGGAC
SmilChr07G001791 Chr07 NC_080393.1:15266137-15266146promoter 内 497-506 bp + 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 15255648-15262642(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TCCCGTACAC
SmilChr04G002950 Chr04 NC_080390.1:45840487-45840496promoter 内 463-472 bp - 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 45833586-45836958(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTGTACGGGA
SmilChr03G000949 Chr03 NC_080389.1:10751149-10751158promoter 内 450-459 bp + 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 10754700-10755910(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr07G003043 Chr07 NC_080393.1:31552901-31552910promoter 内 447-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 31544367-31549356(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TCCCGTACAC
SmilChr05G003585 Chr05 NC_080391.1:47884331-47884340promoter 内 444-453 bp + 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47878145-47880783(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GACCGTACAT
SmilChr02G002837 Chr02 NC_080388.1:48508544-48508553promoter 内 436-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48503933-48504988(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TCCCGTACAC
SmilChr03G002460 Chr03 NC_080389.1:38958589-38958598promoter 内 422-431 bp - 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38962168-38977155(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GACCGTACAT
SmilChr04G003993 Chr04 NC_080390.1:55318987-55318996promoter 内 420-429 bp - 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55322568-55324194(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TCCCGTACAC
SmilChr01G000389 Chr01 NC_080387.1:8014585-8014594promoter 内 378-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8008665-8010971(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GACCGTACAT
SmilChr02G000200 Chr02 NC_080388.1:2584141-2584150promoter 内 329-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2578649-2580478(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr05G003101 Chr05 NC_080391.1:39417983-39417992promoter 内 307-316 bp - 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 39421677-39422706(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GACCGTACAT
SmilChr03G002364 Chr03 NC_080389.1:37279545-37279554promoter 内 201-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 37274302-37275754(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr03G003060 Chr03 NC_080389.1:47535766-47535775promoter 内 169-178 bp - 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47539598-47543187(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GACCGTACAT
SmilChr04G000679 Chr04 NC_080390.1:7822062-7822071promoter 内 35-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7826028-7828699(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTC
SmilChr02G000766 Chr02 NC_080388.1:12550415-12550424promoter 内 2449-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 12545363-12548872(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CCCCGTACAG
SmilChr08G000033 Chr08 NC_080394.1:236138-236147promoter 内 3361-3370 bp - 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 236778-240106(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CCCCGTACAG
SmilChr08G002366 Chr08 NC_080394.1:22493290-22493299promoter 内 3192-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 22473901-22492490(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr08G002367 Chr08 NC_080394.1:22496251-22496260promoter 内 3192-3201 bp - 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 22494592-22495451(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr07G002148 Chr07 NC_080393.1:19661625-19661634promoter 内 3015-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 19662611-19664060(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr06G002655 Chr06 NC_080392.1:38372065-38372074promoter 内 2926-2935 bp - 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 38373140-38376876(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr06G002625 Chr06 NC_080392.1:37813513-37813522promoter 内 2718-2727 bp - 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 37814796-37818456(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr05G000451 Chr05 NC_080391.1:3427236-3427245promoter 内 2603-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 3428634-3434449(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
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