靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00008984-RA_Salv |
SmilChr07G003597 |
Nin-like | XP_057773587.1 |
MP00449 |
ATTTGGCTTTTCGGA |
9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 55 / 162 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G000782 |
Chr02 | NC_080388.1:12839260-12839274promoter 内 3325-3339 bp |
+ | 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 12839936-12842759(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr08G003232 |
Chr08 | NC_080394.1:33237949-33237963promoter 内 3213-3227 bp |
- | 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 33233775-33237175(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr07G001258 |
Chr07 | NC_080393.1:9695170-9695184promoter 内 3114-3128 bp |
- | 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 9692028-9694297(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
ATTTGGCCGTTGAGA |
SmilChr03G002027 |
Chr03 | NC_080389.1:30398328-30398342promoter 内 3039-3053 bp |
+ | 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 30399290-30401540(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr06G000859 |
Chr06 | NC_080392.1:8121534-8121548promoter 内 3026-3040 bp |
+ | 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 8122509-8123948(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr02G001492 |
Chr02 | NC_080388.1:27878787-27878801promoter 内 2881-2895 bp |
+ | 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 27879907-27881863(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr05G003491 |
Chr05 | NC_080391.1:46424814-46424828promoter 内 2813-2827 bp |
+ | 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 46421484-46423640(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
AGCCAAAAGCCATGC |
SmilChr06G001805 |
Chr06 | NC_080392.1:21233202-21233216promoter 内 2336-2350 bp |
+ | 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 21228644-21231551(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
ACAGAAAAGCCAAAA |
SmilChr06G001525 |
Chr06 | NC_080392.1:16438750-16438764promoter 内 2234-2248 bp |
- | 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 16435999-16436997(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr06G001478 |
Chr06 | NC_080392.1:15737352-15737366promoter 内 2089-2103 bp |
+ | 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 15739264-15743082(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
ACTTGGCTTCTCAGC |
SmilChr04G002549 |
Chr04 | NC_080390.1:40767874-40767888promoter 内 2009-2023 bp |
+ | 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 40769866-40774424(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
AGATGGCTTTTGATC |
SmilChr06G001474 |
Chr06 | NC_080392.1:15651510-15651524promoter 内 1971-1985 bp |
- | 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 15645269-15649494(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
TTGTGTCTTTTCGAT |
SmilChr04G002547 |
Chr04 | NC_080390.1:40767874-40767888promoter 内 1915-1929 bp |
+ | 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 40765730-40765802(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
GATCAAAAGCCATCT |
SmilChr02G003318 |
Chr02 | NC_080388.1:54456603-54456617promoter 内 1798-1812 bp |
- | 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 54453435-54454414(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CGTTGGCTTTTGAAT |
SmilChr06G001213 |
Chr06 | NC_080392.1:12433586-12433600promoter 内 1670-1684 bp |
+ | 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 12428016-12431269(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
ACCCAGAAGCCAAAG |
SmilChr01G001153 |
Chr01 | NC_080387.1:23491319-23491333promoter 内 1664-1678 bp |
- | 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 23483744-23488996(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr02G001638 |
Chr02 | NC_080388.1:30383780-30383794promoter 内 1603-1617 bp |
- | 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 30379580-30381396(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr04G001562 |
Chr04 | NC_080390.1:25931743-25931757promoter 内 1413-1427 bp |
+ | 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 25928367-25929169(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
ACCCAGAAGCCAAAG |
SmilChr06G000585 |
Chr06 | NC_080392.1:5031099-5031113promoter 内 1330-1344 bp |
- | 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 5026361-5028442(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
TTGTGGCTTTTGATT |
SmilChr04G000622 |
Chr04 | NC_080390.1:7074968-7074982promoter 内 1018-1032 bp |
- | 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 7070855-7071999(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr01G000957 |
Chr01 | NC_080387.1:20233215-20233229promoter 内 1005-1019 bp |
- | 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 20229260-20230233(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
ACGTGGCTTTTGATT |
SmilChr02G001823 |
Chr02 | NC_080388.1:33164131-33164145promoter 内 955-969 bp |
- | 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 33158274-33161099(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr06G001401 |
Chr06 | NC_080392.1:14659657-14659671promoter 内 942-956 bp |
- | 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 14662716-14664472(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTCAAAAAGCCACCA |
SmilChr03G000412 |
Chr03 | NC_080389.1:4447826-4447840promoter 内 862-876 bp |
+ | 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 4450965-4453127(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr05G002302 |
Chr05 | NC_080391.1:24879174-24879188promoter 内 807-821 bp |
- | 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 24871215-24875994(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
GTTTGGCTTTTTAGG |
SmilChr03G001872 |
Chr03 | NC_080389.1:25930589-25930603promoter 内 784-798 bp |
- | 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 25933806-25940905(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
ACCCAGAAGCCAAAG |
SmilChr05G003470 |
Chr05 | NC_080391.1:46098248-46098262promoter 内 669-683 bp |
- | 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 46094185-46094930(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
SmilChr06G001475 |
Chr06 | NC_080392.1:15651510-15651524promoter 内 657-671 bp |
- | 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 15654854-15656528(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
ATCGAAAAGACACAA |
SmilChr05G003408 |
Chr05 | NC_080391.1:45196068-45196082promoter 内 623-637 bp |
- | 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 45199446-45202448(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
ACCCAGAAGCCAAAG |
SmilChr01G006195 |
Chr01 | NC_080387.1:77567781-77567795promoter 内 365-379 bp |
+ | 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 77555537-77564159(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
ACCCAGAAGCCAAAG |
SmilChr05G003693 |
Chr05 | NC_080391.1:50048649-50048663promoter 内 293-307 bp |
- | 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 50052357-50055013(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
TTCAAAAAGCCAATT |
SmilChr04G000558 |
Chr04 | NC_080390.1:6225366-6225380promoter 内 251-265 bp |
- | 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 6229116-6230341(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
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Chr04 | NC_080390.1:30148705-30148719promoter 内 245-259 bp |
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SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
ACCCAGAAGCCAAAG |
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Chr08 | NC_080394.1:49208978-49208992promoter 内 135-149 bp |
- | 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 2 | 49202781-49205126(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CTTTGGCTTCTGGGT |
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CTTTGGCTTCTGGGT |
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+ | 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 1 | 55416844-55418325(+) |
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MP00449 |
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+ | 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 1 | 22473901-22492490(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
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SMil_00008984-RA_Salv |
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+ | 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 1 | 3195085-3196928(-) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
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SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
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+ | 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 1 | 46249458-46250993(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
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SmilChr01G002779 |
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+ | 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 1 | 46253706-46255241(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
CGGCGGCTTTTCGCC |
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- | 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 1 | 23010407-23012554(+) |
SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
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SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
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SMil_00008984-RA_Salv |
MP00449 |
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+ | 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 1 | 5005532-5006849(+) |
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+ | 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.1/ 100 | 1 | 4724393-4725243(-) |
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