转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 55 / 162 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000782 Chr02 NC_080388.1:12839260-12839274promoter 内 3325-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 12839936-12842759(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr08G003232 Chr08 NC_080394.1:33237949-33237963promoter 内 3213-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 33233775-33237175(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr07G001258 Chr07 NC_080393.1:9695170-9695184promoter 内 3114-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 9692028-9694297(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCGTTGAGA
SmilChr03G002027 Chr03 NC_080389.1:30398328-30398342promoter 内 3039-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 30399290-30401540(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr06G000859 Chr06 NC_080392.1:8121534-8121548promoter 内 3026-3040 bp + 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 8122509-8123948(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr02G001492 Chr02 NC_080388.1:27878787-27878801promoter 内 2881-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 27879907-27881863(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr05G003491 Chr05 NC_080391.1:46424814-46424828promoter 内 2813-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 46421484-46423640(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGCCAAAAGCCATGC
SmilChr06G001805 Chr06 NC_080392.1:21233202-21233216promoter 内 2336-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 21228644-21231551(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACAGAAAAGCCAAAA
SmilChr06G001525 Chr06 NC_080392.1:16438750-16438764promoter 内 2234-2248 bp - 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 16435999-16436997(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr06G001478 Chr06 NC_080392.1:15737352-15737366promoter 内 2089-2103 bp + 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 15739264-15743082(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACTTGGCTTCTCAGC
SmilChr04G002549 Chr04 NC_080390.1:40767874-40767888promoter 内 2009-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 40769866-40774424(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGATGGCTTTTGATC
SmilChr06G001474 Chr06 NC_080392.1:15651510-15651524promoter 内 1971-1985 bp - 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 15645269-15649494(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGTCTTTTCGAT
SmilChr04G002547 Chr04 NC_080390.1:40767874-40767888promoter 内 1915-1929 bp + 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 40765730-40765802(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATCAAAAGCCATCT
SmilChr02G003318 Chr02 NC_080388.1:54456603-54456617promoter 内 1798-1812 bp - 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 54453435-54454414(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGTTGGCTTTTGAAT
SmilChr06G001213 Chr06 NC_080392.1:12433586-12433600promoter 内 1670-1684 bp + 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 12428016-12431269(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAAAG
SmilChr01G001153 Chr01 NC_080387.1:23491319-23491333promoter 内 1664-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 23483744-23488996(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr02G001638 Chr02 NC_080388.1:30383780-30383794promoter 内 1603-1617 bp - 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 30379580-30381396(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr04G001562 Chr04 NC_080390.1:25931743-25931757promoter 内 1413-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 25928367-25929169(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAAAG
SmilChr06G000585 Chr06 NC_080392.1:5031099-5031113promoter 内 1330-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 5026361-5028442(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGGCTTTTGATT
SmilChr04G000622 Chr04 NC_080390.1:7074968-7074982promoter 内 1018-1032 bp - 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 7070855-7071999(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr01G000957 Chr01 NC_080387.1:20233215-20233229promoter 内 1005-1019 bp - 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 20229260-20230233(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACGTGGCTTTTGATT
SmilChr02G001823 Chr02 NC_080388.1:33164131-33164145promoter 内 955-969 bp - 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 33158274-33161099(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr06G001401 Chr06 NC_080392.1:14659657-14659671promoter 内 942-956 bp - 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 14662716-14664472(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTCAAAAAGCCACCA
SmilChr03G000412 Chr03 NC_080389.1:4447826-4447840promoter 内 862-876 bp + 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 4450965-4453127(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr05G002302 Chr05 NC_080391.1:24879174-24879188promoter 内 807-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 24871215-24875994(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTTGGCTTTTTAGG
SmilChr03G001872 Chr03 NC_080389.1:25930589-25930603promoter 内 784-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 25933806-25940905(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAAAG
SmilChr05G003470 Chr05 NC_080391.1:46098248-46098262promoter 内 669-683 bp - 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 46094185-46094930(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr06G001475 Chr06 NC_080392.1:15651510-15651524promoter 内 657-671 bp - 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 15654854-15656528(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCGAAAAGACACAA
SmilChr05G003408 Chr05 NC_080391.1:45196068-45196082promoter 内 623-637 bp - 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 45199446-45202448(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAAAG
SmilChr01G006195 Chr01 NC_080387.1:77567781-77567795promoter 内 365-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 77555537-77564159(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAAAG
SmilChr05G003693 Chr05 NC_080391.1:50048649-50048663promoter 内 293-307 bp - 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 50052357-50055013(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCAAAAAGCCAATT
SmilChr04G000558 Chr04 NC_080390.1:6225366-6225380promoter 内 251-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 6229116-6230341(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCAGAAAAGCCAAAA
SmilChr04G001849 Chr04 NC_080390.1:30148705-30148719promoter 内 245-259 bp - 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 30152461-30154423(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAAAG
SmilChr08G004058 Chr08 NC_080394.1:49208978-49208992promoter 内 135-149 bp - 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 49202781-49205126(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr07G002996 Chr07 NC_080393.1:30671273-30671287promoter 内 134-148 bp - 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 30665231-30667420(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr03G003659 Chr03 NC_080389.1:55416799-55416813promoter 内 3956-3970 bp + 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55416844-55418325(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACTGGCTTTTCGTT
SmilChr08G002366 Chr08 NC_080394.1:22492537-22492551promoter 内 3940-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22473901-22492490(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTAGAAAAGCCAAAA
SmilChr05G004177 Chr05 NC_080391.1:55697619-55697633promoter 内 3926-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55694135-55697558(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AAATGTCTTTTCGTA
SmilChr05G000423 Chr05 NC_080391.1:3197006-3197020promoter 内 3909-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3195085-3196928(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AAGGAAAAGCCAAAA
SmilChr04G003534 Chr04 NC_080390.1:51699513-51699527promoter 内 3872-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 51699642-51714902(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCGAAAAAGCCAATT
SmilChr01G000203 Chr01 NC_080387.1:3483136-3483150promoter 内 3828-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3483309-3484678(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AACTGGCTTTTGACA
SmilChr01G002778 Chr01 NC_080387.1:46249171-46249185promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46249458-46250993(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGGCGGCTTTTCGCC
SmilChr01G002779 Chr01 NC_080387.1:46253419-46253433promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46253706-46255241(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGGCGGCTTTTCGCC
SmilChr06G001907 Chr06 NC_080392.1:23010095-23010109promoter 内 3689-3703 bp - 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23010407-23012554(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTCAGGGGCCAAAT
SmilChr08G002922 Chr08 NC_080394.1:29277575-29277589promoter 内 3572-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29273875-29277160(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACAGAAAAGCCAAAA
SmilChr07G002704 Chr07 NC_080393.1:26417009-26417023promoter 内 3549-3563 bp - 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26413658-26416571(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCTGGCTTTTCAAC
SmilChr01G001164 Chr01 NC_080387.1:23639370-23639384promoter 内 3547-3561 bp - 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23637805-23638930(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTCTCAAG
SmilChr08G003577 Chr08 NC_080394.1:38497017-38497031promoter 内 3495-3509 bp + 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38497523-38500965(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr04G000468 Chr04 NC_080390.1:5005016-5005030promoter 内 3485-3499 bp + 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5005532-5006849(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTCCTC
SmilChr03G000437 Chr03 NC_080389.1:4725790-4725804promoter 内 3440-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4724393-4725243(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATCAAAAGCCAGCA