转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 57 / 138 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000489 Chr03 NC_080389.1:5241425-5241435promoter 内 1384-1394 bp - 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 5244042-5245091(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ACACGTACAAT
SmilChr01G001314 Chr01 NC_080387.1:26137400-26137410promoter 内 1282-1292 bp + 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 26133401-26134691(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTAAGTACAAT
SmilChr03G004039 Chr03 NC_080389.1:59390158-59390168promoter 内 1181-1191 bp + 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 59392978-59400855(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCTGTACGGTG
SmilChr02G004668 Chr02 NC_080388.1:69051299-69051309promoter 内 1162-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 69045149-69048470(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTGT
SmilChr01G001504 Chr01 NC_080387.1:28882483-28882493promoter 内 1126-1136 bp - 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 28876833-28879618(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGTAA
SmilChr02G001841 Chr02 NC_080388.1:33557086-33557096promoter 内 927-937 bp - 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 33560160-33563864(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr01G000131 Chr01 NC_080387.1:2206175-2206185promoter 内 902-912 bp + 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 2199994-2203086(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GAACGTACAAA
SmilChr01G000610 Chr01 NC_080387.1:13496188-13496198promoter 内 866-876 bp + 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 13489710-13493063(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr01G000932 Chr01 NC_080387.1:19758846-19758856promoter 内 842-852 bp - 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 19762005-19765392(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr01G000508 Chr01 NC_080387.1:10243954-10243964promoter 内 840-850 bp - 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 10247115-10250188(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr02G005393 Chr02 NC_080388.1:74532223-74532233promoter 内 837-847 bp + 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 74535387-74537827(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTAC
SmilChr03G000996 Chr03 NC_080389.1:11313059-11313069promoter 内 809-819 bp + 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 11308867-11309877(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr02G000737 Chr02 NC_080388.1:11952593-11952603promoter 内 787-797 bp + 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 11948946-11949389(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTAAGTACAAT
SmilChr01G001487 Chr01 NC_080387.1:28661394-28661404promoter 内 785-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 28653686-28658188(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTACGTACAAC
SmilChr02G004123 Chr02 NC_080388.1:63490570-63490580promoter 内 722-732 bp + 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 63493849-63496261(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTAC
SmilChr01G003140 Chr01 NC_080387.1:50230745-50230755promoter 内 717-727 bp - 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 50234029-50239713(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ACACGTACAAT
SmilChr01G000704 Chr01 NC_080387.1:15827942-15827952promoter 内 700-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 15823747-15824651(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr01G000301 Chr01 NC_080387.1:5913183-5913193promoter 内 693-703 bp + 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 5906524-5909885(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr02G000974 Chr02 NC_080388.1:17039833-17039843promoter 内 669-679 bp + 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 17034660-17036511(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr01G001889 Chr01 NC_080387.1:34002643-34002653promoter 内 609-619 bp + 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 33996150-33999261(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr02G000461 Chr02 NC_080388.1:6199157-6199167promoter 内 601-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 6202557-6203829(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr03G001534 Chr03 NC_080389.1:19179754-19179764promoter 内 585-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 19183170-19185531(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCCGTACATA
SmilChr03G001011 Chr03 NC_080389.1:11625245-11625255promoter 内 562-572 bp + 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 11618468-11621816(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr02G002190 Chr02 NC_080388.1:39085091-39085101promoter 内 523-533 bp + 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 39088569-39089832(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTGT
SmilChr01G000709 Chr01 NC_080387.1:15853688-15853698promoter 内 518-528 bp - 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 15857171-15857893(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr02G002585 Chr02 NC_080388.1:44957743-44957753promoter 内 496-506 bp - 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 44954177-44954248(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTAC
SmilChr02G000876 Chr02 NC_080388.1:15084888-15084898promoter 内 481-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 15080626-15081378(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTAG
SmilChr01G004606 Chr01 NC_080387.1:64032593-64032603promoter 内 426-436 bp + 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 64036168-64040572(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGAAC
SmilChr03G001966 Chr03 NC_080389.1:28242312-28242322promoter 内 297-307 bp - 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 28246016-28249148(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGA
SmilChr03G002818 Chr03 NC_080389.1:44652746-44652756promoter 内 99-109 bp + 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 44656648-44657969(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGTTC
SmilChr03G003761 Chr03 NC_080389.1:56751404-56751414promoter 内 84-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56743824-56747497(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTAG
SmilChr01G003830 Chr01 NC_080387.1:56639664-56639674promoter 内 40-50 bp - 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56631798-56635713(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTGT
SmilChr01G004701 Chr01 NC_080387.1:65125039-65125049promoter 内 2224-2234 bp + 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 65126816-65129837(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGTCC
SmilChr02G002053 Chr02 NC_080388.1:36936805-36936815promoter 内 3543-3553 bp + 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 36937263-36939768(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTGTA
SmilChr02G005124 Chr02 NC_080388.1:72710775-72710785promoter 内 3528-3538 bp + 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 72706994-72710312(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACAGTACAAT
SmilChr03G002630 Chr03 NC_080389.1:41753760-41753770promoter 内 2376-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 41755385-41756770(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTACGTACAAC
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