转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 62 / 147 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000261 Chr03 NC_080389.1:3052712-3052726promoter 内 195-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3046579-3048920(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTTCGAGTTAGGTCA
SmilChr01G005083 Chr01 NC_080387.1:68705849-68705863promoter 内 143-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 68709707-68710950(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AACAATGTTAGGTTC
SmilChr03G004060 Chr03 NC_080389.1:59544045-59544059promoter 内 80-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59547966-59550566(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTGAGATTAGGTAG
SmilChr04G000429 Chr04 NC_080390.1:4539540-4539554promoter 内 3519-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 4 4540022-4540933(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAAAGTTTGGCTC
SmilChr01G004440 Chr01 NC_080387.1:62481778-62481792promoter 内 3974-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 62479382-62481765(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAATTAATTAGGTAT
SmilChr01G005521 Chr01 NC_080387.1:72017588-72017602promoter 内 3872-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 72017717-72021112(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGCCTAACTGCAGT
SmilChr02G004391 Chr02 NC_080388.1:66257336-66257350promoter 内 3369-3383 bp + 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 66257968-66258586(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAATGATTAGGTAA
SmilChr01G004437 Chr01 NC_080387.1:62462228-62462242promoter 内 2544-2558 bp + 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 62463685-62465291(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CATGGAATTAGGTAG
SmilChr01G001354 Chr01 NC_080387.1:26808102-26808116promoter 内 2112-2126 bp + 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 26809991-26810948(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAGCGTTAGGTAC
SmilChr01G002855 Chr01 NC_080387.1:47134691-47134705promoter 内 2030-2044 bp - 1957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 47129976-47132734(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAGGTGTTAGGTGA
SmilChr01G005157 Chr01 NC_080387.1:69338229-69338243promoter 内 1713-1727 bp - 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 69340517-69346912(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATCTCGTC
SmilChr01G005736 Chr01 NC_080387.1:73486933-73486947promoter 内 1709-1723 bp - 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 73489225-73490124(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACAATTTT
SmilChr01G001760 Chr01 NC_080387.1:32308256-32308270promoter 内 994-1008 bp - 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 32311263-32317860(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCAAACTTTTGC
SmilChr02G000935 Chr02 NC_080388.1:16332726-16332740promoter 内 3977-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 16332750-16336805(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GATAAGATTAGGTAC
SmilChr01G005538 Chr01 NC_080387.1:72219851-72219865promoter 内 3720-3734 bp - 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 72220132-72223376(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGCCTAACTGCAGT
SmilChr01G001657 Chr01 NC_080387.1:30639455-30639469promoter 内 3622-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 30639834-30641550(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGCTATGTTAGGTAA
SmilChr02G003540 Chr02 NC_080388.1:56563118-56563132promoter 内 3337-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 56563782-56564552(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAATGATTAGGTAA
SmilChr01G002225 Chr01 NC_080387.1:38726498-38726512promoter 内 3221-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 38724949-38725732(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGCGGAGTTAGGTCT
SmilChr01G002208 Chr01 NC_080387.1:38419560-38419574promoter 内 3158-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 38418011-38418731(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGCGGAGTTAGGTCT
SmilChr02G004147 Chr02 NC_080388.1:63791273-63791287promoter 内 2964-2978 bp - 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 63789223-63790250(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGAATGTTAGGTCC
SmilChr03G004307 Chr03 NC_080389.1:61422402-61422416promoter 内 2816-2830 bp - 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 61418542-61421231(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTAAGGTTAGGTTT
SmilChr01G003044 Chr01 NC_080387.1:49426581-49426595promoter 内 2311-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 49421625-49424905(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTTATAGTTAGGTGT
SmilChr02G004840 Chr02 NC_080388.1:70535661-70535675promoter 内 2296-2310 bp - 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 70524776-70533970(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTGTAAATTAGGTAA
SmilChr01G004263 Chr01 NC_080387.1:60896291-60896305promoter 内 2202-2216 bp - 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 60898090-60902347(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACATTCTG
SmilChr01G000685 Chr01 NC_080387.1:15313543-15313557promoter 内 1885-1899 bp + 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 15310308-15311441(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACATTTGA
SmilChr03G001794 Chr03 NC_080389.1:24504767-24504781promoter 内 1318-1332 bp - 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 24507450-24508299(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACATTGTC
SmilChr01G003662 Chr01 NC_080387.1:55054931-55054945promoter 内 1239-1253 bp + 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 55046452-55052183(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACTAGGAC
SmilChr02G000319 Chr02 NC_080388.1:4002000-4002014promoter 内 1138-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 4004863-4005674(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACCTAACG
SmilChr02G002290 Chr02 NC_080388.1:40428245-40428259promoter 内 923-937 bp + 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 40431323-40434945(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GACATGATTAGGTAG
SmilChr02G003285 Chr02 NC_080388.1:54142831-54142845promoter 内 907-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 54145925-54149459(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAACACGTCG
SmilChr01G000848 Chr01 NC_080387.1:18325625-18325639promoter 内 835-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 18321602-18322473(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGTAAAATTAGGTAC
SmilChr02G001559 Chr02 NC_080388.1:28864992-28865006promoter 内 704-718 bp + 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 28868289-28869132(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTTTTGTTAGGTAG
SmilChr03G002752 Chr03 NC_080389.1:43750017-43750031promoter 内 642-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 43741341-43746672(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACCACTTC
SmilChr03G003701 Chr03 NC_080389.1:55937429-55937443promoter 内 606-620 bp + 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 55940824-55953645(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCTCGAGTTAGGTGT
SmilChr01G001850 Chr01 NC_080387.1:33424881-33424895promoter 内 478-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 33428404-33431711(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTGTATGTTAGGTTG
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