转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 63 / 142 下载 TSV

上一页 63 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001792 Chr01 NC_080387.1:32785603-32785617promoter 内 502-516 bp + 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 32778863-32782118(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAGATGGTAGGTGTA
SmilChr06G001048 Chr06 NC_080392.1:10345339-10345353promoter 内 486-500 bp + 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 10348854-10350723(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCCAGAC
SmilChr08G003101 Chr08 NC_080394.1:31211815-31211829promoter 内 433-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31205712-31208261(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCTAGGTAGGTGAG
SmilChr08G004756 Chr08 NC_080394.1:56914556-56914570promoter 内 385-399 bp + 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 56918172-56920626(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTTCTT
SmilChr05G003896 Chr05 NC_080391.1:52696846-52696860promoter 内 357-371 bp + 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52689245-52693216(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAGATGGTAGGTGTA
SmilChr08G002662 Chr08 NC_080394.1:26108522-26108536promoter 内 295-309 bp + 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26112228-26122465(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTATCAT
SmilChr01G000331 Chr01 NC_080387.1:6764113-6764127promoter 内 265-279 bp + 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6759336-6760391(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACGGTAGGTGAA
SmilChr02G002419 Chr02 NC_080388.1:42172398-42172412promoter 内 248-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 42176151-42180320(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGTGGGTAGGTGAA
SmilChr02G004398 Chr02 NC_080388.1:66337119-66337133promoter 内 142-156 bp - 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66329075-66333274(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCAAAGG
SmilChr02G003829 Chr02 NC_080388.1:59942418-59942432promoter 内 106-120 bp + 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 59946313-59947037(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTCATC
SmilChr01G003646 Chr01 NC_080387.1:54945824-54945838promoter 内 13-27 bp + 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 54939119-54941850(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACAATGGTAGGTGGT
SmilChr04G000855 Chr04 NC_080390.1:10818790-10818804promoter 内 3385-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 10817802-10818188(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGAAGGTAGGTGCA
SmilChr07G000026 Chr07 NC_080393.1:119891-119905promoter 内 3330-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 116617-119234(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTACT
SmilChr04G002743 Chr04 NC_080390.1:43090114-43090128promoter 内 2770-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 43085820-43088897(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACGGCGA
SmilChr02G001488 Chr02 NC_080388.1:27859032-27859046promoter 内 1394-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 27861639-27865958(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCAACAACCACCAT
SmilChr03G004318 Chr03 NC_080389.1:61543798-61543812promoter 内 1354-1368 bp - 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 61531805-61541165(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCCACGG
SmilChr06G000526 Chr06 NC_080392.1:4335326-4335340promoter 内 3889-3903 bp - 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 4334060-4335228(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACTACATC
SmilChr01G004038 Chr01 NC_080387.1:58802759-58802773promoter 内 3604-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 58803156-58804120(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGGAGTAGGTGGT
SmilChr02G001719 Chr02 NC_080388.1:31639821-31639835promoter 内 3429-3443 bp + 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 31638919-31639263(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAACAGTAGGTGGG
SmilChr06G002669 Chr06 NC_080392.1:38600989-38601003promoter 内 3423-3437 bp + 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 38601567-38602491(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACTACCCG
SmilChr05G004224 Chr05 NC_080391.1:56081097-56081111promoter 内 2902-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 56078659-56080012(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTTAGGTAGGTAGA
SmilChr03G003135 Chr03 NC_080389.1:48599475-48599489promoter 内 2568-2582 bp + 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 48583252-48598056(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGGTGGTAGGTATC
SmilChr03G003149 Chr03 NC_080389.1:48816784-48816798promoter 内 2077-2091 bp + 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 48818708-48824247(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATACCTACCACCCG
SmilChr03G003137 Chr03 NC_080389.1:48599475-48599489promoter 内 2070-2084 bp + 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 48601406-48607011(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATACCTACCACCCG
SmilChr07G001562 Chr07 NC_080393.1:12790786-12790800promoter 内 2057-2071 bp + 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 12792730-12793785(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr04G000298 Chr04 NC_080390.1:2769826-2769840promoter 内 1961-1975 bp + 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 2771866-2772876(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCGCTAA
SmilChr04G000860 Chr04 NC_080390.1:10913486-10913500promoter 内 1819-1833 bp - 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 10905330-10911318(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGTTAA
SmilChr04G000861 Chr04 NC_080390.1:10913486-10913500promoter 内 1819-1833 bp - 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 10911237-10911318(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGTTAA
SmilChr02G001489 Chr02 NC_080388.1:27859032-27859046promoter 内 881-895 bp + 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 27862152-27864242(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCAACAACCACCAT
SmilChr03G003441 Chr03 NC_080389.1:52796987-52797001promoter 内 342-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 52800646-52801167(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATAACCACCACCAT
SmilChr08G002143 Chr08 NC_080394.1:19300820-19300834promoter 内 3970-3984 bp + 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 19300851-19303568(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGTTAA
SmilChr02G003925 Chr02 NC_080388.1:61329533-61329547promoter 内 3968-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 61329566-61330255(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr04G003128 Chr04 NC_080390.1:47891212-47891226promoter 内 3968-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 47888262-47891193(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr04G003129 Chr04 NC_080390.1:47900830-47900844promoter 内 3968-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 47897872-47900811(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr01G000665 Chr01 NC_080387.1:14789187-14789201promoter 内 3961-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14789227-14791935(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr05G001378 Chr05 NC_080391.1:12296404-12296418promoter 内 3946-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12296459-12299346(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr01G001968 Chr01 NC_080387.1:35038296-35038310promoter 内 3927-3941 bp - 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35032507-35038236(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTCTCA
SmilChr01G000972 Chr01 NC_080387.1:20576423-20576437promoter 内 3918-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 20576506-20579262(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr02G003510 Chr02 NC_080388.1:56306388-56306402promoter 内 3866-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 56306523-56307767(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr03G004218 Chr03 NC_080389.1:60762165-60762179promoter 内 3866-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 60758887-60762044(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGGCGTTAGGTGGC
SmilChr04G000668 Chr04 NC_080390.1:7542157-7542171promoter 内 3849-3863 bp + 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7542309-7543316(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTGTTGC
SmilChr07G000435 Chr07 NC_080393.1:3053424-3053438promoter 内 3842-3856 bp - 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3052995-3053279(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCAATTC
SmilChr02G005085 Chr02 NC_080388.1:72476135-72476149promoter 内 3836-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 72474431-72475984(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr01G000598 Chr01 NC_080387.1:13034039-13034053promoter 内 3814-3828 bp + 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13034226-13037184(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr08G004557 Chr08 NC_080394.1:55172346-55172360promoter 内 3814-3828 bp + 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55172533-55175139(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCAGCCA
SmilChr08G002841 Chr08 NC_080394.1:28276347-28276361promoter 内 3729-3743 bp - 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 28274361-28276089(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr01G001157 Chr01 NC_080387.1:23520138-23520152promoter 内 3703-3717 bp - 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 23515547-23519854(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTACCTACCGGCAC
SmilChr04G002645 Chr04 NC_080390.1:41818648-41818662promoter 内 3694-3708 bp + 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41816961-41818355(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTTTGGTAGGTGCA
SmilChr07G000027 Chr07 NC_080393.1:122926-122940promoter 内 3688-3702 bp + 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 120289-122627(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTACT
SmilChr06G000532 Chr06 NC_080392.1:4401036-4401050promoter 内 3659-3673 bp - 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4399901-4400708(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACTACATC