转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 64 / 142 下载 TSV

上一页 64 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002949 Chr06 NC_080392.1:42301454-42301468promoter 内 3560-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42301895-42304012(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr01G003947 Chr01 NC_080387.1:57825706-57825720promoter 内 3509-3523 bp + 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57826198-57829765(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr03G000131 Chr03 NC_080389.1:1446847-1446861promoter 内 3505-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1447343-1448228(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr04G001658 Chr04 NC_080390.1:27553349-27553363promoter 内 3497-3511 bp - 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27553853-27556576(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAGAAGTAGGTGGG
SmilChr05G004342 Chr05 NC_080391.1:57063629-57063643promoter 内 3453-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57064177-57067797(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCGTTGGTAGGTGAT
SmilChr05G004168 Chr05 NC_080391.1:55591028-55591042promoter 内 3383-3397 bp + 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55587514-55590424(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTGTGGTAGTTACA
SmilChr06G001828 Chr06 NC_080392.1:21460366-21460380promoter 内 3368-3382 bp + 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 21460999-21464057(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTAACTACCACCGC
SmilChr05G001726 Chr05 NC_080391.1:16609255-16609269promoter 内 3282-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 16609974-16612520(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTGTAGTAGGTGTG
SmilChr02G005525 Chr02 NC_080388.1:75323833-75323847promoter 内 3244-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 75324590-75342843(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGTTAA
SmilChr01G001780 Chr01 NC_080387.1:32689795-32689809promoter 内 3241-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 32690555-32691341(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAATAGGTAGGTGGA
SmilChr04G004037 Chr04 NC_080390.1:55609037-55609051promoter 内 3205-3219 bp + 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55605554-55608255(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTAAGGTAGGTAAG
SmilChr01G004591 Chr01 NC_080387.1:63918921-63918935promoter 内 3174-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 63914506-63918108(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCAAAAC
SmilChr02G000622 Chr02 NC_080388.1:9217622-9217636promoter 内 3118-3132 bp - 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9212839-9216753(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCTCTCT
SmilChr05G002461 Chr05 NC_080391.1:27133612-27133626promoter 内 3049-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27128200-27132674(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATAACTACCACATC
SmilChr07G002906 Chr07 NC_080393.1:29472031-29472045promoter 内 2987-3001 bp - 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29473045-29475715(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGCTGGTAGGTAGT
SmilChr02G003899 Chr02 NC_080388.1:61075921-61075935promoter 内 2956-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 61076966-61079679(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAACTGGTAGGTGCT
SmilChr03G003561 Chr03 NC_080389.1:54260971-54260985promoter 内 2930-2944 bp - 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54255753-54259914(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCATTCT
SmilChr07G001683 Chr07 NC_080393.1:14267153-14267167promoter 内 2897-2911 bp + 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14268257-14272614(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCTCGTC
SmilChr06G002653 Chr06 NC_080392.1:38344257-38344271promoter 内 2864-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 38345394-38360511(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCGAAAG
SmilChr06G000520 Chr06 NC_080392.1:4288814-4288828promoter 内 2849-2863 bp - 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4287101-4287676(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCAACTACCACCGT
SmilChr02G000706 Chr02 NC_080388.1:11353760-11353774promoter 内 2820-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11351622-11352593(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr04G000807 Chr04 NC_080390.1:9975926-9975940promoter 内 2814-2828 bp - 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9971240-9974753(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCAACTACCACCAT
SmilChr08G003405 Chr08 NC_080394.1:35967202-35967216promoter 内 2805-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35968398-35970867(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTTTGTTAGGTGGC
SmilChr02G005493 Chr02 NC_080388.1:75087651-75087665promoter 内 2717-2731 bp + 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 75088935-75096699(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCTAACT
SmilChr08G001684 Chr08 NC_080394.1:14072075-14072089promoter 内 2699-2713 bp + 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14073377-14084832(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGTTAA
SmilChr03G003962 Chr03 NC_080389.1:58665049-58665063promoter 内 2643-2657 bp + 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 58658477-58663705(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAACGGTAGGTGGT
SmilChr04G000814 Chr04 NC_080390.1:10207537-10207551promoter 内 2617-2631 bp - 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 10205237-10206167(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr05G003672 Chr05 NC_080391.1:49714568-49714582promoter 内 2513-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49710826-49713094(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr08G003476 Chr08 NC_080394.1:37374678-37374692promoter 内 2497-2511 bp + 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 37376182-37382991(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr05G000662 Chr05 NC_080391.1:5012476-5012490promoter 内 2465-2479 bp - 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 5009800-5010954(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr01G004843 Chr01 NC_080387.1:66571989-66572003promoter 内 2446-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 66562443-66570448(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGTGGTAGGTAGT
SmilChr02G001153 Chr02 NC_080388.1:21004114-21004128promoter 内 2442-2456 bp - 1545 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 20997549-21002569(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCAACTACCACCAT
SmilChr03G002078 Chr03 NC_080389.1:31895927-31895941promoter 内 2434-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 31897494-31903418(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr02G002920 Chr02 NC_080388.1:49510602-49510616promoter 内 2420-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49508532-49509035(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACAACTACCACATT
SmilChr07G000806 Chr07 NC_080393.1:5668423-5668437promoter 内 2328-2342 bp + 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 5662205-5666764(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGAAGTAGGTGAG
SmilChr01G000685 Chr01 NC_080387.1:15313119-15313133promoter 内 2309-2323 bp - 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 15310308-15311441(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr02G002948 Chr02 NC_080388.1:50012217-50012231promoter 内 2306-2320 bp + 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 50013912-50014415(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACAACTACCACATT
SmilChr04G000683 Chr04 NC_080390.1:7965290-7965304promoter 内 2275-2289 bp - 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7959403-7963578(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCAAAAC
SmilChr07G003194 Chr07 NC_080393.1:34070974-34070988promoter 内 2264-2278 bp - 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 34068249-34069251(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr03G002351 Chr03 NC_080389.1:37141993-37142007promoter 内 2244-2258 bp + 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 37137945-37140250(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAAGTGGTAGGTGCT
SmilChr01G001781 Chr01 NC_080387.1:32689795-32689809promoter 内 2242-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 32691554-32693498(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAATAGGTAGGTGGA
SmilChr04G001769 Chr04 NC_080390.1:29089176-29089190promoter 内 2231-2245 bp - 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29082302-29087420(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr04G001003 Chr04 NC_080390.1:13911366-13911380promoter 内 2223-2237 bp + 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13913144-13913735(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGTTC
SmilChr03G000427 Chr03 NC_080389.1:4650758-4650772promoter 内 2143-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4652616-4653626(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCATTAT
SmilChr07G001563 Chr07 NC_080393.1:12800316-12800330promoter 内 2117-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12802200-12803344(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr03G004219 Chr03 NC_080389.1:60762165-60762179promoter 内 2103-2117 bp + 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 60759102-60760281(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGGCGTTAGGTGGC
SmilChr01G003060 Chr01 NC_080387.1:49487408-49487422promoter 内 2061-2075 bp - 1926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49489348-49493065(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTTGTTGAT
SmilChr01G005415 Chr01 NC_080387.1:71373415-71373429promoter 内 2043-2057 bp + 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71369824-71371471(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGAAGTAGGTGAG
SmilChr04G000736 Chr04 NC_080390.1:8826632-8826646promoter 内 2000-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8821774-8824645(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATAACCACCACCAT
SmilChr06G000143 Chr06 NC_080392.1:1001196-1001210promoter 内 1970-1984 bp - 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1003227-1006484(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTACT