转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 66 / 129 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000286 Chr01 NC_080387.1:5642458-5642465promoter 内 1675-1682 bp - 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 5636395-5640139(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G001376 Chr02 NC_080388.1:26028193-26028200promoter 内 1665-1672 bp - 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 26030529-26038866(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G002556 Chr02 NC_080388.1:44468425-44468432promoter 内 1663-1670 bp + 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 44464058-44466094(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G004485 Chr02 NC_080388.1:67323575-67323582promoter 内 1661-1668 bp + 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 67320603-67321242(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G004751 Chr01 NC_080387.1:65688760-65688767promoter 内 1660-1667 bp - 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 65684443-65686426(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G005205 Chr02 NC_080388.1:73291946-73291953promoter 内 1650-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 73294297-73298138(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G001138 Chr02 NC_080388.1:20514576-20514583promoter 内 1643-1650 bp - 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 20509831-20512225(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G004481 Chr01 NC_080387.1:62916237-62916244promoter 内 1642-1649 bp + 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 62910499-62913885(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G002837 Chr02 NC_080388.1:48507344-48507351promoter 内 1638-1645 bp + 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 48503933-48504988(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G000060 Chr01 NC_080387.1:961672-961679promoter 内 1629-1636 bp + 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 957173-959307(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G001854 Chr01 NC_080387.1:33476851-33476858promoter 内 1623-1630 bp - 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 33471818-33474480(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G001973 Chr02 NC_080388.1:35708666-35708673promoter 内 1608-1615 bp + 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 35711059-35711140(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G001330 Chr01 NC_080387.1:26496337-26496344promoter 内 1604-1611 bp - 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 26498734-26500788(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G003140 Chr02 NC_080388.1:52403324-52403331promoter 内 1601-1608 bp - 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 52395274-52400931(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G004246 Chr01 NC_080387.1:60770272-60770279promoter 内 1589-1596 bp - 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 60765462-60767867(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G002028 Chr02 NC_080388.1:36515028-36515035promoter 内 1573-1580 bp - 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 36517456-36518394(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G000369 Chr02 NC_080388.1:4696934-4696941promoter 内 1561-1568 bp - 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 4693613-4694501(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G000535 Chr02 NC_080388.1:7371714-7371721promoter 内 1557-1564 bp + 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 7374158-7375596(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G003071 Chr02 NC_080388.1:51568136-51568143promoter 内 1544-1551 bp + 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 51561803-51565686(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G005429 Chr02 NC_080388.1:74735586-74735593promoter 内 1541-1548 bp - 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 74729962-74733133(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G001224 Chr01 NC_080387.1:24528003-24528010promoter 内 1539-1546 bp - 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 24524688-24525548(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G000825 Chr01 NC_080387.1:17794515-17794522promoter 内 1531-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 17789722-17792052(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G003845 Chr02 NC_080388.1:60213366-60213373promoter 内 1529-1536 bp - 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 60206723-60210901(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G004398 Chr01 NC_080387.1:62116431-62116438promoter 内 1495-1502 bp - 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 62118937-62120651(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G004200 Chr01 NC_080387.1:60475412-60475419promoter 内 1487-1494 bp - 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 60477926-60482479(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G005890 Chr01 NC_080387.1:74834756-74834763promoter 内 1479-1486 bp + 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 74827259-74832241(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G001803 Chr01 NC_080387.1:32956436-32956443promoter 内 1468-1475 bp - 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 32958969-32964067(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G002097 Chr02 NC_080388.1:37656636-37656643promoter 内 1466-1473 bp + 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 37652262-37654108(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G000195 Chr01 NC_080387.1:3370185-3370192promoter 内 1462-1469 bp - 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 3372724-3373659(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G001092 Chr01 NC_080387.1:22376726-22376733promoter 内 1462-1469 bp + 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 22371515-22374194(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G001781 Chr01 NC_080387.1:32689014-32689021promoter 内 1461-1468 bp + 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 32691554-32693498(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G004974 Chr02 NC_080388.1:71633335-71633342promoter 内 1461-1468 bp - 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 71629200-71630802(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G001374 Chr01 NC_080387.1:27066658-27066665promoter 内 1457-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 27061300-27064121(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G002308 Chr01 NC_080387.1:40011744-40011751promoter 内 1457-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 40014288-40021864(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G003727 Chr02 NC_080388.1:58906895-58906902promoter 内 1452-1459 bp - 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 58896027-58904353(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G002443 Chr02 NC_080388.1:42684932-42684939promoter 内 1442-1449 bp - 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 42680276-42682380(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G001261 Chr01 NC_080387.1:25302421-25302428promoter 内 1429-1436 bp + 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 25304993-25307909(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G000075 Chr02 NC_080388.1:972176-972183promoter 内 1429-1436 bp - 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 967593-969611(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G000293 Chr02 NC_080388.1:3717715-3717722promoter 内 1428-1435 bp + 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 3710868-3715149(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G005341 Chr02 NC_080388.1:74245845-74245852promoter 内 1426-1433 bp + 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 74248420-74250670(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G002948 Chr01 NC_080387.1:48361295-48361302promoter 内 1425-1432 bp - 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 48349556-48358726(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G000557 Chr02 NC_080388.1:7867954-7867961promoter 内 1424-1431 bp - 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 7862719-7865384(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G004975 Chr02 NC_080388.1:71640900-71640907promoter 内 1423-1430 bp + 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 71632567-71638329(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G002594 Chr02 NC_080388.1:45101762-45101769promoter 内 1414-1421 bp + 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 45096274-45099182(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G004494 Chr02 NC_080388.1:67451677-67451684promoter 内 1414-1421 bp + 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 67447570-67449097(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G005207 Chr02 NC_080388.1:73302715-73302722promoter 内 1397-1404 bp + 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 73305319-73307739(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G005111 Chr02 NC_080388.1:72629213-72629220promoter 内 1392-1399 bp + 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 72631822-72632954(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G000853 Chr02 NC_080388.1:14527531-14527538promoter 内 1382-1389 bp + 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 14530150-14530911(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G004255 Chr01 NC_080387.1:60828606-60828613promoter 内 1376-1383 bp - 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 60831231-60832355(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G004659 Chr02 NC_080388.1:69001618-69001625promoter 内 1373-1380 bp + 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 68990617-68998997(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC