转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 66 / 121 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001557 Chr02 NC_080388.1:28860636-28860650promoter 内 796-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28863841-28865005(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTTGAGATCTGAT
SmilChr03G004538 Chr03 NC_080389.1:63411226-63411240promoter 内 633-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 63403026-63407872(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTAGATCTATACCT
SmilChr02G000384 Chr02 NC_080388.1:4790521-4790535promoter 内 561-575 bp + 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4793961-4795480(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAATTTAGATCTCAT
SmilChr01G006168 Chr01 NC_080387.1:77174250-77174264promoter 内 461-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 77167156-77170724(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCCAACT
SmilChr03G003815 Chr03 NC_080389.1:57185338-57185352promoter 内 368-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 57178742-57181719(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCGGTGC
SmilChr02G000686 Chr02 NC_080388.1:10825314-10825328promoter 内 327-341 bp - 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10828988-10829543(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAAGCGC
SmilChr03G003420 Chr03 NC_080389.1:52545699-52545713promoter 内 180-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52539660-52541892(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTCACTCT
SmilChr01G001786 Chr01 NC_080387.1:32734217-32734231promoter 内 80-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32738138-32740854(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCATCGGATCTGAG
SmilChr05G001253 Chr05 NC_080391.1:10659940-10659954promoter 内 41-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10663900-10666679(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTTCAGATCTGCC
SmilChr02G000962 Chr02 NC_080388.1:16783430-16783444promoter 内 2926-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 4 16776812-16782369(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGCAGCT
SmilChr03G000955 Chr03 NC_080389.1:10800572-10800586promoter 内 3898-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 10800675-10809519(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTAGAATA
SmilChr01G004443 Chr01 NC_080387.1:62556689-62556703promoter 内 3359-3373 bp + 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 62554906-62556061(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTCGGCCT
SmilChr01G000010 Chr01 NC_080387.1:226441-226455promoter 内 2960-2974 bp + 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 221140-225414(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGCCACG
SmilChr03G000954 Chr03 NC_080389.1:10797587-10797601promoter 内 2844-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 10795517-10796444(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATTCTAGATCTGTT
SmilChr03G001620 Chr03 NC_080389.1:20736565-20736579promoter 内 2486-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 20734958-20735064(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAACATA
SmilChr03G001694 Chr03 NC_080389.1:22456938-22456952promoter 内 2436-2450 bp - 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 22458503-22458609(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAACATA
SmilChr02G000963 Chr02 NC_080388.1:16783430-16783444promoter 内 2160-2174 bp + 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 16785271-16786344(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTGCAGATCTGTT
SmilChr03G003073 Chr03 NC_080389.1:47752300-47752314promoter 内 1755-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 47754546-47768803(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACTCTAGATCTAAA
SmilChr04G000631 Chr04 NC_080390.1:7187887-7187901promoter 内 1678-1692 bp - 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 7190210-7193404(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAAGATCTAGTTCT
SmilChr01G004444 Chr01 NC_080387.1:62556689-62556703promoter 内 1520-1534 bp + 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 62559170-62565033(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGCCGAGATCTGGA
SmilChr02G000804 Chr02 NC_080388.1:13422826-13422840promoter 内 1290-1304 bp + 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 13412868-13420129(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATTAAT
SmilChr04G001572 Chr04 NC_080390.1:26096723-26096737promoter 内 487-501 bp - 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 26092027-26093223(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTTAT
SmilChr01G002134 Chr01 NC_080387.1:37335443-37335457promoter 内 3937-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 37333668-37335393(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCAACTAGATCCGAA
SmilChr03G003551 Chr03 NC_080389.1:54160811-54160825promoter 内 3507-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 54159094-54160331(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCATCTAGATCTAAC
SmilChr05G000905 Chr05 NC_080391.1:7166988-7167002promoter 内 3463-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 7167526-7169075(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGCATTG
SmilChr01G002547 Chr01 NC_080387.1:43563128-43563142promoter 内 3461-3475 bp + 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 43563668-43565932(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTTAGATCTAAA
SmilChr04G003777 Chr04 NC_080390.1:53976987-53977001promoter 内 3373-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 53967675-53976373(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTATATGT
SmilChr05G000968 Chr05 NC_080391.1:7811572-7811586promoter 内 3275-3289 bp - 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 7812298-7813413(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGCATTG
SmilChr04G001088 Chr04 NC_080390.1:15606569-15606583promoter 内 3033-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 15601917-15605615(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTTGTGGATCTGAG
SmilChr02G005137 Chr02 NC_080388.1:72806962-72806976promoter 内 2955-2969 bp + 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 72808008-72808742(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGCGTGGATCTGAA
SmilChr02G000895 Chr02 NC_080388.1:15393082-15393096promoter 内 2838-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 15394245-15399848(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAATCCA
SmilChr01G005029 Chr01 NC_080387.1:68244551-68244565promoter 内 2465-2479 bp + 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 68242265-68243029(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTAGAACT
SmilChr05G001149 Chr05 NC_080391.1:9653386-9653400promoter 内 2459-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 9648488-9651858(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGCACAGATCTGAT
SmilChr02G000652 Chr02 NC_080388.1:9869065-9869079promoter 内 2415-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 9870651-9875685(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTGAATCTGAA
SmilChr04G000931 Chr04 NC_080390.1:12121710-12121724promoter 内 2108-2122 bp - 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 12123603-12124324(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTCGGCCT
SmilChr03G002549 Chr03 NC_080389.1:40672739-40672753promoter 内 2068-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 40668849-40670820(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAAGATCTAAATTC
SmilChr01G002584 Chr01 NC_080387.1:43972978-43972992promoter 内 1948-1962 bp - 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 43970859-43970939(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTCTTAGATCTGAA
SmilChr03G000063 Chr03 NC_080389.1:705816-705830promoter 内 1855-1869 bp - 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 701800-703684(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTGCAGATCTGCG
SmilChr01G003033 Chr01 NC_080387.1:49360515-49360529promoter 内 1852-1866 bp + 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 49362664-49366686(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCTTTAGATCTGAA
SmilChr04G003236 Chr04 NC_080390.1:49172518-49172532promoter 内 1839-1853 bp + 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 49168715-49170370(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAGCCA
SmilChr01G005033 Chr01 NC_080387.1:68288295-68288309promoter 内 1792-1806 bp - 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 68283988-68286100(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTATTAGATCTAAT
SmilChr03G002488 Chr03 NC_080389.1:39555863-39555877promoter 内 1778-1792 bp + 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 39558086-39561065(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGTCGAGATCTGGG
SmilChr04G003238 Chr04 NC_080390.1:49172518-49172532promoter 内 1145-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 49175374-49176543(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGCTTGGATCTGAT
SmilChr03G004093 Chr03 NC_080389.1:59801420-59801434promoter 内 1137-1151 bp + 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 59804284-59874437(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCTACAGATCTGAG
SmilChr04G003237 Chr04 NC_080390.1:49175631-49175645promoter 内 1118-1132 bp - 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 49171621-49172762(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGCTTGGATCTGAT
SmilChr02G000908 Chr02 NC_080388.1:15715579-15715593promoter 内 1106-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 15708843-15712698(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAATCCA
SmilChr04G003334 Chr04 NC_080390.1:50027315-50027329promoter 内 1039-1053 bp + 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 50030277-50031610(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGCTTGGATCTGAT
SmilChr01G002045 Chr01 NC_080387.1:36192197-36192211promoter 内 889-903 bp + 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 36195309-36197167(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTACAGATCTGAC
SmilChr03G002648 Chr03 NC_080389.1:42130198-42130212promoter 内 235-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 42122791-42126446(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGTCTAGATCCGGC
SmilChr05G000942 Chr05 NC_080391.1:7609648-7609662promoter 内 2-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 7601318-7605663(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGATCAGATCTGTA